Богданов приехал в Вологду в конце 1901 года. Там он около полугода работал врачом в психиатрической больнице, много занимался самообразованием. Он не курил (в среде революционеров это было редкостью), не пил и вел очень упорядоченный образ жизни. Восемь часов в сутки обязательно работал, не меньше времени – читал, мог прочитать до 100 страниц в час. Еще о Богданове вспоминали, что он мог в уме быстро умножать многозначные числа и извлекать из них квадратные корни.
Постепенно в Вологде собрался такой состав ссыльных, что ее, шутя, начали называть северными Афинами: философ Николай Бердяев, Анатолий Луначарский, писатель Алексей Ремизов, знаменитый эсер-боевик, в будущем писатель, поэт и один из главных врагов советской власти Борис Савинков, член «Союза борьбы за освобождение рабочего класса», в который входил и молодой Ленин, впоследствии известный пушкинист Павел Щеголев и многие другие. Ничего удивительного, что при таком «ссыльном контингенте» в Вологде кипела бурная духовная жизнь.
Пока Богданов находился в ссылках, в русской социал-демократии происходили поистине исторические события. В 1898 году девять делегатов от различных кружков провели в Минске первый съезд Российской социал-демократической рабочей партии. В 1903 году на II съезде РСДРП в Брюсселе и Лондоне партия разделилась на «большевиков» и «меньшевиков». Богданов в своей автобиографии написал, что он «осенью 1903 года примкнул к большевикам».
В начале 1904 года закончилась его ссылка в Вологде. Вскоре Богданов вместе с женой уехал из России в Швейцарию. В Женеве он познакомился с Лениным. Тот уже слышал о нем, читал его работы и, как вспоминал сам Богданов, «горячо приветствовал» его «Краткий курс экономической науки».
В 4-м номере журнала «Мир Божий» за 1898 год появился его отклик на богдановский «Краткий курс»: Ленин назвал его «замечательным явлением в нашей экономической литературе» и хвалил книгу за «полную выдержанность направления от первой до последней страницы книги». Подразумевалось, естественно, марксистское направление.
Понравилась Ленину и вторая книга Богданова «Основные элементы исторического воззрения на природу», вышедшая в 1899 году. Он даже думал, что под псевдонимом «Богданов» скрывается сам Георгий Плеханов – один из основоположников русской социал-демократии.
При непосредственном знакомстве они подарили друг другу свои очередные работы. Богданов Ленину – первую часть своего главного философского труда «Эмпириомонизм», которая была напечатана в том же, 1904 году (вторая часть появится в 1906 году). В этой работе Богданов пытался обосновать новую теорию познания мира в эпоху научных открытий и «разрушения всяческих фетишей». По Богданову, философские представления о материи и сознании уже устарели, а представление об окружающем мире человечество получает в результате коллективного опыта.
Ленин, подаривший Богданова свою брошюру «Шаг вперед – два шага назад», тогда еще «Эмпириомонизма» не читал. А вот Плеханов, другие марксисты уже успели довольно жестко покритиковать его за отступление от марксистской философии и за «философский идеализм». Позже именно 1904 год Богданов назовет началом его «отлучения от марксизма». Ленин, прочитав «Эмпириомонизм», сказал Богданову, что считает правильными взгляды Плеханова, а не его. Но пока их разногласия оставались чисто теоретическими. Да и появление Богданова в эмиграции стало серьезным подкреплением для большевиков.
После раскола партии на большевиков и меньшевиков в 1903 году Ленин фактически вышел из ее руководства (формально он еще оставался членом ЦК) и из редакции «Искры» – центрального партийного органа. Его положение было сложным. Самые известные русские марксисты и теоретики социал-демократии остались на другой стороне. Ленин пытался начать создание новой революционной партии и новой партийной газеты, но у него не было ни средств, ни достаточного числа соответствующих «кадров».
И вот тут-то появился Богданов. Он активно включился в работу. Вместе с ним в дискуссиях, докладах и собраниях принимала участие и его жена. Эти мероприятия часто заканчивались скандалами, а иногда и драками. Однажды большевики и меньшевики самым натуральным образом подрались из-за мест в президиуме собрания, при этом на жене Богданова порвали одежду.
Вскоре на совещании 22 большевиков в Женеве был создан первый большевистский руководящий орган – Бюро комитетов большинства (БКБ). Он стал своего рода противовесом избранному на II съезде партии ЦК РСДРП, который занимал примиренческую позицию в отношениях между большевиками и меньшевиками. Помимо Ленина и Богданова, в БКБ вошли и другие люди, которые оставили тот или иной след в истории: Алексей Рыков (будущий преемник Ленина на посту Совнаркома и будущий «правый уклонист»), Максим Литвинов (будущий глава Наркомата иностранных дел и советский посол в Лондоне), Розалия Землячка (ставшая потом известной своей жестокостью во время Гражданской войны и первой женщиной, награжденной орденом Красного Знамени в 1921 году). Для Богданова это был первый важный шаг в партийной карьере.