Осенью 1904 года Богданов вернулся в Россию. В стране уже «попахивало» предстоящей революцией. Русско-японская война, начавшаяся в январе 1904 года, шла для России неудачно и, несмотря на правительственную пропаганду, вызывала все большее недовольство среди населения. В июле 1904 года боевик-эсер Егор Созонов убил министра внутренних дел Вячеслава Плеве. Отмечалось брожение на заводах.
В это время Богданов, как он сам отмечал, «с декабря работал в Петербурге, в Б.К.Б. и Петербургском комитете». Тогда же, в декабре 1904 года, большевики приняли решение об издании органа «комитетов большинства» – газеты «Вперед». В числе редакторов газеты были Ленин, Луначарский, Вацлав Воровский, Михаил Ольминский. Любопытно, что в советское время долго не упоминался тот факт, что и Богданов тоже был активным участником издания этого органа. Более того, благодаря связям Богданова с Максимом Горьким большевики получили от писателя деньги, которые были использованы для выпуска «Вперед».
На III съезде РСДРП, проведенном большевиками в Лондоне, Богданов являлся одним главных докладчиков. На первом заседании было избрано бюро Президиума съезда: председатель – Ленин, Богданов – один из вице-председателей. На фотографии делегатов съезда, сделанной тогда же, в 1905 году (она похожа на современные фотографии, которые вручают школьникам при окончании школы), Богданова поместили в самом центре, рядом с Лениным и Красиным. Его избрали и в первый ЦК большевиков.
Съезд утвердил и новый центральный орган партии – газету «Пролетарий».
В это время Богданов, безусловно, мог считаться «человеком номер 2» в партии большевиков. Известный советский и партийный историк Михаил Покровский писал о нем: «А. А. Богданов – это был великий визирь этой большевистской державы».
В октябре 1905 года, после царского Манифеста о даровании подданным прав и свобод, в Петербурге начала издаваться и первая в истории большевистская легальная газета «Новая жизнь». Ее издателем считалась гражданская жена Горького Мария Андреева, главным редактором – поэт Николай Минский. Газета была довольно странной. В отделе литературы преобладали поэты-символисты, а в других отделах – большевики. Участвовали в ее работе Константин Бальмонт, Тэффи.
«Новая жизнь» издавалась в основном на средства Горького и частично на деньги, полученные еще от «миллионщика» Саввы Морозова. Очевидно, что решение дать средства на газету он тоже принял не без участия Богданова.
Восьмого ноября Ленин нелегально возвратился в Петербург. Он активно сотрудничал в «Новой жизни», выступал перед фракцией большевиков в Петербургском Совете рабочих депутатов. Богданов в это время тесно контактировал с Лениным и не только как редактор «Новой жизни». Вместе с Красиным он руководил Боевой технической группой большевиков, которая осуществляла подготовку к вооруженному восстанию. Он был представителем ЦК партии в Совете рабочих депутатов. Однако их совместная с Лениным работа в России тогда продлилась недолго – Богданов оказался в тюрьме. Это произошло 3 декабря 1905 года. «Взяли» не только его одного, а сразу 267 депутатов Совета – прямо на заседании. Причиной ареста стал «Финансовый манифест», опубликованный от имени Совета, партий социал-демократов, эсеров, польских социалистов и крестьянского союза. В нем граждан призывали отказаться от уплаты государству «взносов выкупных и всех других казенных платежей», а при всех сделках требовать «уплаты золотом, при суммах меньше пяти рублей – полновесной звонкой монетой» и «брать вклады из ссудо-сберегательных касс и из Государственного банка, требуя уплаты всей суммы золотом».
Эти призывы к фактическому «финансовому бойкоту» правительство игнорировать уже не могло. Было принято решение взять всех депутатов «скопом».
Богданов больше четырех месяцев просидел в известной питерской тюрьме «Кресты».
В тюрьме Богданов написал новую версию «Краткого курса экономической науки» и третью часть «Эмпириомонизма». «Обе рукописи были нелегально переданы мною жене благодаря попустительству жандармского офицера на свиданиях. Обе книги вышли в свет к концу 1906 года», – вспоминал он.