Любищев понимал, что построение параметрической, или номотетической системы организмов — дело отдаленного будущего, так как ни ведущих параметров, ни законов системы мы пока не знаем. Поэтому в нынешней повседневной практике мы можем использовать лишь доступные сейчас признаки организмов и строить систему не "сверху", на основании заранее принятого классификационного веса признаков или иного априорного принципа, а "снизу", путем последовательного объединения конгрегаций (см. выше). В силу действительной или потенциальной изменчивости любого систематического признака мы лишены возможности строить систему "сверху". Именно поэтому справедлив знаменитый афоризм Линнея: "Не признаки определяют род, а род определяет признаки". Любищев [67, с. 66] приводил характерный пример: Петров крест, сохранив основные признаки своего порядка (Scrophulariales), утратил свойственный растениям хлорофилл, что не мешает считать его растением. Если бы строили систему "сверху" и пытались отделить растения от животных по одному, хотя и очень важному признаку, — присутствию хлорофилла, то Петров крест не оказался бы среди растений.
К сожалению, эволюционные взгляды Любищева не так полно, как системные, отражены и аргументированы в его работах (и опубликованных, и рукописных). Для понимания этих взглядов, пожалуй, наиболее важны две его статьи [9, 50], а также тезисы предполагавшегося доклада на симпозиуме по философским проблемам эволюционной теории [63], причем изменение взглядов Любищева за время, прошедшее между опубликованием этих двух статей, было довольно значительным. Рассмотрим сначала статью 1925 г. "Понятие эволюции и кризис эволюционизма" [9]. Ее заголовок требует пояснения. В середине 20-х гг. острый кризис селекционизма, наблюдавшийся в начале века, сменился ростом его популярности. Этому немало способствовало появление популяционной генетики. Открытие генетической гетерогенности природных популяций дало возможность объяснить их направленное изменение движущей формой отбора (векторизованным отбором). Тем самым снимались важные аргументы, направленные против селекционизма, в частности представление о преимущественно консервативной, стабилизирующей деятельности отбора. Любищев был хорошо знаком с этими работами, и тем не менее он считал, что эволюционизм еще не вышел из тяжелого кризиса и, более того, найти выход из этого кризиса, оставаясь на позициях селекционизма, невозможно.
Слово "эволюция" настолько привычно, что чаще всего мы даже не задумываемся над его точным смыслом. Сейчас оно стало почти синонимом "исторического развития". Однако, как известно, этим далеко не исчерпывается содержание понятия "эволюция"; смысл его Любищев выявляет через указание противоположных понятий, выдвигая четыре пары основных антитез эволюционного учения: 1) эволюция (или трансформизм)—постоянство; 2) эволюция (или преформация, развертывание зачатков, уже имевшихся заранее)—эпигенез (т. е. развитие с новообразованием); 3) эволюция—революция; 4) эволюция—эманация (т. е. регрессивное развитие). Из этих антитез только первая окончательно решена в пользу трансформизма, хотя и в общих чертах.