Особенно дискуссионным (и в наше время) остается противоположение "эволюция (преформация) —эпигенез". Термин "преформация", по Любищеву, имеет двойной смысл: 1) ряд преобразований, следующих в силу определенного закона, 2) реализация некоей конкретной программы, заложенной в организме до начала его развития. Обычно преформацию понимают только во втором смысле, по-видимому вспоминая знаменитую дискуссию преформистов и эпигенетиков в XVII—XVIII вв. Говорить о такой преформации в историческом развитии можно, имея в виду проявление в ходе эволюции неких скрытых до этого потенций. Простейший пример — фенотипическое проявление рецессивного аллеля. Однако более важно понимание преформации в первом смысле. С чем связано ограничение многообразия органического мира, вытекающее из многочисленных параллелизмов, — с влиянием внешних условий и сужением возможностей преобразования (как считает селекционизм) или с тем, что эволюция следует твердым законам (как утверждает номогенез) ?
Любищев отдавал безусловное предпочтение номогенетической точке зрения, но тем не менее сразу указал на недостаток теории номогенеза Л. С. Берга и Д. Н. Соболева: "Оба автора недостаточно проводят различие между строгой закономерностью самого процесса и ограниченностью многообразия, известной предопределенностью конечных или наиболее устойчивых этапов, собственно преформацией" [9, с. 141].
Принятие преформационного элемента в историческом развитии организмов находит опору в многочисленных фактах параллелизма, но, с другой стороны, встречает трудности в решении проблемы целесообразности. Не случайно Берг был вынужден признать целесообразность имманентным, далее неразложимым свойством живых существ. Выход из этих трудностей Любищев представлял иначе. Преформацию и, следовательно, номогенез, с его точки зрения, не следует понимать как фатальную необходимость, а лишь как сильное ограничение возможностей. Кроме того, факты преадаптации и смены функций "вступают в резкое противоречие с представлением о тесной и тщательной приспособленности определенного органа, подобной, например, приспособлению ключа к замку..." [9, с. 143].
Противоположения эволюции и революции, а также прогрессивной и регрессивной эволюции мы рассматривать не будем, хотя эти проблемы и поныне оживленно обсуждаются в литературе. Дело в том, что самого Любищева они интересовали в меньшей степени. В их разработке он далеко не продвинулся, а лишь ограничился изложением разных точек зрения.
В 30-х гг. началось становление синтетической теории эволюции (СТЭ), в которой была предпринята попытка соединить данные генетики (в частности популяционной) с несколько видоизмененной дарвиновской теорией естественного отбора. Любищев внимательно следил за работами ее создателей — Ф. Н. Добжанского, Д. Гекели, Д. Г. Симпсона, Э. Майра и др. В статьях, вышедших в 60—70-х гг., он выступал с резкой критикой СТЭ, ибо считал, что в рамках этой теории основные противоречия классического дарвинизма не только не разрешены, но даже и не осознаны. Эти работы как бы продолжают его статью 1925 г. Методически они построены так же. Любищев выделил несколько пар антитез, количество которых, однако, сильно увеличилось. Эти пары таковы: 1) номогенез—тихогенез; 2) автогенез (эндогенез)—эктогенез, 3) ателогенез (неприспособительный характер эволюции)—телогенез (приспособление — ведущий фактор эволюции) ; 4) геронтогенез—педогенез (противопоставление отражает отнесение основных эволюционных преобразований к поздним или, наоборот, ранним стадиям онтогенеза); 5) психогенез (отведение большой роли психике) — гилогенез; 6) мерогенез (изолированное развитие) — гологенез (эволюция комплексов видов и географических ландшафтов); 7) эволюция—эманация (соотношение прогрессивной и регрессивной эволюции); 8) эволюция— инволюция (проблема обратимости в историческом развитии); 9) эволюция (как непрерывный и монотонный процесс)—революция (в широком смысле, т. е. как квантовый трансформизм или сальтационная эволюция) [52, 63, 67, 72 и др.].
В эволюционных теориях члены этих пар могут комбинироваться по-разному, и Любищев подсчитал общее возможное количество эволюционных теорий. Конечно, имеются и запрещенные комбинации антитез. Главное условие истинности эволюционной теории — такое сочетание пар, когда и сами они, и их члены не исключают, а дополняют друг друга. Для самого Любищева главными компонентами эволюции, ее достаточно независимыми, но взаимно дополняющими друг друга факторами были: