Работа Гумбольдта «Линии изотерм», изданная в 1817 году, заложила научные основы климатологии. Эта работа обобщала данные 57 пунктов земной поверхности с известной средней температурой (годовой, по временам года, по самым жарким и самым холодным месяцам).
Кроме работы об изотермах, Гумбольдту принадлежит ряд капитальных исследований о климате южного полушария, о понижении температуры в верхних слоях воздуха и о причинах этого явления, о влиянии моря на температуру нижних слоев воздуха, о границах вечного снега в различных странах и др. Эти исследования изложены в ряде трудов. Все они важны не столько детальной разработкой вопроса, что было невозможно при недостатке данных, сколько общими взглядами, послужившими руководящей нитью для дальнейшего исследования затронутых проблем.
В различных главах описания американского путешествия Гумбольдт анализирует и другие элементы климата: влажность воздуха, атмосферные осадки, изменения давления воздуха и др. Он показал, что в тропических странах воздух в ясные дни содержит в два раза больше влаги, чем в Европе, дал точные данные о суточном колебании атмосферного давления в районе тропиков, описал смену сухого и дождливого времени в тропическом поясе и выяснил причины этого явления.
Работы Гумбольдта по изучению растительного покрова Южной Америки были столь плодотворны, что автор их справедливо считается основоположником новой отрасли знания — ботанической географии.
Мысли о связи растений с климатическими факторами, о закономерности в распределении растений соответственно горным поясам и широтным зонам земного шара возникли у Гумбольдта, по его словам, еще в дни его юности. Они развивались в течение ряда лет путем чтения соответствующей литературы, в результате путешествий и бесед с исследователями, вернувшимися из дальних стран. Во время американского путешествия Гумбольдт впервые изложил свои представления по этому вопросу.
На основании точных барометрических определений и ботанических исследований Гумбольдт дал картину изменений видового состава растительности в зависимости от высоты над уровнем моря и установил смену растительных поясов в Андах, горах Мексики и на острове Тенерифе.
Распространение культурных растений, центры их происхождения и пути расселения, история возделывания их человеком — все эти проблемы также привлекали внимание Гумбольдта.
В основу работ Гумбольдта положен колоссальный ботанический материал и значительное для того времени число климатических данных.
Гербарий, привезенный им из Южной Америки, содержал 6 200 видов растений, больше половины которых ранее не были известны. Кроме основного гербария, были два дублетных: один он подарил Бонплану, другой передал Парижскому естественно-историческому музею. Многие растения наших садов и цветников впервые были привезены Гумбольдтом из Америки.
Определение привезенных им растений Гумбольдт поручил немецкому ботанику Вильденову.
После смерти Вильденова эту работу продолжил ботаник Кунт, ставший впоследствии директором Берлинского ботанического сада. Кунт довел обработку гербария до конца, затратив на нее 11 лет.
Результаты обработки были опубликованы в 16 томах, 6 из которых были написаны Бонпланом и 10 — Кунтом. Гумбольдт дал к ним ботанико-географическое введение, изданное потом отдельной книгой под заглавием «Пролегомены[5]географии растений» (имеется русский перевод).
Работы Гумбольдта, затронувшие все разделы географии растений, пробудили к ней исключительный интерес многочисленных исследователей.
Исследования Гумбольдта по зоогеографии не имеют такого значения, какое имеют его ботанико-географические труды. Все же из Америки он привез представителей многих видов животных и сообщил массу сведений об их жизни. Во время путешествия он занимался анатомией и физиологией животных, дал превосходные описания электрического угря и американского кондора. На основе своих наблюдений он впервые составил схему распространения животных в тропической области Южной Америки.
В то время в науке шла ожесточенная борьба между сторонником эволюционного учения Ламарком и защитником теории катастроф Кювье. Гумбольдт не принимал участия в этих спорах, но все его произведения были проникнуты идеей эволюционного развития природы. Органическую жизнь нашей планеты Гумбольдт связывал не только с климатическими условиями, но также с геологической историей и рельефом земной коры.