В апреле 1789 года Александр отправился в один из лучших университетов Европы — в Геттингенский, где поступил на юридический факультет.
Занятия Александра носили энциклопедический характер Он слушал лекции по языкознанию, по современной истории, археологии и истории цивилизации, по философии и морали, математике и естествознанию.
Он совершает экскурсии в окрестности Геттингена, посещает ботанический сад и этнографический музей, пишет небольшие рефераты о природе.
Под влиянием профессора Ф. Блюменбаха Гумбольдт стал заниматься изучением геологического строения Рейнской области. В конце сентября 1789 года он отправился в путешествие по Рейну, которое продолжалось несколько недель. В результате этой экскурсии была опубликована анонимная статья под названием «Минералогические наблюдения над базальтами Рейна».
В Геттингене в 1789 году Гумбольдт познакомился с Георгом Форстером, который в 1772–1775 годах участвовал во втором кругосветном путешествии Джемса Кука в качестве натуралиста.
Георг Форстер был на 15 лет старше Гумбольдта, но это не помешало им найти общие интересы и сделаться друзьями. Сочинение Форстера «Путешествие вокруг света», вышедшее в 1784 году в трех томах, а также его очерки и устные рассказы оказали сильное влияние на молодого Гумбольдта, пробудили в нем страсть к путешествиям.
Гумбольдт решил сопровождать Форстера в путешествии по Европе. В марте 1790 года путешественники на пароходе направились из Майнца вниз по Рейну. В Кельне они пересели в дилижанс и через Нидерланды и Бельгию прибыли во французский город Дюнкерк. Здесь Гумбольдт впервые увидел море. Из Дюнкерка они направились в Англию и совершили поездку по стране.
На обратном пути из Англии они посетили революционный Париж и в июне 1790 года вернулись в Майнц, где Гумбольдт распрощался с Форстером. Больше они никогда не встречались, так как Форстер вскоре умер. Во время поездки они изучали не только природу, но интересовались также промышленностью, памятниками искусства, осматривали музеи и институты. Для Гумбольдта эта трехмесячная поездка была хорошей школой в подготовке к его будущей экспедиционной деятельности.
Разлучившись с Форстером, Александр твердо решил стать путешественником, но по желанию матери вынужден был поехать в город Гамбург и поступить в Промышленную академию. В академии студентам давали конкретные знания о колониальных товарах, денежном обращении и бухгалтерии. И здесь все свои свободные часы Александр посвящал ботанике и минералогии.
Для пополнения своего минералогического образования и изучения горного дела Гумбольдт решил поступить на некоторое время в Горную академию, которая находилась в городе Фрейберге. Он послал письмо директору академии профессору А. Г. Вернеру, в котором просил принять его в число своих учеников на шесть месяцев, так как после этого срока должен был поступить на государственную службу, в департамент горнорудной промышленности.
В конце мая 1791 года Гумбольдт получил согласие Вернера и в начале июня был уже во Фрейберге.
Каждое утро Гумбольдт с 6 до 12 часов проводил под землей в шахтах, изучая горное дело. Затем он слушал лекции в аудиториях (иногда до шести лекций в день) или работал в минералогическом музее. Перед ним был мир минералов и окаменелостей, в котором запечатлелась история Земли. Вечерами он читал или уходил за город, совершая ботанические экскурсии. Впоследствии на основе собранных здесь ботанических материалов он опубликовал «Опыты и наблюдения над зеленой окраской подземных растений» и другие ботанико-физиологические работы.
Холодная сырость шахт, кабинеты со сквозняками, большое умственное и физическое напряжение привели к потере внимания и болезненному состоянию, которое он старался превозмочь. Он уставал так, что даже не поехал на свадьбу к брату Вильгельму; письма друзей оставались нераспечатанными.
16 февраля 1792 года Гумбольдт оставил Горную академию, закончив на этом свое высшее образование. Товарищи устроили ему торжественные проводы, на которых студент Фишер прочел свое стихотворение, посвященное Гумбольдту. Через 40 лет Гумбольдт встретится с ним в Москве, направляясь в Азию.
29 февраля 1792 года Гумбольдт был назначен асессором по горной промышленности.