Закупив все необходимое, Гумбольдт поехал в Италию, но задержался в Вене, чтобы закончить и сдать в печать до отъезда в путешествие рукописи своих трудов.
В Вене он встретился с товарищем по Фрейбергской академии Леопольдом фон Бухом. 17 октября 1797 года они переехали в город Зальцбург, где в продолжение пяти месяцев занимались проверкой инструментов, производили определения географических координат различных пунктов, вели геологические и метеорологические исследования.
В Зальцбурге Гумбольдт выработал план путешествия в Индию, но осуществлению его мешала война между Англией и Францией.
Здесь же Гумбольдт познакомился с лордом Бристолем, который собирался совершить путешествие в Египет. Бристоль предложил Гумбольдту поехать с ним, и тот дал согласие. Гумбольдт надеялся через Палестину, Сирию, Иран и Афганистан проехать в Индию.
Весной 1798 года из Зальцбурга Гумбольдт поехал в Париж, чтобы приобрести оборудование для экспедиции и выяснить политическую обстановку. В Париже он узнал, что Наполеон готовит экспедицию в Египет и что лорд Бристоль арестован в Италии, как британский осведомитель.
Гумбольдт озабоченно смотрел на Париж, который из города революции превратился теперь в город военных авантюр. Беспрестанные войны и политические неурядицы мешали организации больших научных экспедиций. В Париже Гумбольдт занимался научными исследованиями, чтением докладов и поисками возможности принять участие в какой-нибудь крупной экспедиции.
Здесь он познакомился с 70-летним мореплавателем Л. Бугенвилем, который совершил кругосветное путешествие в 1766–1769 годах. Бугенвиль составил план нового кругосветного плавания в южных широтах земного шара. Он предложил Гумбольдту участвовать в экспедиции вместе с натуралистами Мишо и Бонпланом. Но экспедицию доверили не Бугенвилю, а капитану Н. Бодену. Для кругосветного плавания были снаряжены три корабля, подобрана надежная команда из молодых и сильных людей. Но через 14 дней все надежды рухнули. Финансы Франции из-за войны были истощены, и Директорий не могла отпустить средства на экспедицию.
Тогда у Гумбольдта возникает мысль присоединиться к французской армии, отправляющейся в Египет, следовать с ней до Триполи, а затем через Сахару направиться во внутреннюю Африку. Он просил Директорию разрешить ему присоединиться к египетскому походу, но, не получив согласия, решил отправиться в Марсель и обратиться с этой просьбой к генералу Бонапарту.
Гумбольдт уговорил Бонплана сопровождать ею, взяв все расходы на себя.
Осенью 1798 года из Парижа друзья отправились в Лион, а оттуда в Марсель. Но они опоздали: французская эскадра ушла раньше намеченного срока, чтобы обмануть бдительность англичан.
В Марселе они познакомились со шведским консулом, который ожидал судно для плавания в Алжир с дипломатическими целями. Гумбольдт договорился с ним о совместном путешествии. Два месяца они ждали фрегат, но он не пришел, потерпев крушение у берегов Португалии.
Несмотря на неудачи, Гумбольдт решил не возвращаться в Париж и во что бы то ни стало выбраться из Европы. В конце декабря 1798 года он отправился в Испанию, чтобы там попытаться получить разрешение на путешествие в Америку. Почти весь путь до Мадрида Гумбольдт и Бонплан шли пешком. По дороге опробовали свои инструменты, определяли географические координаты и производили многократные определения высот, на основе которых впоследствии Гумбольдт составил профиль рельефа Пиренейского полуострова.
В начале февраля 1799 года путешественники прибыли в Мадрид и здесь неожиданно осуществились их мечты: Гумбольдт сумел заинтересовать короля своими планами, и тот дал ему разрешение на исследование испанских владений в Америке. Испанские колонии в Америке в конце XVIII века занимали громадную территорию, простирающуюся от северной Калифорнии до южной границы Чили. Только Бразилия, Патагония и Огненная Земля не входили в их состав. Въезд иностранцам в колонии был абсолютно запрещен. На протяжении трех столетий удалось осуществить лишь шесть экспедиций для астрономических наблюдений и улучшения карт береговой линии. Только помощь немецкого посла при испанском дворе Фореля и собственное дипломатическое искусство помогли Гумбольдту получить разрешение на проведение научных исследований в этих запретных странах. Местным властям были разосланы предписания оказывать путешественникам всякое содействие.
Закончив подготовку к экспедиции, Гумбольдт и Бонплан в середине мая покинули Мадрид и направились в порт Ла-Корунья, где пришлось задержаться до начала июня из-за блокады испанского побережья английскими кораблями.