24 ноября 1800 года путешественники покинули побережье Венесуэлы и после 25-дневного плавания (которое затянулось из-за плохой погоды) прибыли в город Гавану. На Кубе Гумбольдт и Бонплан пробыли несколько месяцев. Они занимались съемкой берегов острова, совершали экскурсии в глубь страны, изучали природу и экономику.
Куба в то время являлась главным опорным пунктом испанских колониальных владений в Америке. Природа острова показалась Гумбольдту земным раем, но трудовому человеку жилось здесь очень тяжело. Плантации сахарного тростника, кофейные и табачные плантации обрабатывались каторжным трудом рабов негров.
Рабство негров встретило в Гумбольдте решительного противника. С особенным негодованием говорит он о «писателях, которые стараются прикрыть двусмысленными словами варварство этих отношений, изобретая термины негров крестьян, ленной зависимости черных и патриархального покровительства. Но изобретать такие термины для того, чтобы затемнять постыдную истину, значит осквернять благородные силы духа и призвание писателя».
Гумбольдт был свидетелем отвратительного зрелища продажи рабов, которых покупатели осматривали, как лошадей. Впоследствии он написал большую монографию под названием «Политическое исследование острова Кубы». Опубликование ее в 1828 году совпало с волной народных восстаний в Америке. В этой монографии Гумбольдт приводит интересные статистические данные о работорговле. Только в английские владения в Вест-Индии до 1786 года было доставлено более 2130 тысяч рабов, насильственно вывезенных из Африки; в эту цифру он не включил погибших на море во время перевозки через Атлантический океан.
Он ненавидел рабство и считал обязанностью «путешественника, видевшего вблизи то, что терзает и унижает человеческую природу, довести жалобы несчастных до сведения тех, долг которых оказать им помощь».
В предисловии к исследованию политического положения острова Кубы имеется раздел об уничтожении рабства. В нем Гумбольдт писал: «Этой части моего произведения я придаю гораздо большее значение, чем всем требующим большого тру да работам по астрономическому определению положения места, магнитному наклонению и сопоставлению статистических данных».
Кроме острова Куба, Гумбольдт посетил также острова Гаити и Ямайку.
Эти исследования были прерваны известием о том, что капитан Боден, с которым Гумбольдт встречался в Париже, отплыл, наконец, из Франции и собирается исследовать берега Чили и Перу. Гумбольдт написал Бодену письмо, в котором сообщил, что он предполагает встретиться с ним в городе Лима.
После этого он нанял небольшое судно и 8 марта 1801 года вышел из порта Батабаньо, расположенного на южном побережье Кубы. Он решил идти к берегам Колумбии — в порт Картахену, а оттуда плыть к Панамскому перешейку, пересечь его и двигаться дальше по Тихому океану к городу Лима. Этим путешествием Гумбольдт стремился, в частности, решить вопрос о возможности создания канала на Панамском перешейке. Но узнав, что в это время года из-за встречных ветров путь этот займет несколько месяцев, он изменил свой план и решил подняться в лодке по реке Магдалене, чтобы пересечь Анды и выйти на тихоокеанское побережье до прихода французского мореплавателя. 30 марта 1801 года Гумбольдт и Бонплан прибыли к устью реки Магдалены и высадились в городе Картахене.
Картахена, окруженная болотистыми тропическими лесами, встретила путешественников удушливым зноем и лихорадкой. Они переехали в красивую деревню Турбако, расположенную в горах, окаймляющих побережье, и занялись подготовкой к путешествию.
19 апреля 1801 года Гумбольдт и Бонплан в Картахене сели в лодку и стали подниматься вверх по реке Магдалене. На лодке устроили палатку для защиты от москитов и палящих лучей солнца. Бонплан собирал растения, выуживал тропические плоды, плывущие по воде, вел гидрографические описания. Гумбольдт составлял глазомерную карту долины реки Магдалены. Над зарослями тропического леса поднимались дымки костров индейцев, летали крикливые стайки попугаев. На тенистых берегах реки Магдалены путешественников особенно поразило вьющееся растение кирказон, цветок которого имеет более одного метра в окружности; индейские мальчики во время игр одевают эти цветы себе на головы вместо шляп.
После 54-дневной борьбы с быстрым течением реки Магдалены лодка достигла города Онда. Здесь путешественники покинули лодку и по караванной горной дороге стали подниматься на плато Кундимарка — к городу Боготе. Они шли через заросли хинных деревьев, кору которых индейцы использовали как средство от лихорадки. Гумбольдт решил собрать кору, плоды и цветы хинного дерева, о котором в Европе того времени было мало что известно.