Сам Наполеон понимал, что осуществление его грандиозного плана потребует неимоверных трудов. Поэтому он готовил поход со всей тщательностью, на которую был способен: лично проверял каждый фунт груза для каждого корабля, подобрал самых надежных помощников и даже солдат отбирал чуть не поодиночке из тех, с которыми воевал в Италии. По мнению А.С. Трачевского и А.З. Манфреда, Бонапарт увез с собой в Египет весь цвет французской армии. Это — преувеличение. Наполеон не взял А. Массена, Ж.Б. Журдана, Ж.В. Моро, Ж. Бернадота, Б. Жубера, М. Нея, Н. Сульта, Ф.Ж. Лефевра, Ж.Э. Макдональда — гораздо более крупных военачальников, чем приглашенные в Египет А. Жюно, О. Мармон, А. Андреосси, С. Каффарелли. Но Жюно и другие были для Наполеона более надежными. Вместе с тем он взял с собой и выдающихся генералов, которые не уступали никому из оставшихся. Это были в первую очередь высокоодаренный, неустрашимый и благородный воин Л. Дезэ и устрашающе взрывной, с интеллектом философа и темпераментом матадора богатырь Ж.Б. Клебер, а также будущие, пока еще молодые, знаменитости — Ж. Данн, Л.Н. Даву, А. Бертье, И. Мюрат, Ж.Б. Бессьер. Наполеон выбирал их по способностям, вне зависимости от того, что Данн, Дезэ и Бессьер были его друзьями, Мюрат и Бертье — верными слугами, а Клебер и Даву недолюбливали его.
Наконец, Наполеон позаботился о научном изучении редкостей Востока, взяв с собой отряд в сто с лишним ученых разного профиля. Среди них были такие светила мировой науки, как Г. Монж, К. Бертолле, Ж. Сент-Илер, Д. Ларрей…
19 мая 1798 г. 38-тысячная армия Наполеона на 350 судах и барках отплыла из Тулона в Египет. В тот же день из Парижа выехал человек, который ровно через год остановит Наполеона на пути в Индию. Это был Сидней Смит, освобожденный роялистами из парижской тюрьмы Тампль. Теперь он мчался к морю, чтобы пробраться на английский корабль.
От Тулона до Александрии экспедиция генерала Бонапарта добиралась 45 дней, трижды избежав за это время смертельную опасность (вот сюжет для захватывающего романа!). Источником опасности являлся английский флот, господствовавший на Средиземном море. Миновать встречи с ним за полтора месяца пути из Франции в Египет было почти невозможно. Наполеон максимально использовал это «почти». Он заблаговременно и правдоподобно распустил слух, что намерен пройти через Гибралтар в Ирландию. Англичане приняли все меры к тому, чтобы перехватить и уничтожить его экспедицию. У Гибралтара дежурила эскадра, которой командовал адмирал Горацио Нельсон — самый выдающийся в истории Англии (по мнению англичан, и в мировой истории) флотоводец. Имя его уже тогда гремело по всей Европе. «Он был король моря, мститель англичан, спаситель королей», — писал о нем французский историк А. Сорель. Эскадра Нельсона была неизмеримо мощнее и маневреннее флотилии Бонапарта, состоявшей к тому же преимущественно из транспортных судов. Нельсон имел все основания считать, что в морском бою он уничтожит французов. Нужно было только встретиться с ними.
Пока Нельсон сторожил французов у Гибралтара, они подошли к Мальте и заняли ее. Прослышав об этом, Нельсон сообразил, что Бонапарт от Мальты пойдет к Египту, и помчался в Египет, но с такой скоростью, что подоспел к Александрии на 48 часов раньше французов (проскочив мимо них ночью север-нее Крита). В Александрии, естественно, ни о каком Бонапарте никто ничего и не слыхивал. Тогда Нельсон устремился в Константинополь, рассудив, что Бонапарту плыть больше некуда, если его нет в Египте. Тем временем флотилия Бонапарта вошла в александрийскую бухту. Так расчет, риск и фортуна помогли Наполеону миновать гибельную для него встречу с Нельсоном.
Высадившись близ Александрии 2 июля 1798 г., армия Бонапарта пошла на Каир, отражая наскоки летучих отрядов мамлюков. Наполеон особо берег научную экспедицию и обоз, укрывая их от опасности внутри боевого порядка. Перед первым же боем с мамлюками прозвучала его команда: «Ослов и ученых — в середину!»
Тем временем вождь мамлюков Мурад-бей собрал многотысячное воинство и встретил французов под древними пирамидами. Здесь 21 июля произошла историческая битва, перед началом которой Наполеон объявил по линии своих войск: «Солдаты! Сорок веков смотрят на вас с высоты этих пирамид!» Мамлюки были разгромлены, Каир пал, Египет покорился.