В 1786 году Екатерина учредила государственные школы в уездах и губерниях, хотя на практике не хватало учителей, финансовой поддержки, учебников, наконец учеников, и трудно было определить, насколько эффективно работала школьная система. В 1803 году Александр создал общеобразовательную структуру, включающую сельские школы и университеты. Страна была разделена на шесть образовательных округов, во главе каждого стоял университет, который нес ответственность и наблюдение за школами на своей территории. Школьная лестница была устроена следующим образом: приходские школы в каждом селе с одним годом обучения; уездные школы с двумя годами обучения; губернские школы (гимназии) с четырьмя годами обучения и университеты в шести больших городах.
Главное влияние на новую образовательную систему оказывали Польша и Франция. Чарторыский написал меморандум об образовании в 1802 году и постановление 1803 года, которое устанавливало структуру школ и учебный план в образовательном округе Вильна (который включал Литву и Белоруссию, где многие дворяне говорили на польском языке, но также часть Украины и русскоязычных губерний — Минской и Могилевской). Эта модель повторяла с некоторыми улучшениями то, что определялось законом для школ Польши 1783 года. Система опиралась на идеи Маркуса де Кондорсе, которые он изложил на Французской национальной ассамблее в 1792 году. Система Кондорсе устанавливала четкую последовательность образования. Особое значение придавалось «технической» направленности обучения в зависимости от уровня учебного заведения: в приходских школах преподавались чтение, письмо и арифметика, религия и мораль, элементы естественной науки, земледелие и гигиена; в уездных школах — религия, право, русский язык, история, география, математика, физика, естествознание, технология, ремесла, рисование и, дополнительно, латинский и немецкий языки для тех учеников, которые поступали в губернские школы; в губернских школах (гимназиях) преподавались математика, физика, технология, естествознание, психология, логика, этика, эстетика, право, политическая экономия, история, география, статистика, латинский, немецкий, французский языки и рисование. Программа была очень строгой, и было довольно сложно пройти ее полностью. В 1811 году С. С. Уваров, наблюдающий в Санкт-Петербургском образовательном округе, говорил, что программу следует упростить и сделать менее «энциклопедичной» и что курс обучения надо увеличить с четырех до семи лет, чтобы сделать обучение более плодотворным.
В принципе, по проекту Кондорсе, школы открывались для обоих полов и всех классов, а детям из бедных семей предоставлялось бесплатное обучение и учебники. Мы знаем, что по крайней мере некоторые девушки получили образование в государственных школах: в 1808 году 20 девушек учились в гимназии Витебска, 13 — в Могилеве, 3 — в Новгороде и 7 — в Пскове. Только во время правления Николая I было официально запрещено обучение девушек в государственных школах, кроме приходских. Крепостные, в принципе, также могли посещать эти школы, хотя на самом деле только некоторые учились в них. В 1819 году были открыты платные школы в Санкт-Петербурге, хотя сироты и дети из бедных семей были освобождены от платы за обучение. Так как росла нужда в квалифицированных кадрах, на высшие учебные заведения было обращено большое внимание. Хотя школы испытывали недостаток в денежных средствах, и это сдерживало развитие их сети, тем не менее к концу правления Александра существовало 3 привилегированных лицея, 57 гимназий, 370 уездных школ, 600 частных школ и 3 главных школы (то есть школ в больших губерниях; это название впервые появилось в указе Екатерины 1786 года). То есть всего было 1411 школ (69 629 учеников), тогда как в 1801 году было всего 317 школ (19 915 учеников).