В таком вот виде рассматривался вопрос о преобразовании Сената.
А.Н. Пыпин констатирует:
"Очевидно, что советники императора далеко не были в положении людей, руководящих решениями императора. Он, по-видимому, был всех чувствительнее к вопросу об ограничении деспотизма и огорчался тем, что не представлялось удовлетворительных средств к решению этого вопроса. Но должно
заметить, что эти конституционные мечтания вовсе не были одним легкомыслием <…>. Молодые сотрудники Александра разделяли, конечно, его желание в этом отношении, но и "старые служивцы", "опытные", "осторожные", "искусившиеся опытами жизни" и т. д. также заговорили об этом предмете, рассуждали о нем в Сенате и в своих записках, писанных для императора, требовали Сенату новых прерогатив, воображали превратить его в Законодательное собрание".
В результате Сенат был объявлен "верховным местом" Российской империи. Однако огромные полномочия, дарованные в конечном итоге Сенату, не смогли сколько-нибудь поднять его значение. Дело в том, что по своему составу Сенат остался собранием далеко не первых людей империи. Плюс не было создано механизмов непосредственных взаимодействий этого "верховного места" с верховной властью, и это предопределило характер его отношений с теми же министрами.
В конечном итоге Сенат так и остался полностью зависимым, что дало право флигель-адъютанту императора С.Н. Марину написать такие строки:
Изменениям подвергся и Святейший синод, членами которого состояли митрополиты и архиереи. При Александре представители этого высшего духовенства уже не собирались, а вызывались на заседания по выбору главы Синода, которым стал гражданский чиновник в звании обер-прокурора. Права последнего были значительно расширены (с 1803 по 1824 год место обер-прокурора занимал князь Александр Николаевич Голицын — друг юности императора, ставший с 1816 года также и министром народного просвещения).
С 1813 года был сменен весь личный состав Святейшего синода кроме митрополита Амвросия (в миру Андрея Ивановича Подобедова), да и самому ему стоило немалого труда удержаться на месте.
Самым ценным его помощником и поддержкой в это время был Филарет (в миру Василий Михайлович Дроздов), новое яркое светило православной церкви. Он был сыном коломенского дьякона и родился в 1782 году. В 1812 году его определили ректором Санкт-Перебургской духовной академии, и он оставался там до 1819 года, радикально модернизировал программу преподаваемых дисциплин. А в июле 1817 года, по представлению митрополита Амвросия, ему было поведено быть епископом Ревельским с оставлением за ним должности ректора академии. Как видим, митрополит Амвросий принял Филарета под свое особое покровительство и не ошибся.
А тем временем манифестом от 24 октября 1817 года было создано сдвоенное Министерство духовных дел и народного просвещения с А.Н. Голицыным во главе, и Святейший синод был поставлен в его ведомстве совершенно в такое же положение, как католическая коллегия, духовные управления армян, евреев и других иноверцев. В довершение всего князь Голицын передал свою обер-прокурорскую должность другому лицу, князю Петру Сергеевичу Мещерскому, поставив его себе в прямое подчинение, так что обер-прокурор стал представлять в Синоде не самого императора, а лишь одного из его министров.
Долготерпение Амвросия наконец кончилось, и он высказался против князя Голицына. После этого он был признан несоответствующим своему посту и в марте 1818 года освобожден от управления Санкт-Петербургской епархией. Его удалили в Новгород с титулом митрополита Новгородского и Олонецкого. А через два месяца, в мае 1818 года, он скончался, и на его место назначили черниговского архиепископа Михаила Десницкого. Но и тот вступил в конфликт с А.Н. Голицыным, долго жаловался на него Александру I и скончался в марте 1821 года.
8 (20) сентября 1802 года, издав манифест "Об учреждении министерств", Александр I начал министерскую реформу. В результате вместо прежних коллегий (детищ Петра Великого) было утверждено восемь министерств: иностранных дел, военных сухопутных сил, морских сил, внутренних дел, финансов, юстиции, коммерции и народного просвещения.
В частности, первым министром иностранных дел стал канцлер граф А.Р. Воронцов, первым военным министром — граф С.К. Вязьмитинов, первым министром внутренних дел — граф В.П. Кочубей, первым министром финансов — граф А.И. Васильев, первым морским министром — адмирал Н.С. Мордвинов, первым министром юстиции — Г.Р. Державин, первым министром коммерции — граф Н.П. Румянцев, первым министром народного просвещения — граф П.В. Завадовский.