Государственный совет подразделялся на четыре департамента: в департамент законов входило всё то, что по существу своему составляло предмет закона; комиссия законов должна была представлять в этот департамент все первоначальные начертания законов, в ней составляемых. В департамент военных дел входили «предметы» министерств военного и морского. В департамент гражданских и духовных дел входили дела юстиции, управления духовного и полиции. Наконец, к департаменту государственной экономии принадлежали «предметы общей промышленности, наук, торговли, финансов, казначейства и счётов». При Государственном совете находились: комиссия составления законов, комиссия прошений, государственная канцелярия. Вместе с преобразованием Государственного совета манифестом от 26 июля 1810 г. к прежним министерствам присоединены два новых учреждения: министерство полиции и главное управление ревизии государственных счётов. Наоборот, дела министерства коммерции распределены между министерствами внутренних дел и финансов, а самое министерство коммерции упразднено.
Наравне с реформой центрального управления продолжались преобразования и в сфере духовного просвещения. Свечные доходы церкви, определённые на расходы по устройству духовных училищ (1807 г.), доставили возможность увеличить их количество. В 1809 г. открыта духовная академия в Петербурге и в 1814 г. – в Сергиевской лавре; в 1810 г. учреждён корпус инженеров путей сообщения, в 1811 г. основан Царскосельский лицей, а в 1814 г. открыта Публичная библиотека.
Но и второй период преобразовательной деятельности нарушен был новой войной. Уже вскоре после Эрфуртской конвенции обнаружились несогласия между Россией и Францией. В силу этой конвенции император Александр выставил 30-тысячный отряд союзного войска в Галиции во время австрийской войны 1809 г. Но этот отряд, состоявший под начальством князя С. Ф. Голицына, действовал нерешительно, так как явное стремление Наполеона восстановить или, по крайней мере, значительно усилить Польшу и его отказ утвердить конвенцию 23 декабря 1809 г., предохранявшую Россию от такого усиления, возбуждали сильные опасения со стороны русского правительства.
Возникшие несогласия усилились под влиянием новых обстоятельств. Тариф на 1811 год, изданный 19 декабря 1810 года, возбудил неудовольствие Наполеона. Ещё договором 1801 г. восстановлены были мирные торговые сношения с Францией, а в 1802 г. на 6 лет продлён торговый договор, заключённый в 1786 г. Но уже в 1804 г. запрещено привозить по западной границе всякие бумажные ткани, а в 1805 г. повышены пошлины на некоторые шёлковые и шерстяные изделия с целью поощрения местного, русского производства. Теми же целями руководилось правительство и в 1810 г. Новым тарифом повышены пошлины на вина, дерево, какао, кофе и сахарный песок; иностранные бумажные (кроме белых под клеймение), льняные, шёлковые, шерстяные и тому подобные изделия запрещены; русские товары, лён, пенька, сало, семя льняное, парусные и фламские полотна, поташ и смола обложены высшею отпускной пошлиной. Напротив, дозволен привоз сырых заграничных произведений и беспошлинный вывоз железа из русских заводов. Новый тариф вредил французской торговле и приводил в негодование Наполеона, который требовал, чтобы император Александр принял французский тариф и не принимал не только английских, но и нейтральных (американских) судов в русские гавани. Вскоре за изданием нового тарифа герцог Ольденбургский, дядя императора Александра, лишён был своих владений, а протест государя, циркулярно высказанный по этому поводу 12 марта 1811 г., остался без последствий.
После этих столкновений война была неминуема. Шарнгорет уже в 1810 г. уверял, что у Наполеона готов план войны против России. В 1811 г. с Францией заключила союз Пруссия, затем Австрия. Летом 1812 г. Наполеон двинулся с союзными войсками через Пруссию и 11 июня перешёл Неман между Ковно и Гродно с 600-тысячным войском. Император Александр располагал военными силами втрое меньшими; во главе их стояли: Барклай де Толли и князь Багратион в Виленской и Гродненской губерниях. Но за этим сравнительно небольшим войском стоял весь русский народ, не говоря об отдельных лицах и дворянстве целых губерний, вся Россия добровольно выставила до 320 000 ратников и пожертвовала не менее сотни миллионов рублей. После первых столкновений Барклая под Витебском и Багратиона под Могилёвом с французскими войсками, а также неудачной попытки Наполеона зайти в тыл русским войскам и занять Смоленск Барклай стал отступать по Дорогобужской дороге. Раевскому, а затем и Дохтурову (с Коновницыным и Неверовским) удалось отбить два приступа Наполеона на Смоленск; но после второго приступа Дохтурову пришлось оставить Смоленск и присоединиться к отступавшей армии. Несмотря на отступление, император Александр оставил без последствий попытку Наполеона завязать мирные переговоры, но принуждён был сменить непопулярного среди войск Барклая Кутузовым. Последний приехал в главную квартиру, в Царёво Займище, 17 августа, а 26-го дал битву при Бородине. Исход битвы остался нерешённым, но русские войска продолжали отступать к Москве, население которой сильно возбуждено было против французов, между прочим, афишками графа Ростопчина. Военный совет в Филях вечером 1 сентября решил оставить Москву, которая занята была Наполеоном 3 сентября, но вскоре (7 октября) оставлена ввиду недостатка в припасах, сильных пожаров и упадка военной дисциплины.