Было установлено, что, находясь в Москве, преступник страдал, по показаниям некоторых из его товарищей, припадками меланхолии и иппохондрии и более месяца лежал в клинике при Московском университете. Болезненное настроение его доходило до того, что он писал письмо к одному из своих товарищей, прося прислать ему опиум для прекращения мучений вместе с самой жизнью. В 1866 г. Каракозов был дважды в Петербурге: первый раз он приехал в феврале, а второй раз на Пасху.
По словам знакомых и родных, Каракозов постоянно жаловался на то, что жизнь ему в тягость, что она уже ему надоела и что он ненавидит людей. В Петербурге, скрывая свое настоящее имя и звание, он продолжал лечиться у некоторых докторов. Вместе с тем Каракозов развивал идеи самого крайнего социализма.
Обнаружилось, что Каракозов состоял в тайном кружке, во главе которого был его двоюродный брат Ишутин27. Кружок этот образовался в 1863 г. в основном из учащейся молодежи, вольнослушателей Московского университета, студентов Петровской земледельческой академии и представителей других учебных заведений. В нем состояло менее 20 человек. Своей целью кружок ставил государственный переворот, для осуществления которого выработал целую программу. Московский кружок намеревался войти в близкие отношения с другими, подобными же кружками в Петербурге и в других городах и постепенно распространить свою агитационную деятельность на всю страну.
Верховным уголовным судом члены Ишутинского кружка были приговорены к каторжным работам на разные сроки. Каракозов во время следствия патетически заявил: «Если бы у меня было сто жизней, а не одна, и если бы народ потребовал, чтобы я все эти сто жизней принес в жертву народному благу, — клянусь всем, что только есть святого, что я ни минуты не поколебался бы принести такую жертву».
Когда же его 31 августа приговорили к смерти, Каракозов обращается к Александру II с прошением о помиловании: «Преступление мое так ужасно, что я, государь, не смею и думать о малейшем хотя бы смягчении заслуженного мною наказания. Но клянусь, государь, в свои последние минуты, что если бы не это ужасное болезненное состояние, в котором я находился со времени моей тяжелой нервной болезни, я не совершил бы этого ужасного преступления. Государь, я прошу у Вас прощения, как христианин у христианина, как человек у человека».
Много лет спустя об овидиевых превращениях Каракозова большевик И. Василевский писал: «Это жуткое прошение на высочайшее имя, катастрофическая сдача всех душевных позиций — практических результатов так и не принесла. Каракозова повесили. Но моральные последствия этого ужасны. Вместо гордой смерти революционера, умирающего не только со спокойной улыбкой на устах, но и со счастливым чувством глубокого уважения к своему делу и к самому себе, Каракозов умер унылой, панической, бесславной, обывательской смертью». Ужасно и то, что мы сделали из него героя и даже прикрепили памятную доску в честь его постыдного выстрела на ограде Летнего сада.
Современник Александра II, профессор А. В. Никитенко в апреле 1866 г. пророчески записал: «Чем больше я вдумываюсь в это происшествие, тем мрачнее оно становится в моих глазах. Не есть ли оно роковое начало тех смятений, какие должна вытерпеть Россия, пока она не упрочит и не определит своего нравственного и политического существования? Но неужели ей необходимо пройти этот путь? Неужели необходимо, чтобы двигатели ее будущности возникли из гнездилища всякого рода безобразных умствований, утопий, из воспаления незрелых голов?»28
Всякое уважающее себя правительство должно было бы среагировать на безголовую выходку горе-революционера. И такая реакция последовала на каракозовское покушение.
Произошел радикальный поворот во внутренней политике. Корректировке подвергся ряд преобразований, которыми ознаменовались первые 10 лет царствования.
Последовали и персональные изменения в составе правительства. Вместо министра народного просвещения А. В. Головнина, с которым были связаны либеральные преобразования в университетах, гимназиях и цензуре 1863—1865 гг., был назначен убежденный крепостник и махровый реакционер Д. А. Толстой, оставленный одновременно и обер-прокурором синода. Получил отставку гуманный петербургский генерал-губернатор А. А. Суворов29. Вместо него назначили, но уже не генерал-губернатором, а обер-полицмейстером столицы генерала Ф. Ф. Трепова30. Уволенного от должности шефа жандармов и главноуправляющего III Отделения ограниченного князя В. А. Долгорукова заменил властолюбивый генерал-губернатор остзейских провинций граф П. А. Шувалов. Став вскоре ближайшим советником Александра II, он сосредоточил в своих руках вплоть до отставки в 1874 г. почти диктаторскую власть. «Над Россией распростертой встал внезапною грозой Петр по прозвищу четвертый, Аракчеев же второй» — так характеризовала Шувалова известная эпиграмма того времени, написанная Ф. И. Тютчевым.