Хивинский хан, проведав о выступлении русских, снарядил более 2 тыс. испытанных и надежных всадников из туркменского племени иомудов с наказом взять оба укрепления, отрезать у защитников головы и переслать в Хиву. Поэтому, когда русские подошли к Ак-Булаку, они подверглись яростным атакам туркмен. (Только 700 всадников смогли вернуться в Хиву).
В отряде Перовского от бескормицы и мороза пала большая часть верблюдов и все лошади. При таких условиях, естественно, русский отряд не дошел до Хивы и летом 1840 г. вынужден был вернуться в Оренбург.
Когда подсчитали, чего стоил этот беспримерный зимний поход, то оказалось, что из 12 тыс. верблюдов осталось только 1,5 тыс.; из 5 тыс. солдат и казаков вернулось менее 4 тыс., в том числе 600 больных37.
Но неудача экспедиции Перовского принесла определенную пользу. Она окончательно доказала, что действовать набегами, вдали от опорных пунктов, довольно рискованно и что к цели надо идти, хотя и медленно, но верными шагами, оцепив степь рядом укреплений.
Неблагополучный исход этой экспедиции породил у азиатов сомнение в могуществе России. Они предприняли ряд серьезных набегов на русские поселения и на принявших российское подданство киргизов. Русское правительство в этих условиях пыталось все острые вопросы решить дипломатическим путем. Однако посланные в 1841—1842 гг. в Бухару и Хиву для заключения торгово-политических договоров посольства не дали ожидаемых результатов38.
Для предотвращения и нейтрализации нападений пришлось принимать более радикальные меры. Уже в 1845 г. были возведены укрепления Оренбургское, Уральское, затем Раимское, Карабутак, Кос-Арал. С возведением Раима (1847 г.) совершился выход России на Аральское море. Были заняты устья Сырдарьи, на Аральском море заведены суда, в феврале 1853 г. спущен на воду первый пароход, доставленный в разобранном виде из Швеции. Занятие Сырдарьи давало, с одной стороны, возможность подготовить для Хивы серьезный удар, а с другой — соединить оренбургскую линию с сибирской. Тем временем назначенный вместо В. А. Обручева39 оренбургским генерал-губернатором Перовский предпринял движение вверх по Сырдарье. Но посланный для этого в 1852 г. полковник И. Ф. Бларамберг потерпел под стенами Ак-Мечети неудачу, и экспедиция была отложена до следующего года40.
В конце мая 1853 г. Перовский выступил с Оренбургской линии с 5 тыс. человек и 36 орудиями и 20 июня подошел к крепости Ак-Мечеть, преодолев 900 км за 24 дня. 27 июня он начал штурм крепости и овладел этим оплотом кокандцев к вечеру 1 июля, на пятый день боя.
Ак-Мечеть была переименована в форт Перовский (ныне г. Кзыл-Орда), ставший основной базой новоучрежденной Сырдарьинской военной линии41. С захватом Ак-Мечети было занято около 500 км по течению Сырдарьи, где построили пять новых укреплений. Таким образом, Сырдарьинская линия явилась как бы авангардом Оренбургской линии и ее прямым продолжением; связанная с ней кордоном укреплений от Аральского моря до нижнего течения Урала, она защищала киргизскую степь от туркмен пустыни Устюрт. Попытка Кокандского ханства 18 декабря того же 1853 г. вернуть силой оружия потерянную крепость была отбита. Гарнизон Перовска геройски отразил в 12 раз превосходившие силы кокандцев (13 тыс. человек при 17 орудиях) во главе с бывшим властителем Ак-Мечети Якуб-беком.
Русский гарнизон под начальством подполковника Огарева42 и капитана Шкупь, насчитывавший 1 055 человек, не стал дожидаться осады, сделал вылазку и встретил кокандцев в открытом поле. Вылазкой руководил капитан Шкупь, который с отрядом 350 человек пехоты и 190 казаков с 4 орудиями разгромил противника, захватил их лагерь и всю артиллерию43.
В эти же годы наблюдалось некоторое продвижение русских войск в глубь Казахстана и со стороны Западной Сибири.
В 1847 г. часть Большой Орды, считавшаяся до того независимой, приняла подданство России. Среди кочевьев этой орды, вблизи Семиреченского Алатау, было заложено укрепление Копал.
Царские воинские отряды в начале 50-х годов в Семиречье перешли р. Или и заняли почти весь Заилийский край. Здесь, у казахского селения Алматы («яблочное место»), в 1854 г. начало возводиться укрепление Верное (в 1867 г. переименовано в г. Верный, с 1921 г. — Алма-Ата)44.
В дальнейшем это укрепление стало опорным пунктом военных операций против Коканда. От Семипалатинска до Верного, почти параллельно Сырдарьинской линии, протянулась цепь укреплений на подступах к Средней Азии — Сибирская линия. В 1854 г. в Петербурге на заседании Особого комитета, в котором приняла участие правящая элита, в том числе оренбургский и западносибирский генерал-губернаторы, было принято решение соединить эти линии.