Обширное пространство от Аральского моря до озера Иссык-Куль было объединено в Туркестанскую область, военным губернатором которой стал генерал М. Г. Черняев, подчиненный как в военном, так и в гражданском отношении оренбургскому генерал-губернатору и командующему войсками Оренбургского военного округа. В сентябре 1865 г. в Ташкент прибыл оренбургский генерал-губернатор генерал-адъютант Н. А. Крыжановский96 на встречу с жителями, которые просили о принятии их в подданство русского царя.
Руководствуясь решением русского правительства, Крыжановский объявил им, что желание их не может быть исполнено. Жителям было предложено образовать отдельное ханство под покровительством России и выбрать себе хана. Однако предложение это осталось без последствий.
В следующем году Ташкент был включен в состав России.
Русско-бухарские отношения и образование
Туркестанского генерал-губернаторства
Примечательно, что большинство среднеазиатских феодальных властителей не только не поддерживали друг друга в борьбе с русскими войсками, а наоборот, один радовался поражению другого. Так, известный боевыми действиями в Туркестане генерал Д. И. Романовский писал: «Они не скрывают уже ненависти друг к другу, все бухарсхие и кокандские посланцы, бывшие у меня в последнее время, не раз выражали мне готовность помогать нам в случае нашего наступления: кокандцы — при наступлении на Бухару, а бухарцы — при наступлении на Коканд»97. И не удивительно, что борьбой кокандского хана с русскими войсками воспользовался бухарский эмир. Осенью 1865 г. он овладел Кокандом.
Шедшие в это время переговоры русского командования с эмиром зашли в тупик. Посланное к эмиру генералом Черняевым посольство было задержано. Требование освободить послов Черняев подкрепил в январе 1866 г. движением войск к бухарской крепости Джизаку. Но этот зимний поход из-за недостатка фуража и полученных приказаний из Петербурга был приостановлен. Русский отряд вынужден был вернуться за Сырдарью.
Отступление отряда сильно подействовало на возбуждение фанатизма в Бухаре. Когда весною того же года вместо Черняева губернатором Туркестанской области назначили генерала Д. Н. Романовского, нельзя уже было избежать войны с Бухарой.
Эмир Бухарский двинул к Ташкенту 35-тысячное войско. Романовский встретил его 6 мая с трехтысячным отрядом на Ирджаре (на Сырдарье, ниже г. Ходжента) и полностью разгромил. 24 мая был взят Ходжент98, а в октябре с приездом к отряду генерала Крыжановского, покорены сильные крепости Ура-Тюбе и Джизак.
В Петербурге, однако, сочли эти действия нарушением данных Крыжановскому предписаний и, изъяв Туркестанский край из подчинения оренбургскому генерал-губернатору, образовали в 1867 г. из всех земель, занятых с 1847 г. в киргизских степях и в кокандском ханстве, Туркестанское генерал-губернаторство с центром в Ташкенте. Конкретно в это генерал-губернаторство вошли бывшая Сырдарьинская линия, Туркестанская область и Семиречье. Генерал-губернатором и командующим войсками Туркестанского военного округа 14 июля 1867 г. стал генерал-адъютант К. П. фон Кауфман. Ему были даны широкие полномочия вести переговоры с соседними владениями, объявлять войну и заключать мир99. Сам факт введения института генерал-губернаторства в Туркестане Д. А. Милютин оценил как «верный и решительный шаг в нашей политике в этой части света»100.
26 марта 1867 г. Александр II принял в Зимнем дворце депутацию из новоприсоединенного края, прибывшую в Петербург для изъявления императору верноподданнических чувств. Адрес от жителей края с выражением преданности и признательности русскому царю, принявшему их в свое подданство, преподнес депутат от города Туркестана, шейх Ислам, потомок султана Азрета, гробница которого, находящаяся в этом городе, считается мусульманской святыней.
Внимательно выслушав адрес, Александр II выразил удовлетворение, что новые подданные России довольны своим положением, и высказал надежду, что со временем их положение еще более улучшится. В ходе теплой беседы с депутатами монарх интересовался состоянием торговли в крае, народным образованием, положением мусульманского духовенства и в заключение вручил пожалованные им ордена, медали и перстни101.