В то же время целые полчища восставших вторглись в русские владения. Незамедлительно был сформирован отряд (4,5 тыс. человек) под командованием генерал-лейтенанта Головачева, который, действуя весьма энергично, разбил 10 августа в долине Ангрена мятежников Зюльфикара (6 тыс. человек) и затем, успев оттеснить кокандцев, успокоил Куроминский уезд.
В пограничной с туркестанским краем кокандской крепости Махрам сосредоточилось войско восставших численностью до 50 тыс. человек. Часть повстанцев атаковала Ходжент, другая пошла к Ташкенту. Генерал-адъютант Кауфман отрядом в 9 рот, 8 сотен казаков и 20 орудий 22 августа разбил кокандцев под Махрамом.
Особенно в этом деле отличилась кавалерия под командованием Скобелева. Русские войска отбили у кокандцев 39 орудий и множество запасов.
Утвердив свое влияние в Махрамском бекстве, Кауфман направился к столице кокандцев — Коканду и занял его без боя 29 августа, поскольку восставшие, проученные жестоким поражением под Махрамом, больше не хотели оказывать сопротивления. Однако остальные города не желали изъявлять покорности, и потому Кауфман двинулся на Маргелан, который тоже сдался без сопротивления, когда русские появились под стенами города. Скобелев был послан в горы преследовать непокорных кокандцев, во главе которых находился Афтобачи. Лихими разъездами Скобелев загнал формирования Афтобачи далеко в горы и внушил кокандцам такой страх, что они сдали ему без боя город Ош, который ранее никогда не видал в своих стенах неприятеля.
В результате этой экспедиции была занята северная часть ханства с г. Наманганом. Русский отряд вернулся обратно, оставив гарнизон в Намангане.
22 сентября 1875 г. между кокандским ханом и генерал-губернатором Туркестана Кауфманом в городе Маргелане был подписан новый русско-кокандский договор. Часть земель на правобережье Сырдарьи и Нарына была включена в состав Туркестанского генерал-губернаторства и получила название Наманганского отдела. Начальником этого отдела был назначен Скобелев, произведенный в генералы за Махрамское дело. Хан обязывался выплатить военную контрибуцию и оплатить убытки русским подданным. Между тем и после подписания договора волнения в Кокандском ханстве не утихали. Мусульманское духовенство и феодальная верхушка продолжали распространять среди дехкан и городских жителей националистические лозунги газавата. По предложению Абдуррахмана-Афтобачи кокандским ханом был избран Пулат-бек. Насреддин, как и его отец, вынужден был бежать из Коканда и искать покровительства у России.
Центром сосредоточения сил восставших стал Андижан, в 60 километрах от Намангана. Кауфман поручил генералам В. Н. Троицкому123 и М. Д. Скобелеву проучить андижанцев, что и было ими исполнено в начале октября. Однако и это не образумило кокандцев и волнение продолжалось повсеместно. Тогда русские войска вновь заняли Махрам.
Генерал Скобелев во второй половине октября, оставив в Намангане небольшой гарнизон, выступил из города с войсками для очищения окрестностей от бродивших повсюду кокандских банд. Пользуясь его отсутствием, наманганцы восстали против русских властей и осадили в цитадели остававшийся там гарнизон. Осада не имела успеха: гарнизон продержался три дня, пока 27 октября не подоспел обратно сам Скобелев.
Повсюду в крае бесчинствовали банды восставших. В Маргелане зверски были замучены попавшие в плен русские. Им предлагали перейти в мусульманство, однако никто из них не согласился переменить веру, и их подвергли невероятным пыткам. Узнав, что мятежники сосредоточиваются в Андижане и Маргелане, Скобелев 25 декабря 1875 г. выступил из Намангана в зимний поход с отрядом в 2 800 человек. Несмотря на 15-градусный мороз, отряд быстро подошел к Андижану и взял его штурмом 9 января 1876 г. Кокандцы бежали в беспорядке к Асаке. Скобелев двинулся за ними, разбил их под Асаке и занял этот город. 24 января на милость Скобелева сдался сам Абдуррахман Афтобачи124. Но оставался еще один руководитель газавата Пулат-хан, около которого группировались непокорные. Кроме того, многие местности в горах оставались в руках восставших.
Как выяснилось, население города Коканда под руководством Насреддина затевает враждебные действия против русских, и тогда решено было занять его царскими войсками. 7 февраля Скобелев подошел к Коканду и занял его без боя.
Таким образом, в важнейших населенных пунктах ханства были размещены русские войска. Основные руководители газавата оказались в руках туркестанских властей. Несколько человек, в числе которых оказался и Пулат-бек, были казнены.