Наиболее напряженный и упорный характер война на Кавказе приняла, когда в 1834 году во главе горцев встал Шамиль. Именно при нем Дагестан и Чечня объединились в единое государство — имамат, в котором вся полнота светской и духовной власти принадлежала имаму Шамилю. Ему удалось создать единую государственную казну, куда все жители имамата были обязаны вносить 1/10 часть своих доходов. Шамиль уничтожил работорговлю, ввел единый арабский язык, признанный государственным, заменил традиционное право шариатом. Опираясь на помощь Турции и Англии, горцы получили современное вооружение, научились создавать укрепления по последнему слову военной науки.
Шамиль объявил мобилизацию в армию всех мужчин в возрасте от 15 до 50 лет, которые должны были ежедневно упражняться в ружейной стрельбе и верховой езде. Войска горцев были разбиты на десятки, сотни и тысячи, а главную силу в них составляла легкая конница. В некоторых кампаниях против русских войск число воинов Шамиля доходило до 30-40 тысяч человек. В течение четверти века имамат упорно сопротивлялся попыткам присоединить Северный Кавказ к империи. Подвижные, привычные к действиям в горах, его войска легко укреплялись в неприступных местах. Правда, в 1837 году, после ряда поражении Шамиль был вынужден признать российское подданство, но через год он снова поднял восстание. Клятва, данная «неверным», не имела ценности в глазах истинно верующих.
Трудное для России положение сложилось в этом регионе в годы Крымской войны. В 1853 году весь Восточный Кавказ представлял собой мину замедленного действия, но Шамиль упустил момент наивысшего воодушевления подданных имамата. Решившись приступить к активным действиям только в 1854 году, он, правда, доставил царским войскам массу неприятностей и в июле, и в октябре этого года. Однако пыл горцев постепенно, но заметно начал остывать, а Турция с Англией не смогли оказать им ожидаемой поддержки.
После подписания Парижского мирного договора Россия получила возможность сосредоточить на Кавказе 200-тысячную армию, и положение Шамиля стало безнадежным. Тем более что дух населения, религиозный фанатизм, вера в мудрость имама заметно сходили на нет.
Борьба горцев безусловно носила национально-освободительный характер. Эмиграция 493 тысяч адыгов, абхазов и представителей других национальностей в Турцию под давлением русских войск стала подлинной трагедией. Решать вопросы соседства разных национальностей силой оказалось опасно и ненадежно. С другой стороны, религиозный фанатизм, нетерпимость к «неверным», свойственные мюридизму, не несли в себе творческого начала и не помогали решению задач, стоявших перед народами Кавказа. Изоляция от соседей, воспитание ненависти к инаковерующим не являлись путем к созданию подлинно цивилизованных отношений между людьми.
Боевое крещение нашего героя произошло в годы Кавказской эпопеи и выразилось в случайной схватке с чеченцами в октябре 1850 года около крепости Ачхой. Вблизи воспетого Лермонтовым Валерика наследник заметил отряд неприятеля и тотчас поскакал к нему, увлекая за собой свиту казаков конвоя и приданную конвою артиллерию. Чеченцы, выстрелив по Александру Николаевичу, бросились бежать, но были окружены превосходящими их силами русских. Оружие командующего чеченским отрядом, убитого в коротком столкновении, преподнесли наследнику престола. Наместник Кавказа князь Воронцов, сопровождавший высокую персону в поездке по краю, ходатайствовал перед императором о награждении отличившегося наследника (поступок которого, по правде говоря, был достаточно безрассудным) крестом Святого Георгия 4-й степени. Александр Николаевич получил награду, будучи еще на Кавказе, из рук своего старого знакомца Паткуля, специально посланного Николаем I с этим приятным поручением.
Наш герой тогда и представить себе не мог, что кавказская бойня, начавшаяся в 1810-х годах, растянется до середины 1860-х, унесет десятки тысяч жизней, заставит сосредоточить на Кавказе целую армию, которую, правда, будут по-прежнему стыдливо называть Кавказским корпусом. Только в 1859 году удастся пленить руководителя и вдохновителя горцев имама Шамиля (но и это, как мы знаем, не стало окончательным решением вопроса. Вряд ли у подобных вопросов вообще существует чисто военное решение). По распоряжению ставшего к тому времени императором Александра II к пленному имаму относились как к главе иностранного государства (почетный конвой, осмотр достопримечательных мест России и т. п.). По пути к новому месту жительства, в Калугу, Шамиль встретился с Александром II в Чугуеве, близ Харькова, где в честь почетного пленника состоялся военный парад.
Хорошо понимая, как тяжела участь вождя горцев, император отнесся к поверженному противнику по-христиански доброжелательно и даже разрешил ему взять с собой в Калугу родных и слуг (всего 22 человека). Доброта — такое качество характера, которое обычно не тускнеет с годами. Стоит отметить, истины ради, что нашим героем руководила не только приверженность христианской морали, скорее всего, у него просто не оставалось иного выхода. Смерть Шамиля в бою или на эшафоте превращала имама в священный для горцев символ; прощение или высылка за границу делала бы его источником постоянной опасности для Империи; оставалось одно — Шамиль как заложник мира и спокойствия на Северное Кавказе. Его плен был достаточно комфортабелен и необременителен: содержание имама и его родных брало на себя правительство России. Позже ему даже разрешили совершить два хаджа в Мекку (во время второго из них Шамиль умер, и похоронен в Медине). Его старший сын Кази-Магома со временем сделался турецким генералом, воевал против России в 1877-1878 годах и прославился своими зверствами во время боев на Кавказе. Средний сын Магомет-Шафи поступил в русскую кавалерию, стал примерным воином и достиг генерального чина, оставаясь в глазах однополчан добрым малым и умелым командиром. Как бы то ни было, после пленения Шамиля Александру II удавалось в течение следующих десятилетий удерживать мир на Северном Кавказе.
Крымскую войну 1853-1856 годов Александр Николаевич встретил в звании главнокомандующего гвардейским и гренадерским корпусами. В продолжение всего 1854 года цесаревич был главным помощником императора в деле обороны российских рубежей, умножения ее боевых сил. Когда гвардия выступила в крымский поход, она была заменена в Петербурге резервистами и запасными частями, сформированными под непосредственным наблюдением Александра Николаевича. Он же отвечал за защиту балтийского побережья от Выборга до Нарвы. Многочисленные заботы и хлопоты наследника не могли скрыть от него того тяжелого положения, в которое попали русские армия и флот в Крыму. Высадка франко-английского экспедиционного корпуса на полуострове, поражение русских войск на реке Альма, осада крупнейшей на Черном море военно-морской базы — Севастополя, безуспешные попытки разблокировать его, гибель Черноморского флота — показали всем и каждому неприспособленность крепостнической России к ведению современных войн. В который уже раз война сыграла для нашей страны роль индикатора уровня развития империи в сопоставлении с Западом, послужила способом проверки собственной экономики, армии, устойчивости социально-экономического строя, финансовой системы и других сфер жизни государства.
Героизм защитников Севастополя, их многомесячная борьба с превосходящими силами противника лишь подчеркнули отставание николаевского государства от развитых стран Европы. Наследник понимал, что ситуация складывалась катастрофическая, но насколько она ужасна, он узнал из докладов товарища (заместителя) военного министра Д. А. Милютина. К этому человеку Александр Николаевич начал присматриваться в ходе Крымской войны и, судя по всему, примерял его к посту военного министра (то, что Долгорукова придется уволить с этого поста после окончания военных действии, наследнику было совершенно ясно).