В 1883 г. Победоносцев произведён в действительные тайные советники. В 1894 г. пожалован в статс-секретари к Его Императорскому Величеству. Он являлся членом многих особых комитетов и совещаний, в том числе для составления проекта нового положения об императорской фамилии (1886), для помощи нуждающимся в местностях, пострадавших от неурожая (1891-1893). Был действительным членом Общества истории и древностей российских при Императорском Московском университете (с 1875 г.), Юридического общества при Императорском Петербургском университете (с 1877 г.). Неоднократно избирался членом совета и вице-председателем Императорского Русского исторического общества. Почётный член Императорской академии наук (с 1880 г.), Императорского православного палестинского общества (с 1882 г.), Московского публичного и Румянцевского музеев (с 1901 г.) и многих других научных, общественных и религиозных организаций. Кавалер орденов Св. Александра Невского (1883 г., алмазные знаки к ордену — 1888 г.), Св. Владимира 1 степени.(1896), Св. Андрея Первозванного (1898 г., алмазные знаки к ордену — 1904 г.) и других.
Победоносцев был женат с 1866 г. на Екатерине Александровне Энгельгардт, дочери надворного советника А. А. Энгельгардта. Она была организатором (в конце 1880-х гг.) и в течение более чем 30 лет руководителем Свято-Владимирской женской церковно-учительской школы в С. — Петербурге. У них была приёмная дочь Марфа, подкинутая неизвестным лицом 9 июня 1897 г. к квартире Победоносцева в доме № 62 по Литейному проспекту. Умер Константин Петрович 10 марта 1907 г. в С. — Петербурге на 80-м году жизни и похоронен согласно его завещанию у восточной алтарной стены церкви во имя Введения в храм Пресвятой Богородицы, находившейся в Свято-Владимирской женской церковно-учительской школе (в настоящее время это одно из зданий, принадлежащих городской больнице № 21 им. И. Г. Коняшина).
Победоносцев оставил дневники, пропавшие согласно воспоминаниям жены в 1920-х гг.
Вскоре после вступления Александра III на престол Святейший синод издал 5 апреля 1881 г. своё пастырское послание, за которым последовал известный высочайший манифест 29 апреля. По настоянию Победоносцева церковные реформы, проведённые при Александре II, подверглись пересмотру. 9 января 1882 г. Александр III подписал «определение» о прекращении действия закона 16 апреля 1869 г. о сокращении численности приходских храмов и причтов. Последовательно восстанавливались прежние приходы и создавались новые. 16 февраля 1885 г. вышло повеление императора «О закрытии (Главного) Присутствия по делам православного духовенства и об изменении некоторых постановлений, касающихся устройства церковных приходов и состава причтов» (220, т. 5, № 2753), которое закрепило курс на расширение штата духовенства.
В результате в период царствования Александра III существенно увеличилось число епархий, монастырей и храмов. Были открыты новые епархии: Екатеринбургская, Владикавказская, Финляндская и Забайкальская. Увеличилось число викарных епископов с 28 до 37. К концу царствования в России было 64 епархии (248, с. 167), 3 митрополита, 17 архиепископов, 44 самостоятельных епископа и 37 викарных (164а, с. 67). Число священников и диаконов увеличилось на 20%, достигнув 56’900. Численность чёрного духовенства возросла на 64% — с 27’700 до 45’500. Ежегодно в среднем открывалось до 250 храмов и 10 монастырей (197, с. 8, 68—69). Многие монастыри были преобразованы в общежительные, возобновлялись древние исторические обители. К концу царствования Александра III насчитывалось 774 монастыря (число их увеличилось на 143, среди которых было 75 мужских и 68 женских).
Важными событиями в жизни православной церкви явились собрания епископов в Киеве в 1884 г., в Казани и Иркутске в 1885 г., проведённые по почину Победоносцева. Вместе с миссионерскими съездами в Москве в 1887 и 1891 гг. они представляли собой давно забытое, неслыханное несколько столетий, явление, напоминающее соборы допетровской Руси. Большое значение придавалось празднованию церковно-общественных юбилеев, которых в рассматриваемый период состоялось 17, в том числе 1000-летие кончины св. Мефодия (1885), 900-летие Крещения Руси (1888), 500-летие кончины Сергия Радонежского (1892), 300-летие присоединения Сибири (1882), 100-летие присоединения Крыма (1883). Собрания архипастырей и празднование юбилеев способствовали подъёму религиозно-нравственной жизни общества.