Особенно значительное для западной окраины России и отрадное для русской церкви явление составляет обращение в православие чехов Волынской губернии, начавшееся в знаменательном для России 1888 г. В 1888 и 1889 гг. присоединилось к православию 6901 человек. Присоединение чехов продолжалось в 1890-1891 гг. и совпало с высочайшим посещением Волынской епархии в августе и сентябре 1890 г. Император прибыл сюда вместе с августейшей супругой, наследником цесаревичем, великой княжной Ксенией Александровной и великим князем Владимиром Александровичем. Города, села, станции железных дорог на пути следования августейших особ украшались, как только могли. Помещики и крестьяне приветствовали хлебом-солью державного хозяина Русской земли. В Луцком соборе царское семейство осматривало христианские древности: иконы, ризы, Евангелие, кресты, облачения, древние требники и другие предметы, собранные православным Свято-Владимирским братством. Вызвав у местного населения неподдельный интерес, высочайшее посещение Волыни вместе с тем имело благодетельные последствия для православия и русских людей в этом крае, бывшем некогда под чуждым и враждебным России владычеством. После высочайшего посещения многие из чехов, живших на Волыни, решили присоединиться к православию, которого держится русский царь, чтобы вместе с русским народом быть не только под одним скипетром державной власти, но и исповедывать одну с ним веру. В 1890-1891 гг. присоединилось всего чехов 2062 лица обоего пола.
Какого великого покровителя и заступника имели в лице Александра III присоединившиеся к православию в Прибалтийском и Привислинском краях, подтверждается следующим. В начале 80-х гг. среди эстов Прибалтийского края началось сильное движение населения в православие, напоминавшее подобное же движение латышей в конце 40-х гг. История показывает, что единственно благой воле императора Александра III русская церковь обязана тем, что на этот раз не удалось заглушить движения, как оно было заглушено в 40-х гг. Движение эстов в православие встретило как в местном дворянстве, так и в лютеранском духовенстве чрезвычайно враждебное противодействие. Не только начали запугивать народ наказанием в будущей жизни, но и притеснять материально. Пасторы произносили возбуждающие проповеди, поносили с кафедры православную церковь, говорили, что православных обложат непомерными податями и т. п. Дворянство действовало заодно с пасторами, притесняло арендаторов и батраков, сочувствовавших православию, лишая их всякого заработка. Но самым трудным для лиц, готовившихся к переходу в православие, был шестимесячный срок испытания, придуманный в 40-х гг. Лютеране, заявлявшие о желании присоединиться к православной церкви, могли только через полгода после заявления совершить это присоединение, и пасторы с замечательным искусством пользовались этой мерой. Они заявляли пастве, что для записавшихся в православие не будут совершать никаких треб, что в случае смерти не допустят погребения по христианскому обряду, а будут хоронить вместе с самоубийцами и т. п. Это не были пустые угрозы. Кончалось тем, что заявлявшие о присоединении к православию отрекались от своего намерения и давали пасторам обет никогда не покидать лютеранской церкви.
Вникнув в существо вопроса, Александр III оказал защиту движению эстов. Распоряжение о шестимесячном сроке испытания было отменено как несогласное с достоинством православной церкви, а духовному начальству было вменено в обязанность «самому иметь наблюдение за достаточным приготовлением лютеран, принимающих православную веру, в познании оной и в искреннем расположении к ней, с назначением потребного времени для такого приготовления по его усмотрению». Когда рижский преосвященный, будучи в С. — Петербурге, имел возможность принести императору благодарность за высочайшее соизволение эстам свободно принимать православную веру, государь спросил: «Вы разумеете шестимесячный срок испытания?» — и, получив утвердительный ответ, сказал: «И следовало их защитить».
Надо подчеркнуть, что Александр III был истинным утвердителем православной церкви на балтийской, столь враждебной православию окраине. Аналогичные заботы проявлял государь и в Привислинском крае. Принимаемые в Холмско-Варшавской епархии меры к упрочению православия среди воссоединённого населения постоянно привлекали его царственное внимание.
Одну из самых важных и наиболее трудных задач миссионерской деятельности составляло обращение на истинный путь заблудших чад православной церкви — раскольников и сектантов (пашковцев, толстовцев, штундистов, духоборов). Общие меры, используемые для этого, отличались просветительным характером, воздействием на заблуждающихся не путём внешнего давления, а путём убеждения.