В манифесте, появившемся после кончины Николая Александровича, говорилось:
«Всевышнему угодно было поразить нас страшным ударом… Но, покорясь безропотно Промыслу Божьему, мы молим Всемогущего Творца вселенныя, да даст нам твердость и силу к перенесению глубокой горести, Его волею нам ниспосланной…»
Живший в это время в Ницце поэт Федор Иванович Тютчев написал стихотворение «12 апреля 1865 года»:
Ницца погрузилась в глубокий траур. У виллы Вермонт был выставлен траурный почетный караул — пятьдесят стрелков французской императорской армии, кавалерийский эскадрон из Марселя и русские матросы.
Все вокруг было в траурных лентах; сабли офицеров были покрыты черным крепом. На всех общественных зданиях были приспущены флаги. Корабли, стоявшие на рейде Ниццы и Вильфранша, также в знак траура приспустили флаги.
14 апреля тело Николая Александровича было перенесено в русскую церковь на улицу Лоншан. Эту церковь построила бабушка покойного цесаревича — императрица Александра Федоровна, супруга Николая I. В длинной траурной процессии шествовали певчие и духовенство, среди которых был духовник великого князя священник Прилежаев.
За шеренгами казаков вместе с пешими егерями французской императорской гвардии шел император Александр II. Далее следовали братья покойного — великие князья Александр, Владимир и Алексей, затем герцог Николай Лейхтенбергский, герцог Георгий Мекленбургский и принц Александр Гессен-Дармштадтский, представители иностранных государств, личная свита покойного великого князя и Их Императорских величеств.
Императрица ехала в специальной коляске вместе со своими младшими детьми: Сергеем, Павлом и Марией. За императорским экипажем следовали коляски придворных дам из свиты императрицы, затем различных российских сановников, гражданских и политических высших должностных лиц, членов русской колонии в Ницце. Замыкало процессию подразделение русских моряков.
17 апреля после утренней панихиды был зачитан императорский манифест, в котором объявлялось, что отныне великого князя Александра Александровича следует величать великим князем и наследником. Несколько дней спустя Александр Александрович записал в дневнике:
«Бог призвал меня на это трудное и неутешительное место. Никогда не забуду этот день в Ницце, первую панихиду над телом милого друга, где все несколько минут стояли на месте, молчали и только слышались со всех сторон рыдания, и рыдания неподдельные, а от глубины души. Никогда я не чувствовал в себе столько накопившихся слез; они лились обильно, облегчая грусть. Все жалели Отца и Мать, но они лишились только сына, правда, любимого. Мать больше других, но обо мне никто не подумал, чего я лишился: брата, друга. И что всего ужаснее — это его наследство, которое он мне передал; я думал в те минуты, что я не переживу брата, что я буду постоянно плакать только при одной мысли, что нет больше у меня брата и друга. Но Бог подкрепил меня и дал силы приняться за новое мое назначение. Может, я часто забывал в глазах других мое назначение, но в душе моей всегда было это чувство, что я не для себя должен жить, а для других; тяжелая и трудная обязанность. Но «Да будет Воля твоя, Боже», эти слова я твержу постоянно, и они меня утешают и поддерживают всегда, потому что все, что и случится, все это Воля Божия, и потому я спокоен и уповаю на Господа!»
18 апреля состоялось перенесение тела на военный фрегат «Александр Невский». Фрегат под командованием контр-адмирала Степана Лесовского под эскортом французских военных кораблей взял курс на Санкт-Петербург.
21 мая фрегат с печальным грузом на борту прибыл в Кронштадт.
24 мая император Александр II и императрица Мария Александровна возвратились в Царское Село. Было приказано, чтобы никакие церемонии не сопровождали их приезд. В семье царил траур.