Иванов прохворал всего три дня. 3 июля 1858 года его не стало. Он умирал с мыслью о путешествии в Палестину, с намерением поселиться в Москве и начать воспитание молодых художников. Будущее русского искусства не выходило у него из головы. Ему все казалось, что ему так и не удалось совершить в искусстве все то, к чему он был призван. По своей обычной скромности он не мог понять, что его трагическая смерть была достойным завершением всей его благородной жизни.
Через несколько часов после смерти Иванова в дом Боткина явился лакей с конвертом из Придворной конторы с уведомлением о том, что император покупает картину «Явление» за пятнадцать тысяч рублей и дарует художнику Владимира в петлицу.
Похороны его были скромные. Хотя отпевание происходило в академической церкви, многим бросилось в глаза отсутствие представителей высшего академического начальства. Зато похороны Иванова собрали тех людей, которые уже угадывали в Иванове будущую гордость русского искусства. Многим, тогда еще молодым людям, которые впоследствии стали передовыми деятелями русской культуры, похороны эти запомнились на всю жизнь.
Для того чтобы ослабить впечатление от речей двух студентов, произнесенных на могиле Иванова в Новодевичьем, решено было прочесть стихотворение, посвященное ему П. А. Вяземским. В прошлом близкий к передовым кругам русской литературы, он давно уже перешел в лагерь черной реакции. Вот почему в сочинении его сквозь старомодно высокопарные похвалы в адрес художника так ясно проглядывало намерение всячески отвлечь внимание от его трагической судьбы.
Иванов именовался в стихотворении «схимником», хотя это противоречило правде. Художнику, который так последовательно шел к реализму, приписывалась прозрение того, что «не увидеть темным оком». Как бы в ответ на возможные упреки в недооценке Иванова в России заместитель министра народного просвещения, каковым был в то время П. А. Вяземский, восклицал: «И что тебе народный суд!» И, наконец, чтобы склонить людей признать все злоключения художника чем-то неизбежным, он притворно разводил руками и винил во всем современность — «наш век промышленных и всяких сделок». Вот почему после стихов таким протестом прозвучали слова какого-то молодого человека, который вслух спросил самого себя: «Что дала Иванову Россия за его картину?» И сам себе ответил: «Могилу».
Два года спустя в окрестностях Рима по пустынной дороге, которая ведет в город из старинного храма Сан Паоло фуори ле муре неподалеку от Монте Тестаччо, неторопливо возвращались домой три путешественника, разговаривая по-русски друг с другом. Один из них был брат умершего художника Сергей Иванов, два других — братья Сергей и Михаил Боткины, незадолго до того приехавшие из Петербурга в Рим. Некоторое время они шли в полном молчании. Потом Сергей Андреевич заговорил о своем умершем брате. Последнее его письмо было отправлено меньше чем за неделю до смерти, письмо это едва достигло Рима, как пришла срочная депеша с известием об его кончине. Сергея вызывали в Петербург, в противном случае его пугали осложнениями при вступлении в права наследника, но тот решительно отказался ехать. Потом ему были пересланы официальные соболезнования, но до сих пор он так и не узнал истинных обстоятельств трагической кончины своего брата и только теперь среди тишины древнего Рима решился об этом спросить очевидцев. Михаил Боткин стал подробно передавать все, что знал о последних днях жизни Александра Иванова. Казалось, Сергей внимательно слушал это печальное повествование, он только задавал отрывистые вопросы и расстался со спутниками своими у ворот своего дома.
Об этом случае Сергей Иванов вспомнил позднее и писал по этому поводу Боткину: «Вы с Сергеем Петровичем начали мне рассказывать последние минуты жизни брата. От первых слов мое дыхание сперлось. Я старался преодолеть себя, старался слушать, но, признаться, звуки доходили, но я не понимал.