Другая проблема, с которой сразу же столкнулся А. Лукашенко, - это националистическая оппозиция. Многие из руководящих ею людей имели не только непомерные амбиции, но и мандаты депутатов Верховного Совета. Поэтому конфликт президента и Верховного Совета 12-го созыва был неизбежен. Внимания историка заслуживают сегодня лишь некоторые эпизоды этого конфликта, который подробно описан в белорусской мемуарной литературе.
Александра Лукашенко избрали президентом на основе Конституции 1994 г., ряд положений которой были приняты под давлением оппозиции и которые он не мог поддержать: он считал необходимым усилить власть президента и уменьшить полномочия парламента. С этой целью он, действуя по всему фронту проблем, выбрал самую важную для белорусских националистов позицию, и нанес по ним удар: он предложил провести референдум об изменении флага и герба Беларуси, содержащий и ряд других вопросов, связанных с общей политикой президента (в частности, вопрос о возвращении русскому языку статуса государственного наряду с белорусским, что тоже представляло удар по БНФ, который был ядром оппозиции в парламенте).
Было почти очевидно, что Александр Лукашенко выиграет референдум и что БНФ потерпит поражение. Не рассчитывая на победу, депутаты из БНФ решились на провокацию: они объявили голодовку, расположившись в главном зале Дома правительства, где тогда проходили заседания Верховного Совета, чтобы сделать эти заседания невозможными.
Несомненно, что президент имел возможность выбирать разные решения, например, мягкое - перенос заседаний Верховного Совета в другое место. Однако А. Лукашенко решил не игнорировать провокации оппозиции, а пресекать прямо и жестко. Министр внутренних дел Беларуси доложил ему, что по полученным в МВД сообщениям, в здании Дома правительства заложена бомба и жизни депутатов угрожает опасность. Президент приказал действовать по инструкции, а та гласила, что при угрозе взрыва все, кто находится в опасной зоне и не подчиняется распоряжениям властей, должны бьпъ удалены принудительно, что и было сделано. На следующий день в зале Дома правительства прошло очередное заседание Верховного Совета.Референдум состоялся 14 мая 1995 г. Из 7,4 млн граждан, имеющих право в нем участвовать, голосовали 4,8 млн (64,8%). На вопрос «Согласны ли вы с приданием русскому языку равного статуса с белорусским?» положительно ответили 83% участников референдума. В поддержку предложения президента об установлении новых государственных флага и герба Республики Беларусь проголосовало 74,1%, за одобрение его действий, направленных на экономическую интеграцию с Россией, - 83,3%. На вопрос об изменении Конституции страны, позволяющих президенту распускать Верховный Совет «в случае систематического или грубого нарушения Конституции», положительно ответили 77,7%.
В этот же день прошли выборы Верховного Совета нового, 13-го, созыва, но из-за обилия кандидатов и остроты борьбы мандаты получили только 18 депутатов. Понадобилось еще три тура и пять месяцев, чтобы Верховный Совет смог работать. В него не прошел ни один из членов БНФ1. Тем не менее с законодателями у А. Лукашенко возникали один за другим новые конфликты, так как многие решения и действия Верховного Совета 13-го созыва противоречили его политической линии. Это противостояние нарушало стабильность и нормальную жизнь общества, уставшего от непрерывных баталий. Особенно решительно оппозиция выступала против подписания президентом первого договора о создании Сообщества Беларуси и России, что, по ее догматическим заявлениям, нарушало суверенитет Республики. Именно проблема выбора главного геополитического союзника для Беларуси на ближайшие десятилетия (Евросоюза или России) была сутью конфликта. В «горячую весну» протестов оппозиции удалось втянуть немало людей, но кончилось все ее поражением, и Зенон Позняк эмигрировал.
Александр Лукашенко начал готовить новый референдум по изменению Конституции, а Верховный Совет - импичмент президенту. Этот раунд политической борьбы выиграл тоже президент. Оппозиции не удалось начать дело в Конституционном суде по отрешению Лукашенко от власти, а референдум был объявлен Всебелорусским народным собранием и проведен 24 ноября 1996 г.