После референдума 1996 года суды оказались в полной зависимости от президента. Именно он может назначать и освобождать от должности судей. От президентской вертикали зависит обеспечение судов помещениями, транспортом, а их сотрудников — жильем. В 1997 году Лукашенко своим указом объявил квартиры, выделяемые судьям, служебным жильем, что еще больше усилило их зависимость от исполнительной власти. Администрация президента регулярно проводит проверку деятельности судов в различных регионах страны.
В 1997 году глава государства своим указом созвал всебелорусский съезд судей, выступил там с докладом, в котором дал его делегатам ценные указания. Лукашенко, как строгий начальник среди своих подчиненных, отчитал судей за либерализм, указал на ошибки при вынесении приговоров и предупредил, что поступающие к нему жалобы на деятельность судов находятся на особом контроле. Он потребовал от них еще более тесного «взаимодействия с исполкомами».
Выступая на траурном митинге после убийства руководителя Комитета государственного контроля Могилевской области Е. Миколуцкого 7 октября 1997 года, он заявил: «Я требую здесь от правоохранительных органов, от местных органов власти, от милиции и КГБ, от генпрокурорских работников и судей: с сегодняшнего дня на территории нашего государства любое самое мелкое правонарушение или преступление должно караться немедленно. Реакция должна быть беспощадной и немедленной».
Слова «беспощадно» и «немедленно» в отношении правосудия звучат странно. Грубым искажением его принципа является требование, чтобы суды усилили борьбу с преступностью, ибо в правовом государстве не является функцией суда. Борьбу с преступностью должны вести милиция, КГБ, другие органы, имеющие право оперативно-розыскной деятельности. Задача суда в этом смысле состоит в выяснении, доказано или нет предъявляемое человеку обвинение, и определении наказания, если вина доказана.
Много раз Лукашенко публично давал судам конкретные директивные указания, как чинить правосудие. Например, такое поручение: «я предупреждаю и Пашкевича, и Мясниковича, и правительство, если такие газеты в судебном порядке по закону не будут закрыты в ближайшее время — пеняйте на себя».
В 2001 году в государственных СМИ сообщалось, что на контроле у президента находится более 40 «громких» уголовных дел. Это, кстати, является нарушением не только абстрактных принципов права, но и конкретных законов, запрещающих, вплоть до уголовного преследования, любое вмешательство в расследование.
Но Александр Григорьевич пошел дальше и, как обычно, по простоте душевной выдал то, что в Беларуси является секретом полишинеля, но о чем предпочитают не говорить вслух. 30 августа 1999 года в телепередаче «Панарама» Белорусского телевидения он заявил: «Когда глава государства берет под свой контроль то или иное уголовное дело, за него он и несет ответственность. За расследование, да и, что тут греха таить, за его результат, результат судебного разбирательства».
Однако Лукашенко показалось мало полной зависимости судов от его воли. Периодически он принимает законодательные акты, предоставляющие ему полномочия судебной власти. Например, согласно декрету № 40, изданному в 1999 году, президент наделял себя правом определять виновность граждан, ущерб, нанесенный государству, а также правом конфискации имущества этих людей. Были внесены поправки в закон, разрешающие уголовное преследование и следственные действия в отношении чиновников, назначенных Лукашенко, только с его личного разрешения.
12 сентября 2005 года выходит президентский указ № 426, который наделяет главу государства правом освобождать граждан от уголовной ответственности за экономические преступления, если те возместили государству причиненный ущерб. (По информации заместителя главы Администрации президента Н. Петкевич, за два года Лукашенко, воспользовавшись этим правом, принял решение в отношении 22 человек). 17 октября 2005 года появился указ № 481, согласно которому, президент может освобождать субъекты предпринимательской деятельности от экономической ответственности, включая уже примененную судом.
Печальную судьбу государственных институтов, призванных быть хранителями закона, можно проследить на примере Конституционного суда (КС) Беларуси. Он давно утратил статус органа высшего конституционного надзора и превратился в бессильный придаток исполнительной масти. Например, когда президент начал борьбу за полный контроль над профсоюзами, КС принял два диаметрально противоположных решения по одному и тому же вопросу: о законности взимания профсоюзных взносов через бухгалтерию.