Ако Филип въобще допускал някакви слабости във военно отношение, то те се ограничавали само до флота. Той нито наследил, нито развил могъщ боен флот, макар че при завоюването на гръцките градове Амфиполис (357 г.), Метон (354 г.) и Олинт (348 г.) той се сдобил с достъп до първокачествени и удобни за контролиране пристанища. Очевидно това обяснява защо той винаги се отнасял снизходително към Атина — единствената гръцка държава, която била способна да компенсира този негов недостатък при замисляното от него нашествие в пределите на Персийската империя. Но за разлика от баща си Александър можел да си позволи по-твърда политика спрямо Атина, след като преценил — напълно правилно, както се оказало впоследствие — че можел да се справи с персите не само без помощта на атинския флот, но и въобще без подкрепа по море. Това би могло да послужи като красноречива илюстрация на диалектическото взаимоотношение между чисто военните и политическите фактори.
Обаче в представите на младия Александър липсата на могъщ боен флот в никакъв случай не изглеждала като най-сериозния недостатък в грижите на баща му Филип за усъвършенстването на македонската войска. Съществувал друг проблем, който създавал много повече грижи на Александър — заедно с войската той наследил от Филип и висшия офицерски състав. Поне отначало тези опитни, калени в походи и сражения командири въобще не вярвали, че Александър притежавал божественото право на неоспорима от никого власт, а освен това тогава той бил още съвсем млад и неизбежно се очаквало да му липсва опит при взимането на отговорни решения. Така че се налагало да извоюва правото на върховен съдник по всички въпроси, свързани с войската. Но преди всичко той трябвало да наложи волята си над изтъкнатите македонски пълководци, сред които изпъквал най-вече Парменион, аристократът от Горна Македония, комуто Филип възлагал най-отговорни военни задачи още от началото на царуването си (приблизително след 350 г.).
През 336 г. Парменион бил приблизително на 64 г. или над три пъти по-стар от Александър. През пролетта на същата година Филип го изпратил в Мала Азия, за да създаде там стратегическо предмостие за основната група македонски войски. През 334 г. Парменион все още се намирал там, но вече в ролята на втори по ранг командващ в македонската войска след Александър. На този пост той се задържал до смъртта си — или по-скоро убийството му през 330 г. Той обаче не принадлежал към кръговете, близки на Александър. Както вече отбелязахме в Глава 4, един от синовете на Парменион — Филота, командвал гвардейската кавалерия, докато другият му син Азандър бил командир на „продромоите“ (конните разузнавачи), а пък третият му син Никанор оглавявал елитната част на хипаспите (щитоносците). Зет му Коний бил начело на един от шестте полка от гвардейската пехота, в която войниците били набирани от населението на Горна Македония, по-точно от кантона Елимея (или Елимиотис). Приятелят на Парменион — Хегелокус — командвал ескадрон от гвардейската кавалерия в битката край Гавгамела. След битката при Ис друг негов приятел — Полиперхон — поел командването на един от останалите полкове от гвардейската пехота, съставен от войници от Тимфея (друга област в Горна Македония). И тримата сина на Андромен, които били приятели на Филота, през различни периоди командвали по един от шестте полка от гвардейската пехота.
Тези опитни командири, взети заедно, съставлявали доста влиятелна група сред висшите офицери на македонската войска, като в центъра бил самият Парменион, който, ако може да се изразим така, бил по-скоро „човек на Филип“, отколкото на Александър. Самият Парменион не отстъпвал на Александър по темперамент и кроял доста амбициозни планове за своята бъдеща роля в управлението на Азия, но бил прекалено консервативен и строго придържащ се към традициите, поради което се превърнал в изключително сериозно препятствие за плановете на младия Александър. Според мен, ако се съпоставят всичките тези факти, ще можем да си обясним защо Александър пожелал да отстрани Парменион от заемания от него висш пост в командването на войската, т.е. веднъж и завинаги да го отстрани от пътя си. Дори и с цената на убийство, ако то се е оказало единственото средство за постигането на тази цел.
Това обяснява защо през 330 г. Парменион бил оставен от Александър в Ектабана и защо доверени лица на царя непрекъснато следели ходовете на Филота. В съчиненията на Ариан намираме доказателства за опитите на дворцовата клика от онази епоха, целящи компрометирането на Парменион, като няма съмнение, че първоизточникът на тези сведения е бил Калистен. Мрачните епизоди от 330 г. (когато били екзекутирани Парменион и Филота) ни подсказват също, че докато оценяваме шеметната кариера на Александър като главнокомандващ, не трябва да изпадаме в увлечение по анахронизмите. Налага се не само да проверим по-старателно обстоятелствата, които помогнали на Александър да се сдобие с неоспоримата от никого върховна власт — примерно през 328 г. (когато убил собственоръчно Черния Клейт) или при коронясването му през 336 г. или през 334 г. (когато започнал походът към Азия) или дори през 331 г., когато сразил за пореден път войските на Дарий III.
След екзекуцията на Парменион и сина му Александър се заел с прочистване на висшите офицери в своята войска. След това вече никой висш офицер не получил толкова много власт, каквато дотогава притежавал Парменион. Александър не се ограничил само с това прочистване на редиците на своите пълководци, а разпределил командваната дотогава от Филота гвардейската кавалерия отначало между двама командващи, които едновременно получили титлата „хипарх“ (командир на конницата). Единият от тях бил Хефестион, който несъмнено бил протеже на Александър. Другият бил Черния Клейт, брат на дойката на Александър — същият Клейт, който спасил живота на Александър в битката при Граник (вж. Глава 6). Неговото назначение несъмнено целяло да бъдат успокоени по-старите македонски воини, които не одобрявали прекалено прибързаните смени на офицерите и негодували срещу издигането на Хефестион, защото той не се бил отличил с нищо в битките.
Обаче Клейт, за свое нещастие, бил прекалено консервативен и упорит поддръжник на традициите. В Мараканда през 328 г. дръзнал да припомни на Александър какво дължал на баща си Филип и на другите създатели на могъщата македонска войска, като същевременно не скрил негодуванието срещу опасностите от поощряването на офицерите от аристократичните фамилии за сметка на по-способните, но лишени от знатен произход командири. Оказало се, че Клейт обсипал Александър с никому непозволени упреци, при това в крайно неподходящ момент, за което се наложило да заплати с живота си.
Така че в края на 327 г., ако не и по-рано, хипархите във войската станали двама. Удивителното е това, че те били със съвсем различни характери и способности. Хефестион доскоро бил командир на един от ескадроните в гвардейската кавалерия, но общо взето не блестял с нищо, докато Клейт бил тъкмо противоположното. Сред бъдещите хипархи от новото поколение изпъквали онези, които днес ние можем да наречем маршали на новосъздадената от Александър империя: Хефестион, Коний, Пердика и Кратер. Колкото до озадачаващото присъствие на Коний в този поход, въпреки че бил зет на Парменион и братовчед на Филота, то обяснението е много просто: Коний побързал да промени възгледите си, за да се приспособи към промяната в обстановката и се обявил за горещ привърженик на Александър.
Но дали промяната в кавалерията се ограничила единствено до преименуването на командирите на ескадроните на хипархи? Древните източници за съжаление не ни съобщават повече подробности. Съвременните историци предполагат, че всичко това било съпътствано от радикални промени в етническия състав на кавалерията. Но поне знаем със сигурност, че през 324 г. Александър разпределил копиеносци от ориенталски произход да служат в едни и същи войскови части заедно с войници от македонски произход. Това ни дава основания да допускаме, че след 330 г. тази практика станала повсеместна, защото Александър вече я прилагал за стрелците с лъкове и копиехвъргачите. Ако тази промяна е станала толкова рано, то това би могло да ни помогне да разберем на какво се е дължало фаталното спречкване между Александър и Клейт през 328 г., както и възраженията на Клейт срещу политиката на Александър към ориентализация на империята чрез промяна на церемониалите в гръко-македонския царски двор през 327 г. (така наречената „проскинеза“). Специално по последния пункт Александър бил принуден да отстъпи. Обаче нищо и никой не бил способен да възпре неговите намерения да попълва редиците на войската с младежи от немакедонски произход. Сериозните промени във висшето командване и ориентализацията на войската след 330 г. ни се струват сега като двете страни на една и съща монета, като и двете еднакво добре отразяват силното желание на Александър да бъде гарантирана пълната му самостоятелност при взимане на решения (вж. Глава 8).