По време на царуването на Дарий I — приблизително към 500 г. — за източна граница на империята служела река Инд. Но при Дарий III тази роля била поета от планинския масив Хиндукуш, наричан от гърците „Индийския Кавказ“. Тази загуба на територия била признак за отслабване на Персийската империя, при това точно в началните години на царуването на Александър, макар че при всемогъщия Дарий I този къс от Индия бил здраво държан от персите. Друг, при това още по-съществен признак за слабостта на Дарий III бил неуспехът му да попречи на Александър да се озове на азиатския бряг на Хелеспонт или поне да се опита да го възпре още при първите му стъпки в Мала Азия. Обяснението за този провал е много показателно за съпротивата, която заварил Александър при напредването си през азиатските простори.
Десетилетие преди нашествието на Александър откъм малоазиатския бряг на персийската империя както финикийците, така и кипърските гърци се вдигнали на бунт срещу тиранията на персийския царски двор. Това в никакъв случай не представлявало някакъв небивал прецедент. Поданиците на персийските царе периодично са надигали на въстания дори и след масовите вълнения, метежи и бунтове през двадесетте години на VI век пр.Хр., потушени успешно от Дарий I. Но някъде към средата на IV век пр.Хр. тези вълнения до такава степен зачестили и се задълбочили, че вътрешнополитическата обстановка в империята постоянно била напрегната и крайно тревожна. Най-подозрително се държал Египет, който на практика успял да извоюва фактическа независимост за повече от шест десетилетия след мощното въстание през 405 пр.Хр., въпреки че персите на три пъти нахлували в египетските земи с многочислени войски с цел умиротворяване на размирната провинция и задържането й в рамките на империята. Но въстанията в империята не се ограничавали само до покорените чужди народи. От края на седемдесетте години на IV век пр.Хр. и особено през периода между 362 г. и 358 г. Артаксеркс II (царувал от 404 до 359 г.) и Артаксеркс III (царувал от 359 до 338 г.) непрестанно били принуждавани да усмиряват броженията и дори откритите бунтове на своите сатрапи в Мала Азия.
През периода приблизително от 400 г. до 336 г. именно тази комбинация от фактори се оказала решаваща и насърчила Александър да се опита да покори цялата Ахеменидска империя. Реалната власт била много по-отслабена отколкото привидно изглеждала. Разочаровани от нея били всички обществени прослойки (от най-висшестоящите до най-нисшите). Дворцови интриги, заговори и покушения се редували от десетки години и въобще не се очертавал краят на този хаос във върховете на империята.
Александър покорил Ахеменидската империя, образно казано, с един замах. Дали е бил новатор, търсещ неуморно възможности за създаване на нови органи за управление, нови институции и нова администрация? Или точно обратното — бил е традиционалист, който просто искал да смени Дарий на персийския трон и да започне да раздава престижни постове на своите македонски и гръцки довереници, заедно със склонните към сътрудничество представители на старата управляваща класа в Иран, без да разклаща прекалено овехтялата управляваща мрежа, която заварил непокътната? И накрая: дали Александър е бил само поредният завоевател или е бил озарен от по-висша визия за това, което желаел да постигне чрез и след завоеванията си? Всъщност това е най-важният, обаче и най-сложният въпрос около неговото дело, макар че е доста рисковано да се предприемат опити за намиране на отговора предвид на това, че делото му е останало недовършено заради ранната му смърт.
Изглежда че Александър, като повечето от царете от Ахеменидската династия, предпочитал да действа съобразно принципа на незабележимите на пръв поглед кардинални решения. Тайната на всяко имперско управление (както би го нарекъл Тацит) била разкрита най-откровено през 1879 г. от тогавашния британски вицекрал на Индия: „Думите ми вероятно няма да прозвучат ласкателно за ушите на нашите съюзници, но имам чувството, че ще бъда напълно прав, ако заявя, че колкото по-рядко афганците усещат присъствието ни по техните земи, толкова по-малко ще ни ненавиждат.“ Това твърдение вероятно е в сила за всички империи, при това откакто свят светува. С други думи, Александър предпочитал да не се намесва в местната мрежа от законови, религиозни или културни традиции, ако не страдала имперската система за събирането на данъците и не била застрашавана политическата стабилност на империята като цяло. За разлика от повечето си сънародници — приближени военни предводители или дворцови съветници, той дори бил склонен да възприема позитивно, с дължимия респект, обичаите на другите племена и народи.
Особено деликатна тема за всеки завоевател на чужди земи е официално признаваната религия. Персийските царе никога не забравяли открито да провъзгласяват, че са под специалното покровителство на иранското божество Ахура Мазда съгласно учението на техния древен пророк Зороастър (Заратустра). Обаче те никога не предприемали опити да налагат зороастризма извън границите на Иран. Аналогично Александър се обявил за наследник, дори за син на Амон или Зевс, обаче не се заел да заменя монотеистичната религия на иранците с пантеона на десетките гръко-македонски богове и полубогове. Вместо това той си осигурил благоприятни за трона му възможности да извлече политически капитал от прокламираната от него толерантност, веротърпимост и почитане на местните религиозни вярвания и практики в двете най-важни за него сатрапии — Египет и Вавилония — т.е. именно там, където поне последните владетели от Ахеменидската династия, като изключение от традиционната им политика, въобще не се показали като толерантни. За съжаление не може да се каже доколко тази негова политика била обусловена от чисто практически и политически съображения и доколко била продукт на искрена религиозна вяра и културни разбирания. От друга страна Александър сигурно не е бил убеден последовател на някаква абстрактна концепция за „единство на човечеството“. Нито пък е бил някакъв изключително вдъхновен и извисен философ с хуманитарна ориентация като онези, които са взели присърце благородната мисия за „раздаване на млякото на човешката доброта“ 29сред целия тогава известен и населяван от хората свят.
Тогава какво в действителност възнамерявал той да постигне и доколко успешни били постиженията му в администрирането и управлението на огромната му империя? В толкова драстично различаващи се географски области като цветущите равнини на Месопотамия и пустинята Гедрозия той може би е полагал някакви усилия да ограничава военната независимост на местните сатрапи. Обаче все пак разполагаме с някакви доказателства, че той не успявал да реализира достатъчно систематично тези свои намерения. Въпреки наложеното от него присъствие на македонски или гръцки командири на оставяните от него гарнизони в отдалечените имперски провинции, повечето от иранските сатрапи все още оставали начело на свикваните по места войски от коренното население за попълването на армията му. Освен това той не забранил набирането на гръцки наемници — поне до 325/4 г., когато тази практика била забранена като част от вълната от промени в управлението на сатрапиите, при което повечето иранци били заменени с македонци.
Египет изиграл ролята на полигон за първото практическо изпитание на административната визия на Александър, като отначало Египет въобще не бил управляван от него като някоя от персийските сатрапии. Отначало той въвел разумното и доста оригинално за онази епоха разделяне на административните от контролиращите органи на властта — или поне така би трябвало те да изглеждат според неговите планове. На длъжности като съвместно действащи сатрапи били назначени двама египтяни. На тях били подчинени двама гръцки губернатори — първият за Либия на запад от Египет, а вторият за източните територии („от Арабия до Херополис“). За последната длъжност изборът на Александър се спрял на Клеомен, родом от Навкрат — гръцко търговско пристанище в делтата на Нил, основано приблизително двеста и петдесет години по-рано. Клеомен получил правото да събира данъците в областта, но оставал подчинен на юрисдикцията на египетските сатрапи. Но местното население първоначално насочвало омразата си заради тежкото данъчно бреме към двамата египетски сатрапи. Освен това двама македонци били натоварени с ръководството на армията, а трети получил титлата адмирал и оглавил командването на египетския флот. В старата столица Мемфис Александър оставил свой гарнизон, както и в крепостта Пелузия на западната граница, където ситуацията тогава била тревожна. Там също бил избран един гръцки наемник за командир, подпомаган от втори грък, негов заместник, но и двамата били надзиравани от двама македонски офицери.