Така, поне привидно, била организирана една доста сложна и егалитарна система за контрол и балансиране между македонски, гръцки и местни управници. Обаче суровата реалност се оказала по-различна: през 324 г. Клеомен на практика разширил пълномощията си и сферата на своята компетентност, опитвайки се да управлява като сатрап. Накрая официално бил признат от Александър като сатрап на източните територии на Египет. Вероятно Клеомен спечелил това признание благодарение на намесата на съюзниците на Александър и управителите на другите египетски провинции, както и заради събраното от него значително богатство от жреците, които си навлекли гнева на Александър през 332 г. Обаче Клеомен допуснал една фатална грешка — чрез действията си влошил масовия и продължителен недостиг на зърно в Гърция (330–326 г.), тъй като монополизирал износа на пшеница от Египет и започнал да го продава на по-високи цени. Толерантното отношение на Александър към Клеомен до голяма степен може да се обясни с това, че Клеомен успял да осигури поддържането на реда в провинцията и преди всичко подобрил събираемостта на данъците, като изпращал събраното точно тогава и точно там, когато и където Александър най-много се нуждаел от злато и сребро. Но е възможно да се намерят и други обяснения — например да се стигнало до сблъсък между Клеомен и Александър по някои чувствителни въпроси, свързани повече с емоционални поводи, а не с практически проблеми около управлението на империята.
Според Ариан в едно писмо до Клеомен Александър заявил, че е готов да му прости престъпленията, които тогава били всеобщо достояние, но при условие, че Клеомен издигнел както в Александрия, така и на остров Фарос параклиси в чест на покойния Хефестион (който умрял през 324 г.). С други думи лоялността към Александър и безпрекословното изпълнение на неговите желания от личен характер можели да натежат повече от най-важните задължения в управлението на провинцията и нейното администриране (ако все пак това писмо наистина е било автентично). Във всеки случай едва ли би трябвало да ни изненадва, че лоялността на Клеомен към Александър се оказала от критично значение за запазването на пълномощията на Клеомен като сатрап. Казано съвсем накратко, разделянето на военното командване и административната власт вероятно е било предназначено по-скоро за гарантиране на персоналната лоялност към Александър, а не като полезен механизъм за по-добро управление.
При завръщането му от Египет във Финикия през 332 г. Александър реорганизирал финансовите механизми в своята ориенталска империя, която тогава включвала част от Мала Азия, Левант и Египет. След завладяването на Сарди (столицата на сатрапия Лидия) той оставил там Никиас (вероятно грък) с правото да събира и доставя златото и среброто от данъците. В края на 332 г. на същата длъжност в Египет бил избран Клеомен. Но по-късно, през пролетта на 331 г. Александър прехвърлил двама от най-верните си македонски служители от централната хазна на империята, като им дал доста широки пълномощия, които не можели да се сравняват с правата на който и да било от ахеменидските сатрапи. Финикия била управлявана от Киран, а Филоксен поел управлението на азиатските провинции западно от планината Тар — по-точно Киликия, заедно с южните и западните части от крайбрежната ивица в Мала Азия.
Техните задължения се свеждали предимно до събирането на това, което Александър съгласно прецедента на атиняните тактично предпочитал да нарича „контрибуции“ („синтакси“ на гръцки). Обяснението трябва да се търси в една особеност в тези региони: в тях се намирали градове-държави, които не попадали под надзора на сатрапите. Например Филоксен управлявал няколко гръцки полиси, които поне привидно дължали именно на Александър освобождението си от персите. Киран очевидно не успял да се справи с тази задача, понеже бил освободен от поста си само след половин година, но Филоксен се издигнал от редови, но преуспяващ събирач на данъци до главен надзорник, като получил допълнителни права да контролира гарнизоните и да арестува противниците на империята. Промяната в статута му настъпила чак през 330 г., когато постъпленията от контрибуциите започнали да пресъхват, при това точно тогава Александър изоставил идеята за панелинския поход срещу персите. По подобен сценарий се развили събитията около кариерата на Клеомен в Навкрат, така че бихме могли да допуснем, че Филоксен бил щедро възнаграден не само заради ефективността си, но и заради очебийната си лоялност към Александър.
През 331 г. централната съкровищница на империята отново била предоставена на контрола на Харпал, въпреки че малко преди битката при Ис (333 г.) той дезертирал в гръцкия град Мегара. Изключителната толерантност и снизходителност, проявена от Александър към него, вероятно се дължала на факта, че Харпал бил негов много близък приятел още от детинство. През 330 г., когато Александър сложил ръка върху няколко от съкровищниците на Дарий III — в Арбела, Вавилон, Суза, Персеполис и Пасаргада, Харпал бил натоварен да отговаря за огромните богатства в тях, възлизащи вероятно най-малко на 180 000 златни таланта. Отначало всичките тези запаси в злато били събрани в едно хранилище — в Ектабана в Мидия. По-късно Харпал се преместил във Вавилон, където условията на живот били много по-благоприятни за него. Там той с облекчение отхвърлил тежките финансови задължения и започнал да се забавлява с разкошния си дом и градина, които споделял с двете си гръцки метреси (едната от които той буквално боготворял или поне така се държал след смъртта й). Обаче дори този отдих му се сторил недостатъчен, така че през 324 г. решил, че във Вавилон климатът бил прекалено горещ за него, затова се върнал в Гърция, но отнесъл със себе си значителната сума от 5000 таланта.
Би трябвало да се очаква доверието на Александър към Харпал да се окаже силно разклатено. Може би той дори е изпитвал разочарование и вина заради прекаленото фаворизиране на един от приятелите си от детинство, подтикван към това заради „самотата си като властелин на света“ (според определението на Ернст Бадиан). Ала се оказало, че тези непростими волности на Харпал не попречили финансовите дела на империята да се намират в цветущо състояние. За Александър се разправя като легенда, че нахлул в Азия само с незначителна сума в царската хазна и огромен дълг заради прекомерно скъпите военни приготовления и дипломатическата показност на баща му Филип. Огромното богатство на Ахеменидите, попаднало в ръцете на Александър, му позволявало да сече монети със своя лик, както златни, така и сребърни, за да демонстрира положителните ефекти от „освобождението“ на Азия. Макар че само по количеството на сечените монети не може да се съди за реалния търговски обмен в античния свят, монетарната политика на Александър след приключването на завоеванията несъмнено е допринесла за значителни икономически промени и развитие на стопанството, както в краткосрочен, така и в дългосрочен план.
За нас най-важната особеност на империята на Александър не е в институцията на сатрапиите или в имперските финанси, колкото в неговата позиция като едноличен владетел и неговото отношение към администрацията на империята. Неговите методи, способности и характер силно се различавали от излаганото на показ. Македонската монархия, към която принадлежал Александър, на практика била силно автократична, като в нея обичайните забрани и ограничения съвсем не са били само на теория. Дори аристократите не били всемогъщи единствено поради произхода си. Както вече се уверихме, дори когато през 326 г. и по-рано през 327 г. Александър бил принуден най-после да се върне към долината на река Хифаз заради броженията сред македонската войска, той не се опитал да изисква пълно подчинение от страна на своите гръцки и македонски придворни. Обаче тези два негови неуспеха изпъкват повече на общия фон на неговите постижения само защото представляват истинска рядкост в цялото му царуване. В политически аспект, както и с оглед на възможностите му да действа като цар-император и самодържец, Александър практически не се нуждаел да изисква преклонение като пред живо божество и да настоява да признаят приживе божествената му природа. Ала въпреки това по-късно той предприел една доста необичайна, при това противоречива стъпка.