След няколко месеца, посветени на създаването на лодките и саловете за спускането надолу към устието на река Инд, Александър, в пристъп на гняв заради провала на грандиозните си планове, дал воля на огорчението си и заповядал да бъде избито местното население на околните села и градове. Те принадлежали на племето мали, така че именно от воините на това племе той получил възмездието, което заслужавал — под формата на почти смъртоносна рана в гърдите. Но в средата на юли 325 г. все пак успял да достигне до делтата на Инд, по-точно в Патала (вероятно град Хайдарабад в съвременен Пакистан). От там, според новите му заповеди, неговият приятел от детинство Неарх трябвало да се отправи на дълго плаване в Индийския океан в посока на запад, към Персийския залив. Самият Александър междувременно решил да се насочи по пътя през пустинята Гедрозия (наричана днес Макран, в областта Белуджистан).
Ариан цитира престарелия Аристобул, който разказвал за благоуханните и много високи дървета (вероятно смирна), както и за невижданата досега от македонците пищна индийска флора и фауна. Но това се оказало само прелюдия към следващото, много по-тежко изпитание:
Александър поел по крайно трудния маршрут през Гедрозийската пустиня. Храната за войската не достигала, особено прясната вода. Хората били принудени да напредват предимно нощем и често се отдалечавали от морския бряг, въпреки настояванията на Александър да се придържат към бреговата ивица, за да проверят дали напред няма пристанища, където да приготвят всичко необходимо за флота.
Но всичките тези надежди и подготвителни дейности не довели до нищо полезно или както отбелязва по-нататък Ариан:
Мнозинството от историците, описващи живота и делото на Александър, единодушно настояват, че страданията, на които войската му била подлагана през всичките онези дълги преходи в Азия, се оказали несравнимо по-леки в сравнение с преживяното в пустинята.
Каквото и да е било истинското намерение на Александър при издаването на заповедта за прекосяване на тази пустиня, крайният резултат несъмнено бил ужасяващ. Той не успял да стигне до местността, където имал уговорена среща с Неарх. Запасите от храни и особено от вода драстично намалявали и с всеки ден ставало все по-зле. Много хиляди от войниците и придружаващите ги жени от местен произход оставили костите си в безлюдната пустиня. От военностратегическа и политическа гледна точка това може би е най-голямата грешка в преценките и решенията на Александър.
Но след като отново се върнал в цивилизования свят — в областта Кармания в южен Иран — Александър си позволил (по-скоро разрешил на войските си) да се наслаждават на доста продължителните дионисиеви празненства. Позоваването на Дионисий, гръцкия бог на виното, екстаза и прераждането, било подбрано напълно съзнателно. В Индия Александър непрекъснато търсел достоен съперник, за да премери силите си с него. Но сега, след мъчителния преход по суша този отдих в Кармания бил необходим за войските му, за да се освободят от напрежението и да забравят за умората — техния неизменен спътник през всичките тези години на преходи и походи сред враждебни племена и народи. По време на празненствата на преден план изпъкнали почти незабележимите дотогава фигури на Неарх и неговите моряци, които акостирали в Ормозея (Ормузкия проток), където най-после се съединили с войската, предвождана от Александър. Оказало се, че флотът само за два месеца успял да преплава шестнадесет хиляди километра, като тази задача — за разлика от прехода на Александър по суша — била изпълнена напълно успешно. Само един кораб потънал, а самият Неарх вече разполагал с достатъчно моряшки истории и легенди, за да ги разказва до края на живота си. Верен на традициите, Александър принесъл жертвоприношения в знак на благодарност към боговете — преди всичко към Посейдон, разбира се, но също и към други от неговите любими богове и полубогове (сред тях на челните места се подреждали Зевс, Аполон и Херкулес). Накрая Неарх напуснал Ормозея и отплавал навътре в Персийския залив.
Но освен тези весели празници, посветени единствено на необходимостта от отпускане на напрежението във войската, Александър вероятно се е почувствал задължен да реагира на предстоящата опасност, както и би трябвало да се очаква от него. Той се заел с това, което било наречено по-късно „годините на терор“. Били екзекутирани няколко сатрапи и пълководци, както от ориенталски, така и от македонски произход.
След като отново се разделил с Неарх, Александър продължил напред през иранските равнини на път към Пасаргада и Персеполис. Именно в Пасаргада, някогашната първоначална административна столица на Кир Велики, се намирала монументалната гробница. Когато съобщили на Александър, че гробницата била разграбена и осквернена (вероятно от магите, жреците на мидийците), той веднага се разгневил и заповядал на архитекта (и писател) Аристобул да се заеме с нейната реставрация. Причината за неговата загриженост съвпадала с мотивите му, определящи политиката му спрямо персийската аристокрация след тържественото и царствено погребение на Дарий III: Александър искал да спечели на своя страна персийските благородници, представители на знатни и древни родове, за да го признаят като достоен и легитимен наследник на Ахеменидските владетели, както и за основател на новата империя, допълваща и заместваща старата. Но никой не можел да забрави решението му от 330 г. да изгори и опустоши двореца на персийските царе в Персеполис — древната церемониална столица на Ахеменидската династия. Тези грижи обаче твърде скоро били изместени от най-важната причина за безпокойствата на Александър — опасността от поява на опасни съперници за престола. Сатрапът на провинция Персис — Орксин — получил този пост от Ахеменидите, но благодарение на фаворизирания от Александър евнух Багоаз се разкрило, че Орксин превишавал значително правата си и действал по-скоро като самостоятелен владетел. Той бил осъден на смърт без никакъв съдебен процес, а постът му бил зает от верния Пецеста.
През 324 г. се случил друг епизод, който привлякъл всеобщото внимание — друго тържественото погребение. Този път Александър почел мъдреца Калан, който го придружавал навсякъде, след като царят се запознал с него в Таксила в началото на 326 г. Според Ариан било невъзможно да се напише историята на живота и делото на Александър, без да се спомене за Калан. Ето описанието на Ариан за това събитие, почерпено изцяло или в по-голямата си част от разказите на Неарх:
При завръщането им в Персия тялото на Калан било много изнемощяло, макар че дотогава той не бил боледувал. Ала той категорично отказал да живее повече като инвалид и съобщил на Александър, че ще бъде истински щастлив да сложи край на живота си, преди да изпита докрай горчивините на телесните страдания. Александър отначало го убеждавал горещо да се откаже от намерението си, но когато разбрал, че Калан няма да отстъпи, а по-скоро сам ще посегне на живота си по някакъв друг начин, ако не изпълнят желанието му, накрая се разпоредил да приготвят клада за мъдреца — точно според указанията на самия Калан. После определил Птоломей, син на Лагос, един от неговите телохранители, да се заеме с организацията на събитието. Според разказите Александър лично оглавил процесия от кавалерията и пехотата; някои крачели в пълно бойно снаряжение, а други носели различни благоуханни треви, за да ги хвърлят в кладата. Според други източници в ръцете на участниците в процесията се виждали златни и сребърни бокали и царствени одежди. Тъй като самият Калан бил тъй немощен, че не можел да язди, макар че му били довели и кон, носачите го положили на носилка, отвсякъде отрупана с гирлянди от цветя според индийския обичай, докато всички наоколо припявали индийски песни… Накрая го качили на върха на кладата, пред очите на всички воини, където го оставили легнал сред цветята и благоуханията. Александър обаче не одобрявал толкова показната кончина на своя стар приятел. Присъстващите затаили дъх, когато пламъците обхванали кладата. И щом първите огнени езици закрили Калан от погледите им, според Неарх отвред засвирили тръбите на военните тръбачи — точно както заповядал Александър — и цялата войска изкрещяла страховития вик, с който обикновено се вдигала в атака. В чест на Калан дори слонове надали своите пронизителни бойни ревове.