Плутарх ни разказва, че да наглеждат младия Александър били наети няколко учители, но главната отговорност била възложена на Леонидас — роднина на Олимпия от гръцката област Епир. За ревностното престараване на Леонидас на тема „дисциплиниране на юношите“ се разказвали легенди, но именно това му помогнало да бъде признат за най-способния от наставниците на Александър. Дори го наричали „втори баща“ на младия принц, което било напълно подходящо, защото истинският му баща често отсъствал през годините, когато се оформял характерът на Александър, така че малко вероятно е Филип да е имал възможност да проявява бащинска топлота към сина си и да подхранва в него някакви чувства, различни от адмирацията и респекта (освен ако не приемем ревността като някакво топло и сближаващо двама мъже чувство). Друг от по-известните учители от детството на Александър бил любимият му Лизимах, също грък, от Акарния в южен Епир. Плутарх обаче ни го описва като „недостатъчно образован и некултурен“ и се отнася с неодобрение към опитите на Лизимах да представя триото от Филип, Александър и себе си като подобие на омировата света троица: Пелей, Ахил и Хирон (кентавър, обучавал Ахил в Тесалия). Но Лизимах очевидно успял да развие в Александър вкус към символичното и романтичното, след като той в по-късните си години често се увличал по такива неща.
За Александър Ахил бил ненадминат образец за подражание и герой в този смисъл, в който го разбираме ние днес. И макар да е възможно да се е спекулирало, при това прекалено, с тази идея, Александър често постъпвал в съответствие с аристократично-героичните морални ценности, възпявани от Омир. Например прави впечатление, че малко преди да приключи своя жизнен път, в своя „последен план“ Александър предвиждал изграждане на величествен храм на Атина в Илиум. Така той отдавал специално внимание на гръцкото понятие „филотимия“ (търсене на израз за прослава и почит). Самият Омир обаче се оказал неподходящ наставник за един бъдещ цар на Македония, особено когато той бил като Александър — т.е. немного привързан към книгите. Като изключим сведенията, с които разполагаме за обучението, което съвсем младият Александър получил от Леонидас и може би от Лизимах, ние можем само да гадаем как Александър се е обучавал самостоятелно извън учебния кабинет, особено по време на ловните си приключения.
Но дори да се е ограничавал единствено с Омир и лова, все пак това се сторило достатъчно на Филип за възпитанието на един принц, който с навлизането си в юношеската възраст се оказал единственият сериозен кандидат за престолонаследник. И така към 343 г., когато Александър бил на тринадесет години, Филип решил да разшири светогледа на сина си и избрал Аристотел за негов учител. Този избор отразявал доверието на Филип в интелектуалните способности на Аристотел, тъй като все пак той имал възможност да предпочете Спевсип — който като племенник на Платон бил избран за негов наследник с правото да оглави Атинската академия. Или Изократ, основател на собствена риторична школа в Атина и личен приятел на Филип.
Аристотел основно бил учен, а не преподавател, който специализирал в области като зоологията и ботаниката. Няма съмнение, че именно той възбудил у Александър интерес към екзотичната флора и фауна — в подкрепа на това твърдение може да се припомнят случаите, при които Александър изпращал от Азия до Аристотел в Атина по-интересните екземпляри, на които се натъквали македонските войници по време на походите. Към средата на тридесетте години на IV век Аристотел основал специален лицей за тяхното изучаване. Именно Аристотел — според Плутарх — положил повече усилия от всеки друг учител, за да събуди в младия принц интерес към изкуството на лечителите. Но в тази насока Александър по принцип съчетавал научния подход с традиционното благочестие и религиозна вяра в свръхестествените способности на лечителите. Сред местните легенди, чийто брой никой не се наемал да определи, много разпространена била тази, която в средата на II век след Хр. станала достояние на религиозния пътешественик и учен Павзаний по време на посещението му в град Гортис в Аркадия. Местните жители му разказали, че Александър посветил нагръдника си и копието си на Асклепий, древногръцкия герой, почитан и като бог на медицината. Александър, който често страдал от раните си, получени по бойните полета и се нуждаел от лекарски грижи, решил, че си струвало да се погрижи за спечелването на благоволението на бог Асклепий дори и в едно толкова отдалечено светилище.
За Аристотел се разказвало още, че обучавал Александър не само на принципите на политиката и етиката, но и на някакви тайни езотерични доктрини. Според нас обаче е съмнително до каква степен тези сложни политико-философски проповеди на именития учител са проникнали в съзнанието на именития му ученик. Той въобще не се опитвал да разубеждава Александър от преклонението пред епоса на Омир, нито се противопоставял на страстното увлечение на младия си знатен ученик конкретно по „Илиадата“, макар практическата полза от тази страст да била силно ограничена. Аристотел подарил на Александър един екземпляр от епичната поема с нанесени от него коментари — навярно този подарък е представлявал доста дълъг свитък от папирус или по-скоро внушителен набор от свитъци. За Александър се разказвало, че носел със себе си този екземпляр от „Илиадата“ през целия необозримо дълъг маршрут на похода в Азия и така ревностно бдял над него, че спътниците му наричали тези преписи „свитъците от царското ковчеже“. Сред плячката от битката при Ис през 333 г. фигурирало и златното ковчеже на Дарий III — именно в него Александър съхранявал скъпоценния за него екземпляр от „Илиадата“. До такава степен бил привързан към този подарък на Аристотел, че не е изключено да е спял с меча си и някой от свитъците от този препис, скрити под възглавницата. Ала въпреки тази демонстративна привързаност към книгите, съмнително е дали Александър поне за миг е вярвал, че словото може да бъде по-силно от меча и копието.
Педагогическата школа на Аристотел се намирала в Миеза. Този град се намирал на запад от Пела и Егея, вероятно край съвременния гръцки град Левкадия, където археологическите разкопки откриха две пещери, подходящи за укриване от характерните за тази местност дъждове през зимата. Град Миеза бил достатъчно отдалечен от Пела, за да можел Александър да се укрива от прекия контрол, упражняван от Филип, Олимпия и другите му учители, но все пак достатъчно близко, за да бъде повикан при необходимост. През 340 г. наистина се наложило да бъде повикан, тъй като в двора преценили, че вече получил достатъчно образование, така че го призовали да приеме титлата регент, докато Филип бил ангажиран с походите си по източните граници на царството.
Не по-малко интересни са отношенията не само между Александър и Аристотел, но и между Александър и другарите му в забавленията в Миеза, грижливо подбрани сред неговите връстници. Тези контакти в бъдеще изиграли важна роля, защото се оказали забележително дълготрайни и значими. Както вече видяхме, най-важна за Александър била дружбата му с македонеца Хефестион — една по-скоро безцветна личност, светеща с отразената светлина на Александър. Той никога — или поне доколкото ни е известно на нас — не дръзвал да се противопоставя на Александър по някой важен въпрос. Вместо това се явявал като удобен за Александър инструмент при изпълняване на желанието му по такива деликатни задачи като например осъждането (и екзекутирането) на Филота през 330 г., както и неуспешния опит от 327 г. за утвърждаването на ритуала, наричан проскинеза, сред македонските и гръцките придворни в същата степен, както се възприемал от персийските придворни или успешно реализираната масова женитба в Суза през 324 г. Александър гледал на Хефестион и вероятно се отнасял към него като свое алтер его. При изследователите на живота и делата на Александър определенията за Хефестион варират от „кръгла нула“ до „зловещ първи съветник“.
Почти сигурно е, че през един или няколко етапа от живота им (най-вероятно в началото на зрелостта) топлите чувства между Александър и Хефестион са намерили физически израз. Във всеки случай изследователите могат да бъдат сериозно заблудени, тъй като по всяка вероятност са били положени много усилия за заличаване на всички следи, говорещи за хомосексуален елемент в техните отношения. Както отдавна било прието в древна Гърция, хомосексуалните увлечения не се възприемали като позорно явление, нито са били определяни като несъвместими съчетанията на хомосексуални и хетеросексуални връзки. Ако обаче Хефестион наистина е бил пасивен любовен партньор на Александър, както бе изтъкнато от последния биограф на Оскар Уайлд, то Хефестион надали е искал да се разгласява.