Вернувшись в октябре 329 года из своего короткого 20-километрового набега на саков, которых также называют скифами, Александр принял решение оборонять границу, возведя здесь город, аналогичный трем предыдущим Александриям. Это была Александрия Эсхата, «Крайняя», или просто Александрия Согдийская. Городские укрепления длиною в 60 стадий (10800 м) были построены в три недели, и это говорит о том, что царь оставался здесь 20 дней. Он заселил город македонскими воинами, греческими наемниками, согдийцами и скифами, взятыми в плен у Курушкарты и в семи захваченных небольших крепостях, а также теми местными жителями, которые сами того пожелали. Этот «крайний» город, находившийся всего в нескольких днях пути от китайской империи, покоится под нынешним Ходжентом.
В это время перс Спитамен внезапно осадил Мараканду. Оповещенный о том Александр послал туда отряд в 60 верховых гетайров, 800 конных и 1500 пеших наемников. Недалеко от нынешнего Обручева они попали в засаду, в которой погибло более чем три четверти отряда. Повелев не говорить воинам об этом несчастье, дабы не сеять паники, Александр поспешил на выручку. Уже через четыре дня он прибыл на место побоища. Спитамен бежал на запад. Македонские пикинеры и легкая пехота преследовали его на протяжении 280 километров, но пустыня остановила их за Бухарой, после чего они подвергли разорению этот край, омываемый протекающим посреди Согдианы Зеравшаном (в античности его называли Политиметом), и перебили всех способных носить оружие. Далее, следуя по древнему пути, соединявшему оазисы, через Трибактру (современная Бухара), Карши, Дербент, Термез (который называли тогда Александрией Оксианой), Александр на зиму встал в Бактрии, в 336 километрах к северо-западу от Кабула. Крепость Вазирабад, по-персидски Apг, до сих пор высится на месте древней столицы Бактрианы Зариаспы, «златовласого» города, как называли его местные обитатели.
«Ведь в древности, — пишет Страбон (XI, 11, 3), — образ жизни и нравы согдийцев и бактрийцев почти не отличались от нравов кочевников… И если с наружной стороны стены, окружавшие столицу бактрийцев, имели опрятный вид, то внутри все было полно человеческих костей. По свидетельству Онесикрита (лично там присутствовавшего), Александр прекратил этот обычай». Однако этим не ограничивалась деятельность завоевателя, который пребывал в размышлениях о предстоящей ему войне против постоянно перемещавшегося с места на место населения и дерзкого и неуловимого военачальника, претендовавшего на роль лидера движения сопротивления великого народа. Спитамен, вождь согдийцев, привлек в войско всех скифских всадников, готовых предать разорению и грабежу города и деревни оседлых жителей. На своих проворных конях воины-скифы ездили по двое, внезапно по очереди соскакивая на землю и ломая весь ход кавалерийского сражения. Александру приходилось отказываться от выстроенных по всем правилам военного искусства сражений, увеличив число подвижных отрядов и еще на протяжении целого года сообразовывать свои действия с условиями партизанской войны.
В конце зимы 329/28 года отборный отряд под руководством самого царя овладел крепостью, в которой засел вождь повстанцев Ариамаз в Согдиане. Это Аварана, или «Крепость» поселения Байсунтау в 20 километрах к востоку от Дербента и приблизительно в 120 километрах к северу от Термеза. Греки переиначили персидское название в «Аорну» или «Аорнис», что буквально значит «лишенный птиц» (в том смысле, что они не могут туда долететь), и рассказывали, что Александр пообещал огромное вознаграждение «егерям» или «ползунам», которые заберутся на вершину. Утверждают, что именно здесь в числе пленников была дочь благородного Оксиарта Роксана, «Блистающая», которую царь через несколько месяцев сделал своей законной женой.
Армия, которая теперь была разделена на пять экспедиционных корпусов, провела лето в кампаниях в регионе Алайского хребта и в долине Зеравшана. Один отряд овладел Маргианским оазисом, нынешним Мары-на-Мургабе (прежде Мерв в Туркменистане), и окружил его шестью небольшими крепостями. Одна из них вскоре была названа Александрией Маргианой, а затем, при Антиохе I — Антиохией (Курций Руф, VII, 10, 15)38. В июле, после набега на Бактры, Спитамен перехватил летучий отряд Койна. Спитамен ускользнул на север Согдианы, где его обезглавили конники-массагеты. В высокогорной долине Вахша в 80 километрах от Душанбе, в конце лета Александр принял побежденного «Аварану хорийцев» Сисимитру, согдийского царька, известного тем, что он женился на собственной матери и та произвела от него на свет двух сыновей. Вслед за Сисимитрой к Александру потянулись другие местные вожди, и он теперь свободно мог устраивать большую охоту возле Алайского хребта, грандиозные пиры в Самарканде и празднества в Бактрах.