С этого времени многие македонские и греческие военачальники начали думать, что Александр ведет их к катастрофе. Персы по-прежнему располагали неизмеримо большими ресурсами для ведения войны. Если им удастся изгнать армию Александра, что тогда будет с Эгейским царством? Однако Неарх наверняка понимал, что это государство имеет неплохие перспективы для выживания, независимо от того, что произойдет с Александром и его главными силами. В бассейне Эгейского моря морская мощь государства значила неизмеримо больше всего остального, а с флотом Неарха теперь никто не мог сравняться. Даже если бы Александр потерпел поражение, он предварительно значительно ослабил бы персидскую мощь, и персы уже не смогли бы отбить у македонян важные порты в Ионии, особенно учитывая, что флот эллинов беспрепятственно снабжал бы их по морю.
Однако в действительности имеются серьезные сомнения в том, а было ли у Дария III вообще хоть малейшее желание возвращать Ионию. Кроме всего прочего, потеряв западные территории и потерпев поражения в нескольких битвах, персидский царь должен был решать массу других проблем, возникших у него в оставшихся владениях. При таком раскладе Неарх оказывался единственным человеком, кто обладал бы реальной властью в Ионии и во всем бассейне Эгейского моря. Символично и то, что со времен легендарного царя Ми-носа Неарх оказался первым выходцем с Крита, который стал правителем всего этого региона. И хотя мы не знаем, о чем думал Неарх, когда в 331 г. до н. э. Александр Македонский переправился через Евфрат и со всем войском двинулся в глубь Азии, однако смеем предположить, что флотоводец прекрасно осознавал всю уникальность того положения, в котором он оказался.
В дальнейшем оказалось, что, против всяческих ожиданий, Александр сумел наголову разгромить войско Дария в сражении при Гавгамелах, после чего захватил Вавилон, Сузы и персидскую столицу Персеполь. Но в 330 г. до н. э., уже после смерти Дария III, Александр продолжил свой поход и вторгся в Бактрию. К тому времени господствовавший в Эгейском море Неарх избрал своей столицей фригийский город Пергам — родину Барсины и ее семьи. Сама Барсина тогда находилась вдалеке, рядом с царем, но свою единственную одиннадцатилетнюю дочь от первого брака с Мемноном она оставила в Пергаме под присмотром родственников. Имя девочки в исторических источниках не упоминается, но впоследствии Неарх женился именно на ней. Тогда он близко сошелся с членами семьи Артабаза, многих из которых знал с детских лет.
После смерти царя Дария III Артабаз и его сын Фарнабаз открыто перешли на сторону Александра, когда тот начал воевать с новым персидским вождем Бессом (хотя некоторое время они могли формально поддерживать последнего). Разгромив Бесса и захватив летом 329 г. до н. э. его столицу Бактру, Александр назначил Артабаза правителем Бактрии. Но уже в конце того же года Александр ввязался в новую войну, на сей раз в Согдиане, и направил Неарху приказ привести к нему 10 000 греков пополнения из Эллады и из городов Малой Азии. Продолжая свои походы, царь почти две трети своей армии оставил в Бактрии под общим командованием Неарха. Таким образом, почти год, с лета 328 г. до н. э. по лето 327 г. до н. э., эта провинция управлялась, по сути дела, Неархом и Артабазом: первый командовал греко-македонским войском, а под началом Артабаза находились персидские союзные формирования. Кроме того, Артабаз осуществлял общую юрисдикцию в качестве, так сказать, главы гражданской администрации. Судя по тому, что эти двое делили власть без видимых трений и споров, им удалось прекрасно поладить друг с другом.
Все это время Барсина, очевидно, оставалась со своим отцом в Бактре и примерно в начале 327 г. до н. э. родила от Александра сына, которого назвали Гераклом. Однако через несколько недель, после разгрома восстания в Согдиане, Александр встретил Роксану и практически сразу женился на ней. Неизвестно, были ли связаны между собой два последующих события, но когда оскорбленная Барсина приняла решение возвратиться на родину в Пергам, ее отец Артабаз попросил Александра сменить его на посту наместника Бактрии. Царь согласился с его просьбой, очевидно, еще и потому, что сам Артабаз, которому на тот момент было уже около шестидесяти лет, утверждал, что слишком стар для такой работы. В любом случае он вернулся с дочерью домой. Александр, похоже, потерял к Барсине всяческий интерес и даже не возражал, когда она забрала с собой его единственного сына. Кажется, он этого даже не заметил.