Многие территории не подпадали под прямой контроль центральной власти и сохраняли независимость автономии де-юре или де-факто: либо Александр оставлял им статус, дарованный или признанный при Ахеменидах, либо не слишком убедительное покорение территории делало фиктивным контроль над ней в форме сатрапии. Таким образом, статус территорий был различным, мог меняться, а порою оказывался неопределенным.
Начнем с того, что на некоторых территориях были учреждены сатрапии, но сами они вовсе не завоевывались Александром. Речь идет о Каппадокии и Армении. Первой Александр буквально «обломал рога» во время похода 333 г. до н. э. Поставленный Александром сатрап (иранский?) при контрнаступлении персов 333-332 гг. до н. э. пропал. В 323 г. до н.. э. Каппадокия вышла из-под македонского влияния, и ею стала править династия Ариаратов, которые сделали очень много для повышения обороноспособности своего государства. А в Армению Александр в 331 г. до н. э. отправил персидского сатрапа Мифрена (бывшего коменданта крепости в Сардах), но последнему так и не удалось установить контроль над этой страной, поскольку в 316 г. до н. э. там все еще правил бывший сатрап империи Ахеменидов.
Были также страны, теоретически объединенные в одну сатрапию, которые на практике продолжали управляться своими традиционными вождями. Это Пафлагония, у которой была только одна повинность: поставлять военный контингент, и Вифиния, которой удалось устоять против постоянных нападений со стороны сатрапа Фригии Геллеспонтской и отстоять независимость.
Были территории, которые и де-юре находились вне сфер влияния сатрапий. В империю не входили Кипр и Кирена. Первый сохранил свои полисы и своих царей, которые, впрочем, поддерживали отличные отношения с Александром. Город Кирена (главный город Киренаики. - Примеч. ред.) в 331 г. до и. э., во время посещения Александром Сиутского оазиса, направил к нему послов, и царь заключил и ним договор о союзничестве. Именно этим можно объяснить, что ни Кипр, ни Кирена не были затронуты при реорганизации сатрапий в 323 и 321 гг. до н. э. В полисах Финикии остались прежние цари и институты власти, а вот в Сидоне произошло иначе: там Александр заменил царя Стратона Абдалонимом, которого он счел более подходящим и о котором достоверно известно, что он был покровителем художников, работавших над созданием «Саркофага Александра». Кроме того, финикийские полисы должны были платить налоги и поставлять людей в армию. Согласно некоторым авторам, они находились в ином положении, нежели греческие полисы Малой Азии.
Расположенные в Малой Азии греческие полисы, по идее, «освобожденные» Александром, и европейские полисы - формально его «союзники» по Коринфскому союзу, несомненно, являли пример весьма двусмысленной формы подчинения. Мы уже видели, что Александр во время своих завоевательных походов вел себя совершенно по-разному, в зависимости от своего личного отношения к тому или иному полису. Однако проблема состоит именно в том, чтобы понять, сформулировал ли Александр в тот или иной момент правила, касающиеся всех азиатских греческих полисов, и более того - просто греческих полисов, неважно, малоазиатских или европейских. Эта проблема сама по себе включает несколько аспектов. В каких взаимоотношениях находились полисы и сатрапы? Входили ли в Коринфский союз азиатские полисы? Следует сказать, что оба эти пункта оспаривались.