Не впервой уже академия навлекала на себя недовольство августейших персон. Великий князь Константин Константинович, как видно, опять получил выговор с высоты престола за предосудительное поведение подопечных ему академиков. Потому в подписанном им четвертого февраля и разосланном всем крамольным членам академии циркуляре поспешил он осудить предпринятое ими деяние. С риторским жаром президент вменял академикам в вину, что занялись они не своим делом и, рассуждая об «элементарной гарантии законности», сами ее нарушают.
«Далекие от мысли, что своим поступком мы нарушили какую-либо законность, мы, напротив, считали, что наша прямая обязанность была высказать, в чем мы видим исход из настоящего тяжелого состояния, — отвечал президенту академик Ляпунов. — На нас лежал этот нравственный долг перед отечеством, которому мы обязаны своим высоким положением, и перед народом, из средств которого составляется получаемое нами казенное содержание».
Неспроста упомянул Ляпунов о том, из чего происходит выплачиваемое ему академическое содержание. То был ответ на еще одно обвинение, высказанное великим князем. Бросил президент упрек своим академикам, что они в одно и то же время порицают правительство и принимают из его рук академическое жалованье. Во время разговора с великим князем Ольденбург пытался откровенно объясниться с ним насчет этого пункта.
— Как же следует понимать слова вашего высочества относительно освобождения от жалованья? Что, ваше высочество считает нужным для академиков, подписавших «Записку», уйти из академии? — спрашивал непременный секретарь.
— Да, я полагаю, что они не имели права, состоя на службе, подписывать такую «Записку».
Оскорбительное порицание от президента вызвало энергические протесты даже тех академиков, которые никогда не отличались резкостью суждений, как, например, Шахматов. Почти все они указывали в своих ответах, что жалованье им платят из средств, собираемых с народа, а не из каких-то особых сумм и не за какие-то особые услуги правительству. «Это жалованье дается не для того, чтобы мы не порицали правительство, а для того, чтобы мы работали на благо русского народа и русского государства», — заявил Алексей Александрович Шахматов в письме к великому князю.
Формы протеста академиков были весьма различны, порой прямо противоположны. Академик Бородин, получив президентский циркуляр, тотчас подал прошение об отставке. В противность ему академик Фаминцын вызывающе высказался в письме к президенту: «Не подавать в отставку, а твердо бороться за свои взгляды, хотя бы с риском потерять занимаемый на государственной службе пост, представляется мне прямою обязанностью гражданина…»
Именно запальчивое заявление Бородина привело к незамедлительной встрече Ольденбурга с великим князем 22 февраля 1905 года.
— Я выразил свое отношение к «Записке 342-х», — произнес великий князь после некоторого молчания и, словно бы оправдываясь, присовокупил — Не можете же вы запретить мне иметь свое мнение!
— Конечно, нет, ваше высочество, — со всей учтивостью отвечал Ольденбург. — Но и подписавшие записку имели тоже свое мнение. Ваше высочество говорите в своем циркуляре о том, что академики не исполняют своих прямых обязанностей. Позвольте спросить лично, в чем я не исполнил своих прямых обязанностей?
— В том, что вы подписали «Записку».
— Но это было мое убеждение, а какой закон запрещает мне высказывать свои взгляды по вопросу, близко мне известному?
Великий князь молчал, не находя ничего возразить против. Так и не дождавшись ответа, Ольденбург продолжил:
— При такой постановке дела многие академики, может быть, даже из не подписавших «Записку», сочтут нужным уйти или заявить об этом конференции.
Ляпунов тоже почел необходимым оспорить утверждение президента о том, что он и его коллеги не радеют ревностно исполнять свой ученый и учебный долг. «Что касается, наконец, упрека в недобросовестном исполнении нами наших прямых обязанностей, то на чем основано это тяжкое обвинение? Неужели же основанием ему послужило лишь подписание известной «Записки»? Бывают моменты, когда честные люди не должны и не могут молчать, и когда даже люди, исключительно посвятившие себя науке и никогда раньше не интересовавшиеся политикой, не могут оставаться безучастными к общественным вопросам, и если люди науки высказываются в такой момент, то это не значит, что они забыли свои прямые обязанности. Ведь между подписавшими «Записку» немало встречается всем известных имен — профессоров, которые своею деятельностью заслужили всеобщее уважение, и ученых, которые своими трудами приобрели всемирную известность».