Победа над шведскими захватчиками была, однако, лишь частью великого дела обороны родины. В том же 1240 г. немецкие крестоносцы, собранные из всех крепостей Ливонии, в том числе и из Оденпэ, Дерпта, Феллина, направляемые предателем, князем Ярославом Владимировичем, захватили русскую крепость Изборск. Когда об этом стало известно в Пскове, то местное ополчение, в которое вошли «вси и до души» боеспособные псковичи, выступило против немцев. Однако оно было разбито превосходящими силами противника. В неравном бою пал и княжеский воевода во Пскове Гаврила Гориславич; псковичей крестоносцы «гоняче, много побиша, а инех руками изоимаша».
Немцы, «пригонивше под град (Псков) и зажгоша посад весь, и много зла бысть, и погореша церкви, и честныя иконы и книги, и много сел попустиша» около города. Немецкие войска целую неделю осаждали Псков, однако взять его не смогли. Они и не взяли бы город, который выдержал в своей истории 26 осад и ни разу не открыл ворот врагу, если бы не бояре-изменники. После поражения псковских войск и гибели княжеского воеводы эти бояре-изменники, что «перевет держаче с немци», сперва добились того, что Псков выдал крестоносцам в залог детей «добрых муж», затем некоторое время прошло «без мира», и, наконец, боярин Твердило и другие «подовели» немцев во Псков. Опираясь на немецкий гарнизон, изменник Твердило «сам поча владети Пльсковом с немци». Власть его была только видимостью, а на деле весь государственный аппарат прибрали к рукам немецкие феодалы. Те из бояр, которые не согласились на измену, бежали с жёнами и детьми в Новгород. Изменник Твердило и его сторонники помогали немецким захватчикам, «воюя села новгородская». Таким образом, они продали русскую землю врагу, который нёс русским людям истребление, разорение и ярмо феодального рабства.
Положение было опасное, и меры для обороны нужны были срочные и суровые. Понятно, что князь Александр Ярославич, не рассчитывая на слишком большую помощь из недавно разорённой Владимиро-Суздальской Руси, возложил на новгородское боярство крупные расходы по подготовке к войне, а также, вероятно, после Невской победы постарался упрочить свою власть в республике. Новгородское боярство, ставя интересы своего кошелька выше интересов родины, вступило с князем в конфликт, в результате которого зимой 1240 г. «выиде князь Олександр из Новагорода к отцю в Переяславль с матерью и с женою и со всем дворомь своим, распревся с новгородци».
В начале 1241 г. немцы начали всё чаще вторгаться в новгородские владения. Так, они вместе со вспомогательными отрядами эстов напали на землю води.
Немцы поставили своей целью захватить не только землю води, но и ижорян, а также — территорию вдоль Невы и Карелию. Папская курия даже «передала» все эти земли под юрисдикцию эзельского епископа Генриха. В апреле 1241 г. епископ Генрих в свою очередь заключил договор с рыцарями.
Тогда же немцы «учиниша» в Копорском погосте укреплённый город. Летописец, сообщив об этом, продолжает, что «и не то бысть зло, но и Тесов (на реке Оредеж) взяша, и за 30 верст до Новагорода гоняшася; гость (т. е. купцов) биюче». Наконец, немцы стали воевать «семо Лугу и до Сабля», т. е. до Сабельского погоста, что лежал в 40 верстах от Новгорода. В это время, когда в Новгород из всех окрестных сёл и погостов сбегалось спасавшееся от немцев население, здесь вспыхнуло народное движение, поддерживавшее сторонников союза с владимиро-суздальскими князьями. Новгородские горожане, не желавшие в угоду корыстному боярству становиться рабами тевтонов, требовали организовать им отпор.
Новгородское вече отправило послов к Ярославу Всеволодовичу, и он отпустил к ним княжить своего старшего сына Андрея. Но последний не отличался особыми военными талантами и не подходил для столь ответственного дела. Поэтому собравшиеся на вече новгородцы послали к Ярославу Всеволодовичу владыку Спиридона «с мужи» просить к себе Александра Ярославича. В это время немцы, собрав полки, а также какие-то отряды из эстов и литовцев, продвигались вперёд. Они «поимаша по Луге вси кони и скот, и нельзе бяше орати по селом и нечимь»: Об этом сообщили послы Ярославу и он «вда… сына своего Александра опять». Любопытно, что вторжение ливонских крестоносцев в новгородские земли происходило в то время, когда их собратья — тевтоны Прусского ордена — терпели поражение от татаро-монголов при Лигнице.