Хотя Андрей Ярославич нашел убежище в Швеции, которая, окончательно завоевав в 1249 г емь-тавастов, встала тем самым в весьма напряженные отношения с Новгородом и княжившим там Александром Невским, последний сумел не превратить брата в заклятого врага, а сделать его своим союзником. Александр перезвал Андрея на Русь, выделив ему из состава своего великого княжества Владимирского Суздальское княжество.80 В 1257 г. Андрей как владетельный князь ездил вместе с Александром в Орду чтить хана Улаг-чи.81
Кроме Владимирского великого княжества под властью Александра Невского по-прежнему оставался Новгород. Правда, теперь Невский уже не княжил там сам, а держал в качестве наместника своего старшего сына Василия. Новгородцы, свободные в выборе князей, этим обстоятельством были недовольны. В 1255 г. они изгнали молодого княжича из города, пригласив к себе из Пскова оставившего свое Тверское княжество Ярослава Ярославича. Александр немедленно собрал полки и выступил с ними против Новгорода.
Новгородцы тоже решили биться, но дела разрешилось миром. Князь Ярослав вынужден был покинуть город, на новгородский стол был возвращен Василий, произошла смена посадника, к управлению Новгородом пришли люди, поддерживавшие Александра Невского
Эта связь с могущественным князем помогла Новгороду пресечь попытку шведских феодалов и, по-видимому, фогта Виронии (области Северной Эстонии, подчинявшейся датскому королю) Дитриха фон Кивеля (Дидмана русской летописи) построить опорную крепость на восточном, принадлежавшем Новгороду берегу р. Наровы.83 Базируясь здесь, шведы и датский феодал рассчитывали начать наступление на Вотландию и Ингрию, т. е. земли води и ижоры, входившие в состав Новгородской республики. Узнав о действиях шведов и Дидмана, новгородцы послали послов с просьбой о военной помощи во Владимир к Александру Невскому и стали собирать собственное ополчение. Когда это стало известно шведам и фон Кивелю, они поспешно погрузились на корабли и бежали за море. Александр привел свои полки в Новгород, но противников уже не было. Тогда князь предпринял поход на Копорье, а оттуда направился в завоеванную за 7 лет до этого шведами землю еми. Поход Невского на это племя в 1256 г, последний военный поход полководца, проходил в суровых зимних условиях, но закончился успешно.85 Позиции Швеции в земле еми оказались ослабленными, и внимание шведских феодалов было переключено с Новгорода на Финляндию.
По возвращении во Владимир Александр Невский был вынужден отправиться вместе с другими русскими князьями в Волжскую Орду чтить хана Улагчи. В конце того же 1257 г. владимирскому великому князю пришлось еще раз иметь дело с монголами. На Русь прибыли чиновники из Каракорума, проводившие по приказу великого хана исчисление и обложение налогами всего подвластного ему населения.86 Если для жителей Северо-Восточной Руси взимание монголами различных налогов и поборов становилось делом привычным, то для Новгорода такие выплаты были новыми и неприятными. Когда до новгородцев дошел слух о том, что монголы будут брать у них тамгу и десятину, город страшно возбудился. На стороне новгородцев оказался правивший у них сын Александра Невского Василий. Александр вынужден был помогать чужеземцам. Его приезд с численниками в Новгород зимой 1257/1258 г. закончился изгнанием из Новгорода сына Василия и жестокими пытками людей, подвигших его на противодействие монголам и отцу. Вероятно, управление Новгородом Александр взял на себя, осуществляя свою власть через собственных наместников. Тем не менее полностью усмирить новгородцев князю не удалось- Когда зимой 1259/1260*г. в Новгород вторично приехали монгольские численники, здесь снова начались сильные волнения, которые не переросли в вооруженную борьбу только из-за вмешательства Александра. Ему удалрсь, видимо, найти какой-то компромисс, который удовлетворил новгородцев.
В начале 60-х гг. XIII в. Волжская Орда отделилась от Монгольской империи, став суверенным государством.89 Разладом между каракорумским и саранским правительствами немедленно воспользовались на Руси. Во многих русских городах произошли восстания против сидевших здесь имперских чиновников. Александр Невский поддержал эти выступления, рассылая грамоты с призывом «тотар побивати». В Сарае на эти действия смотрели сквозь пальцы, поскольку дело шло о ликвидации превратившейся в чуждую структуру власти. Однако став самостоятельными, сарайские ханы начали испытывать недостаток в вооруженных силах. Даоке во время существования единой Монгольской империи такой недостаток покрывался за счет мобилизации в монгольские войска подвластного монголам населения. Сарайский хан Берке пошел по проторенному пути. В 1262 г. он потребовал произвести военный набор среди жителей Руси, поскольку возникла угроза его владениям со стороны иранского правителя Хулагу-91 Александр Невский вынужден был отправиться в Орду, чтобы как-то смягчить требования хана. Берке задержал русского князя в Орде на несколько месяцев.92 Там Александр заболел. Уже будучи больным, он выехал на Русь. С трудом добравшись до Городца на Волге, князь понял, что до Владимира ему не доехать. Днем 14 ноября 1263 г. он постригся в монахи, а к вечеру того же дня скончался.93 Через 9 дней тело князя было доставлено в стольный Владимир и при большом стечении народа захоронено в основанном дедом Александра Всеволодом Большое Гнездо Рождественском монастыре.94