Через полтора месяца после битвы на Неве соединенные силы Тевтонского ордена, датского короля, дерптского (юрьевского) епископа и служившего немцам русского князя Ярослава Владимировича неожиданным ударом захватили пограничную псковскую крепость Изборск. Выступившее на защиту Изборска псковское войско было разгромлено, его воевода Гаврила Гориславич пал в бою. Крестоносцы осадили Псков. Не получая ниоткуда помощи, псковичи вынуждены были 16 сентября 1240 г. капитулировать. В Пскове были посажены два немецких фогта. Их поддерживала влиятельная часть псковского населения во главе с боярином Твердилой Иванковичем. Но было и много недовольных установившимся немецким господством. Часть их вместе с семьями бежала в Новгород.
Там произошли странные события. Новгород покинул Александр Невский, рассорившись с новгородцами.54 Причины конфликта не раскрыты ни летописью, ни учеными-историками. А между тем они могут быть указаны. Изгнав с берегов Невы шведов, князь Александр тем не менее никак не воспрепятствовал захвату Пскова немецкими и датскими феодалами. Естественно, это вызвало резкое недовольство части новгородцев и особенно бежавших в Новгород псковичей. Однако после Невской победы Александр был не в состоянии противостоять агрессии новых врагов. Победа над шведами была достигнута преимущественно силами дружины самого князя Александра. Недаром новгородский летописец, написав о 20 русских мужах, погибших в битве, отметил гибель только 4 новгородцев. Составитель Жития Александра, называя шестерых храбрецов Невского сражения, указал лишь на двух новгородцев. Остальные представляли дружину Александра, один из них был убит- Совершенно очевидно, что основная тяжесть Невского боя легла на плечи княжеской дружины и именно она понесла наибольшие потери. А с сильно ослабленной дружиной, не получая помощи от других русских княжеств, князь-защитник Новгородской республики был просто не в состоянии выполнить свои обязанности. Обоюдные обвинения стали столь острыми, что Александр вынужден был покинуть Новгород и уехать к отцу в Переделавль. Этим сразу же воспользовались немцы. Зимой 1240/1241 г. они захватили чудские и водские владения Новгорода, построили в Копорье крепость и, воюя собственно новгородскую территорию, подходили на расстояние в 30 верст от самого Новгорода.55 Возникла непосредственная угроза городу. При этом выяснилось, что своими силами новгородцы не в состоянии справиться со все возраставшей немецкой агрессией. Стала очевидной необходимость приглашения на новгородский стол нового князя.
Выбор у новгородцев был невелик. Они вынуждены были просить о помощи того же Ярослава Всеволодовича. Тот прислал им вместо Александра другого сына - Андрея- Но и при нем нападения немцев на новгородские земли продолжались. Мало того, к ним прибавились нападения эстов и литовцев. Тогда новгородцы решили просить у Ярослава вместо Андрея снова Александра. Просьба была удовлетворена.
Александр въехал в Новгород в марте 1241 г. Он действовал осмотрительно и четко. Собрав все новгородские силы, ладожан, корел, ижору, он двинулся на Копорье. Возведенная немцами крепость была взята и разрушена, изменники из числа води и эстов были повешены, взяты заложники, но некоторые, поддержавшие немцев, помилованы.67 Так закончился 1241 год.
В начале 1242 г. Александр получил военную помощь от отца. С владимирскими полками к нему пришел брат Андрей. Теперь можно было воевать собственно немецкие владения. Александр и Андрей вторглись в Чудскую землю. Перерезав все пути, которые связывали Орден и немецкие епископства в Прибалтике со Псковом, Александр неожиданным ударом с запада захватил Псков.88 Теперь его тылы были обеспечены. Вернувшись снова в землю эстов, он стал опустошать ее. Однако немцы уже начали собирать силы. Их войскам у местечка Моосте близ р. Лутсу удалось разгромить передовой отряд Александра под командованием До-маша Твердиславича, брата новгородского посадника, и дмитровского наместника великого князя Ярослава Всеволодовича Кербета.59 Домаш пал в бою. Это поражение заставило Александра Невского отступить на Чудское озеро.