Стихия продолжала лютовать на Новгородщине. Город затопляло водой, первые льдины разрушили мост через Волхов. Обозленный «черный люд» взбунтовался против властей в городе, вооружился и отправил князю Ярославу Всеволодовичу в Переяславль-Залесский послание, в котором были и такие слова: «не суди и судей не давай». Князь прислал ответ, в котором осуждал и ругал новгородцев.
Начавшимся голодом воспользовались противники переяславского князя из числа новгородского боярства. Они подговорили возбужденных горожан изгнать из Новгорода сторонников властного князя. Вооруженные новгородцы прямо с веча пошли громить дворы приверженцев Ярослава Всеволодовича. Были разграблены дворы тысяцкого Вячеслава и его брата, липенского старосты Душильца, и другие.
Такими событиями и закончилось первое княжение, формально самостоятельное, Александра Ярославича в вольном городе Новгороде. Открытый мятеж против сторонников переяславского князя непосредственно грозил княжичам. Февральской ночью 1229 года боярин Федор Данилович и тиун Яким тайно увезли Федора и Александра Ярославичей во Владимир, а оттуда в Переяславль-Залесский. Иначе могла произойти беда. Разбушевавшийся «черный люд» — городские низы — всегда отличался скорой рукой на кровавую расправу с неугодной им знатью и правителями.
Вольный город вновь остался без правителя. На княжение бояре пригласили князя Михаила Черниговского. Он целовал крест, что будет соблюдать новгородские вольности и «ходити по Ярославльим грамотам». Но долго покняжить ему не удалось: природные бедствия продолжались на новгородской земле. Проливные дожди сменились ранним морозом, который погубил озимые. В вольном городе начался голод и мор.
В то же время князь Ярослав Всеволодович захватил Волок Ламский, владение вольного города. Черниговский князь послал к нему посла Нездипу Прокшича, которого тот велел заковать в цепи и продержал в Переяславле-Залесском целое лето. В самом Новгороде продолжались нескончаемые раздоры между двумя посадниками — с грабежами, поджогами и убийствами на самом вече.
Князь Михаил уехал в Чернигов, оставив вместо себя в Новгороде сына Ростислава. Напрасно прождав присылки обещанного черниговского войска, новгородцы изгнали Ростислава из Городища, сказав ему: «…а ты пойди прочь, сами себе князя промыслим».
Для Великого Новгорода наступили черные дни. Простой люд голодал и уходил из города. Крестьяне-смерды отказывались платить боярам подати: землю поразил невиданный неурожай. В непрекращающихся народных волнениях и разразившейся смуте бояре и богатое купечество почувствовали для себя большую угрозу. Да к тому же с границ поступали вести, одна тревожнее другой. Перед общей опасностью помирились посадники Водовик и Степан Твердиславич. Новгородская «замятня» (междоусобица) грозила смести власть «совета господ».
Пришлось новгородцам в который уже раз мириться с Владимиро-Суздальской Русью. Послы Господина Великого Новгорода прибыли в стольный град Переяславль-Залесский просить князя Ярослава Всеволодовича вернуться на княжение. Тот долго не раздумывал, решив положить конец нескончаемой смуте и охватившему вольный город «братоненавиденью».
Князь Ярослав Всеволодович, не мешкая, прибыл в Новгород и собрав вече, принес присягу — крестное целованье — «на всех грамотах Ярославских». Он обещал горожанам править и судить по старым новгородским обычаям, по «Русской Правде». Признал власть переяславского князя и принял его наместника и своенравный Псков, тоже вольный город.
Вокняжившийся Ярослав Всеволодович твердой рукой навел в Новгороде прежний порядок. Вскоре он уехал в Переяславль-Залесский, посадив на правление своих повзрослевших сыновей — Федора и Александра. Двум юным правителям пришлось нелегко, ибо голод не прекращался. Однако выручили торговые люди — немцы «из Замория». Они приплыли на кораблях и привезли в изобилии на продажу жито (зерно), муку и овощи. Так был спасен город, в котором люди уже ели «конину и псину и кошки, а инии (кое-кто) и мох и сосну и лист».
Постепенно жизнь на Новгородщине налаживалась. Горожане и селяне умели трудиться с восхода и до захода солнца. Однако опасность из-за границы давала о себе знать. Литва пошла войной на русские волости Мореву, Любие, Селигер. А в 1232 году, сообщает древнерусский летописец, «приидоше татарове и зимоваша, не дошед Великого града Болгарьского». В Новгороде Великом произошел сильный пожар, испепеливший часть деревянного города. Оживились сторонники черниговского князя, недруги князя переяславского. В Пскове начались вооруженные столкновения. Молодым князьям Федору и Александру с немалым трудом удалось навести порядок в самом Новгороде.