Между тем страсти в Новгороде разгорались. В Сыропустную неделю, 20 февраля 1229 года, ненастной ночью, боярин Федор Данилович и тиун Яким бежали с Городища, прихватив с собою двух юных княжичей. На следующее утро, 21 февраля, собралось вече, на котором худые мужики — вечники по наущению бояр кричали так: «Князь задумал какое-то зло на Святую Софию. Мы не гнали княжичей от себя и самому князю не сделали никакого зла, казнили только свою братию. Пусть судит им в том Бог и Честный крест, а мы промыслим себе князя!» Решили послать в Чернигов и звать к себе на княжение князя Михаила Всеволодовича, который однажды уже был их князем и враждовал с Ярославом. Сразу же после веча в Новгороде начались грабежи, поджоги и убийства.
Юным князьям пришлось воочию убедиться в том, какова на деле так называемая «новгородская свобода», когда плодами демократии пользуются темные силы. Общинная свобода при этом пропадает, и наступает время боярской олигархии, интересы которой весьма далеки от интересов Русской земли: свобода переходит в произвол и преступления, а враги тем временем «розно несут Русь по частям».
В Великом княжестве Владимирском это хорошо понимали. В начале сентября 1229 года во Владимире созвали княжеский снем (съезд) владимиро-суздальских князей под главенством великого князя Юрия Всеволодовича. На нем решили: от Новгорода не отступаться. Великий князь Юрий и брат его Ярослав, которые чуть было не рассорились из-за новгородских дел (Ярослав решил, что Юрий поддерживает своего шурина, Михаила Черниговского), должны были помириться.
Возвратившись в Переяславль, княжичи познакомились с придворным писателем Ярослава Даниилом, известным под именем Даниила Заточника. Бывший дворянин, наказанный князем за какой-то проступок и сосланный на Лаче-озеро, он вернулся в Переяславль и написал для своего князя полное живости и ума «Моление» в духе византийского писателя Феодора Продрома. Даниил напоминал о своей прежней службе и просил князя не забывать о нем: «Егда ве-селишися многими яствами, а мене помяни, сух хлеб ядуща; или пьеши сладко питие, а мене помяни, теплу воду пьюща от места незатворена; егда лежиши на мягких постелех под собольими одеялами, а мене помяни, под единым платом лежаща и зимою умирающа». Богатство копится, оно теснит и княжеское. «Конь тучен, — пишет Заточник, — яко враг хранит на господина своего, такое боярин богат и силен умышляет на князя зло». Лучше бы мне «нога своя видети в лапте в дому твоем, нежеле в сафьяновом сапоге в боярском дворе». Безысходное противоречие между бедностью и богатством устрашающе обнажилось перед ним, и он с горечью пишет: «Кому Переяславль, а мне Гореславль, кому Боголюбово, а мне горе лютое, кому Белоозеро, а мне черней смолы».
При выборе слуг и помощников Заточник предлагал судить о людях на основе их деловых качеств и добродетелей. «Не зри внешняя моя, но возри внутренняя моя».
Слова его были созвучны времени. Чувствуя приближающуюся опасность, нависшую на Русью, он предупреждает князя: «Не дай же, Господи, земли нашей языкам, не знающим Бога!»
Политические идеи Даниила Заточника сродни идеям Владимира Мономаха и направлены на укрепление великорусской самодержавной власти, способной объединить страну и защитить ее от вражеского нашествия. Потому в центре внимания автора идеальный образ великого князя, похожего на князя Ярослава Всеволодовича. Князь этот внешне привлекателен, он имеет «глас сладок», а «образ страшен», рука его «не согбена, а простерта на подаяние убогим». Управление князя крепкое и справедливое. Он «глава всем» и «кораблю кормник». Князю нужны советники, умные и справедливые «думцы». Ему надо знать, что не море топит корабли, а волны — «злые думцы». С мудрыми же советниками князь укрепляет «грады и полки». «Змей страшен свистанием, а князь — множеством силы». Боярское самоуправство решительно осуждается. Поддержка сильной великокняжеской власти — «силы» и «грозы» — отвечает как интересам нарождающегося класса дворян, так и самим младшим Мономашичам в лице князя Ярослава и его потомства. Князю Александру Ярославичу, будущему Невскому герою, были весьма кстати советы Даниила Заточника, и он выслушал их с удовольствием и впоследствии, будучи великим князем Владимирским, частично реализовал.
Между тем в Новгороде продолжались распри боярских партий. Весной 1229 года князь Михаил с малолетним сыном Ростиславом прибыл в Новгород и принял власть «на всей воле новгородской». В отличие от князя Ярослава, он пообещал утишить народное недовольство. К тому времени Ярослав с дружиной занял Волок Ламский, перерезав торговые пути Новгорода на Смоленск, Чернигов и Понизье. Это не замедлило сказаться на экономическом положении Новгородской республики. Крестьяне и беднота бежали из Новгородской земли. Князь Михаил освободил «мизинных людей» на 5 лет от даней и подтвердил прежние уставы. Гнев недовольных обратился на сторонников суздальской партии. Глава республики, архиепископ Антоний, был отослан в Хутынский монастырь. В декабре 1229 года по жребию избрали нового владыку. Им оказался дьякон Юрьевского монастыря Спиридон, которого и послали в Киев для рукоположения в архиепископы. В мае 1230 года он вернулся в Новгород и после этого около 20 лет стоял во главе Новгородской церкви.
Весной 1230 года на Руси явились знамения будущих бед. 3 мая случилось землетрясение, которое почувствовали и в Киеве, и во Владимире-на-Клязьме. В Киеве Успенская церковь Пресвятой Богородицы на глазах митрополита Кирилла и великого князя Владимира Рюриковича треснула и раскололась на четыре части. В Переяславле Южном собор Святого Михаила Архангела раскололся надвое, и крыша упала внутрь. Во Владимире в Успенском соборе во время литургии земля дрогнула и заходила ходуном, так что закачались иконы и паникадила.
10 мая в Киеве на рассвете увидели восходящее солнце, казавшееся «ковригой» на четыре угла. А спустя четыре дня «солнце начало погибать», то есть уменьшаться и превратилось в месяц, и так стояло три дня. Тогда же на небесах явились багровые столпы с синими и зелеными полосами по сторонам от солнца и с небес якобы упал огонь и пропал в Днепре.
Во Владимир прибыл митрополит Киевский Кирилл и стал мирить Ольговичей (Черниговских князей, потомков Олега Черниговского) с Мономашичами. К тому времени князь Ярослав уже готовил войско, чтобы идти на Новгород, против Михаила. Переговоры увенчались миром. Михаил Черниговский готов был к уступкам. Лишь несколько месяцев сумел выдержать он споры и буйства новгородцев, когда одна партия — «суздальцев» — бесчинствовала на улицах города и жгла и грабила дома и пожитки своих политических противников — сторонников черниговских князей. Михаил уехал в Чернигов, оставив наместником пятилетнего Ростислава.
Новгородский летописец Тимофей, рассуждая об этих нестроениях, предрекал еще большие бедствия. И они не замедлили появиться. В 1228–1230 годах разразился голод. Люди умирали тысячами. Их некому было погребать. Архиепископ Спиридон приказал вырыть огромную яму — скудельницу — близ церкви Двенадцати апостолов и свозить туда трупы со всего города. Более других от голода страдал простой народ. Несчастным приходилось есть мох, кору, лишайник, листья. Дошло до того, что простая чадь стала резать людей и поедать их. Ели псину, конину, кошек. На другой год поставили вторую скудельницу, в конце Чудинцевой улицы, а потом и третью, за церковью Рождества.
Вновь пришло время Ярослава. 8 декабря 1230 года город покинули княжич Ростислав и бывший посадник Внезд Водовик. В Переяславль прибыли послы от веча и попросили князя Ярослава Всеволодовича снова занять новгородский стол. Ярослав согласился. 30 декабря вместе с сыновьями Федором и Александром он прибыл в вольный город, на Городище. Собралось вече, и князь целовал образ Богородицы «на всех грамотах Ярославлих», обещая не нарушать прав новгородцев и их священные обычаи. Прожив в Новгороде около двух недель, он уехал в Переяславль, оставив наместниками своих сыновей.
Среди всеобщих ожесточений впервые в молодом князе Александре Ярославиче проявилось милосердие. Он заступался за сирот и вдовиц, помогал голодающим, чем мог. Из его дворца на Городище никто из приходящих за помощью «не изыде тощ». С новой жатвой в 1232 году голод прекратился, и следующие годы оказались сравнительно спокойными и богатыми на урожай.