Одновременно литовцы воевали с крестоносцами, сражаясь за свою свободу и независимость. В 1236 году большое орденское войско было отправлено рижским епископом на завоевание Жемайтии. Когда рыцари возвращались из Литвы, близ Сауле (ныне — Шауляй) они попали в западню: рыцарей, заночевавших среди болот на островке, окружили литовские и земгальские воины под командованием новогрудского князя Рынгольта Альгимунтовича. Бой проходил в топкой болотистой местности, облаченные в тяжелые доспехи крестоносцы увязали в болоте и тонули. Сам магистр Фольквин фон Виттерштеттен погиб вместе с 50 командорами. Лишь немногим рыцарям удалось спастись. Сотни же из них попали в литовский плен. Это случилось 21 сентября 1236 года. После этого разгрома Орден меченосцев распался, и его остатки были включены в новообразованный Ливонский орден (12 мая 1237 года).
Эта победа вдохновила литовцев. Новорожденное Литовское государство сумело расширить свою территорию за счет славянских земель. Князь новогрудский Рынгольт Альгимунтович разбил у Немана объединенное славянское войско и завоевал почти всю Белоруссию с Полоцком, Витебском, Оршей и Смоленском. Его сын — первый литовский великий князь Миндовг (1236–1263) оттеснил от власти своих братьев Ердзивила и Довспрунга и стал собирать большое войско. Видимо, настал черед Псковской земли. Миндовг полагал, что сможет легко захватить ее. Но он просчитался, так как не учел, что земли Новгорода и Пскова защищает такой великий полководец, как князь Александр. Собрав дружину и ополчения новгородцев и псковичей, князь Александр выступил против литвы. Он разбил один за другим семь литовских полков, почти дошедших до Великих Лук. Остальные бежали. Дружинники Александровы ловили уцелевших литовских ратников и, озлобленные на них, привязывали их к хвостам своих коней.
Этот разгром литовцев заставил Миндовга на время прекратить набеги. «Оттоле начаша блюстися и трепетати имени его», то есть Александра, пишет летописец. Впрочем, мир с литовцами продолжался недолго.
В 1245 году, забыв преподнесенный урок, литва снова вторглась в русские земли, захватила Торжок и Бежицу и увела в плен множество жителей и скота. Князь Александр с новгородцами догнал их, отнял весь обоз и убил восемь князей литовских. Ратники литовские, испугавшись, ударились в бегство. Новгородцы погнались за ними до самого Жижина, где, окружив, избили. Затем князь Александр доехал до Витебска и забрал сына своего Василия и жену княгиню Александру, которые пребывали в этом городе, и возвратился восвояси. В Новгороде его уже ожидал посол великого князя Миндовга с приглашением пожаловать в Кернов-град на Вилии. И был грозен приезд Александров в Кернов-град, рассказывает предание. И промчалась весть до устья самого Немана: «Князь Александр едет!» И женщины литовские пугали в колыбелях детей своих: «Князь Александр едет!»
Миндовг торжественно встретил Невского героя в своем дворце. Речь шла о том, как совместными усилиями защититься от агрессии Ливонского ордена. Князь Александр дал совет язычнику Миндовгу: креститься самому и крестить семью свою, а также князей, бояр и весь народ. Лишь в этом случае, объяснял Александр, литва сможет сопротивляться католической агрессии и рассчитывать на помощь Руси.
Согласно Густынской летописи, в 1246 году князья Миндовг, Войшелк, а также бояре и часть народа крестились по православному обряду. Впрочем, крестились они не искренне, лишь для вида, и князь Александр, по-видимому, понимал это. Потому он не захотел брать на себя обязательство защищать всю Литву от немецкой агрессии. Литовцы изменчивы и коварны, слова у них расходятся с делами, а князья их воюют друг с другом без пощады. И верно: после смерти князя Ердзивила (1240) стал править не его сын князь Товтивил, а брат — Миндовг. Последний раздал племянникам уделы: Товтивилу — Полоцк, Арвиду — Рогачев, Тройнату — западную Литву. Однако племянники были недовольны и составили заговор. В 1251 году Товтивил с помощью крестоносцев нанес Миндовгу поражение под Вилькомиром (ныне — Укмерге). На следующий год рыцари захватили Клайпеду (Мемель) и все побережье до устья Немана. Миндовг занял Черную (Мемельскую) Русь с городами Гродно, Слоним, Волковысск, Новогрудок и территорию в бассейнах рек Яссельды и Березины. Князь Александр не мог одобрить лицемерную военную политику Миндовга, который с помощью литовцев захватывал земли Руси, а с помощью русских пытался распространить свое влияние среди литовских князей. Воюя с немцами, Миндовг использовал против них и русское, и литовское ополчения и одновременно мечтал о расширении территории своего княжества за счет русских земель. Литовское княжение в то время было слабым, но оно держалось, давая литовцам эфемерную защиту от немцев, а русским — убогое прибежище от татар.