В 1819 году он был назначен попечителем Казанского учебного округа. Магницкий налетел на Казанский университет, как коршун на добычу. Все внимание он сосредоточил не на том, чему учили и как учились, а на том, как профессора и студенты мыслили и чувствовали. Главный порок, замеченный Магницким в преподавании, был "дух вольнодумства и лжемудрия". Он подлежал немедленному и полному искоренению. Пробыв шесть дней в Казани, Магницкий по возвращении в Петербург доложил, что университет по всей справедливости и строгости законов подлежит уничтожению, причем в виде его публичного разрушения. Александр наложил на докладе примиряющую резолюцию: "Зачем разрушать, можно исправить".
Магницкий, нимало не медля, принялся за исправление. Просматривая списки почетных членов Казанского университета, он с ужасом встретил имя аббата Грегуара, который был членом Конвента и подал голос за казнь Людовика XVI. Магницкий выставил этот факт как главное доказательство овладевшего университетом якобинства. Он издал инструкцию, призванную направить юношество на правильную дорогу.
Инструкция подробно определяла направление преподавания каждого предмета, а также быт студентов. Философия, например, должна была руководствоваться посланиями апостола Павла; политические науки - черпать свои доводы из книг Моисея, Давида и Соломона и, в случае крайней нужды, из сочинений Платона и Аристотеля; преподаватель всеобщей истории, говоря о первобытном обществе, должен был показать, как из одной пары произошло все человечество, и т. д. Определен был точный порядок жизни студентов, большинство которых жило при университете. Студенческое общежитие превратилось в подобие монашеского ордена, в котором господствовали столь строгие нравы, что по сравнению с ними тогдашние институты благородных девиц могли показаться школой распущенности. Студенты распределялись не по курсам, а по уровню личной нравственности; каждый разряд жил отдельно от другого, дабы избежать опасности заражения пороками. Провинившийся студент должен был пройти курс нравственного исправления, причем проказника называли не виновным, а грешным. Одетого в крестьянский армяк и обутого в лапти, его сажали в "комнату уединения" (попросту карцер), над входом в которую красовалась надпись из Священного Писания; в самой комнате на одной стене висело распятие, на другой - картина Страшного суда, на которой грешнику предлагалось самому отметить свое будущее место в пекле. Пребывание в "комнате уединения" продолжалось до полного нравственного исправления; все это время товарищи грешника обязаны были молиться за него. Само собой, взаимные доносы студентов и преподавателей вменялись в обязанность каждому честному христианину.
У Магницкого нашлись ревностные помощники. Так, ректор университета Никольский, преподававший математику, на своих лекциях доказывал студентам полное согласие законов "чистой математики" с истинами христианской религии. По его словам, "математику обвиняют в том, что она, требуя на все точных доказательств, располагает дух человеческий к пытливости, отчего преданные ей люди ищут во всем - и даже тогда, когда дело идет о вере, очевидных убеждений и, не находя их, делаются материалистами". В доказательство полной правоверности математики Никольский приводил следующие примеры: как без единицы не может быть числа, так и мир не может быть без единого творца; прямоугольный треугольник является символом Троицы, а гипотенуза в этой фигуре есть не что иное, как символ соединения земного с божественным.
Не все преподаватели, однако, согласились профанировать свою науку. По требованию Магницкого из университета были уволены 11 профессоров.
Охранительное неистовство Магницкого в духе просвещенческой деятельности известных градоправителей Салтыкова-Щедрина нашло подражателей и в других университетах, сделавшись, таким образом, целым направлением в истории русского просвещения. Попечитель Петербургского учебного округа Дмитрий Павлович Рунич применил инструкцию Магницкого к Петербургскому университету и выгнал из него четырех профессоров. Из Харьковского университета выгнали двух преподавателей, из Дерптского - трех, из Виленского - четырех. Это сумасшествие прекратилось только в 1826 году, когда Магницкого уволили от должности и сослали в Ревель.
В подобные же условия пытались поставить русскую мысль и русское печатное слово. Цензурный устав 1804 года вполне соответствовал тогдашней политике Александра и был чрезвычайно благожелателен к российской словесности. Наиболее важный его пункт гласил: "Когда место (в сочинении. С. Ц.) подверженное сомнению, имеет двоякий смысл, то лучше истолковать его выгоднейшим для сочинителя образом, нежели его преследовать". Но, как заметил Рунич, "тогда было время, а теперь - другое". Устав 1804 года был признан неудовлетворительным и неспособным сдержать разгул мысли. Теперь цензорам поручалось не только строжайшим образом следить за новыми изданиями, но даже пересмотреть все ранее выпущенные книги.
Князь А. Н. Голицын подвергал сомнению не только книги духовного содержания, но и невиннейшую светскую литературу. Так, по поводу одного романа он высказал мысль, что большинство романов "совершенно ничтожны и для чтения вредны, равно как и сказки волшебные и простонародные, не приносящие не только ни малейшей пользы, ни чести для жителей государства, но и служащие более к развращению вкуса и ума".
Шишков, сменивший в 1824 году Голицына в должности министра народного просвещения, пошел еще дальше. Будучи убежден, что уровень нравственности в обществе и литературе стремительно падает, он счел необходимым исправлять и слог, и мысли авторов. По поводу одной статьи в "Академических ведомостях" о статистике убийств и самоубийств в России он с возмущением писал: "Какая надобность знать о числе сих преступлений?.. Хорошо извещать о благих делах, а такие, как смертоубийства и самоубийства, должны погружаться в вечное забвение".