В зиму 1861 года А. П. сочинил квинтет à la Глинка и скерцо для фортепиано, в четыре руки, à la Мендельсон. В Германии единственною, кажется, попыткою собственного музыкального сочинения был секстет для струнных инструментов, без контрабаса (D-moll), написанный им в Гейдельберге в конце 1859 или начале 1860 года. Он был совершенно в мендельсоновском стиле, и своему другу, М. Р. Щиглеву, он писал тогда же, что сочинил его так единственно для того, «чтоб угодить немцам». По возвращении в Петербург он всегда молчал про него и даже никогда Щиглеву не показал.
II
Воротился Бородин в Россию в ноябре 1862 года, и 8 декабря уже избран был адъюнкт-профессором на кафедру химии Медико-хирургической академии. Лекции его и, независимо от научного их достоинства, отношение его к студентам отличались такими качествами, что навеки остались в памяти у всех его слушателей. Бывший его ученик, а впоследствии товарищ и друг, профессор А. П. Доброславин сообщает о том много интересных подробностей в записке своей, посвященной памяти бесконечно дорогого ему Бородина.
«Как теперь помню я ту минуту, — пишет он, — когда мы, студенты 2-го курса, увидели его в первый раз в аудитории. Молодой человек, красивый, в летнем статском пальто, нескорою, несколько валкою походкой пробирался в кабинет к профессору Зинину. Вскоре разнеслось по аудитории, что это Бородин, только что вернувшийся из-за границы. Все студенты, близко стоявшие к Зинину, часто слыхали от него о скором возвращении любимого его ученика. У такой экспансивной натуры, как Зинин, отношения ко всем слушателям его были вообще самые сердечные, но к Бородину они были еще сердечнее: он считал его своим духовным сыном, да и Бородин со своей стороны считал его своим вторым отцом. Не было научной мысли, не было приема в работе, о которых не поговорили бы и не посоветовались бы взаимно учитель с учеником. Студенты отнеслись с большим интересом к лекциям Бородина, читавшего органическую химию. Новая лаборатория, на углу Александровского моста, открытая в 1863 году, поступила под ведение Бородина, как директора, так как Зинин, настоящий директор ее, получил около этого времени квартиру при лаборатории в Академии наук. Сам он, только женившись на Кат. Серг. Протопоповой (в апреле 1863 года), переехал в новое здание, первый подъезд с Невы, и прожил тут до самой своей смерти. Лаборатория помещалась в одном коридоре с его квартирой, и Бородин работал там без устали вместе со студентами чуть не целые дни напролет. Но во время своих работ Бородин всегда сохранял свое свежее и благодушное расположение духа в отношении к ученикам и соработникам своим и всегда готов был прерывать всякую свою собственную работу, без нетерпения, без раздражения, чтоб отвечать на предлагаемые вопросы. Занимающиеся в лаборатории чувствовали себя точно в семейном кружке. Но он не забывал и музыки. Работая, он почти всегда что-то про себя мурлыкал, охотно говорил и спорил с работавшими о музыкальных новостях, направлениях, технике музыкальных произведений, и, наконец, мы часто слышали, когда он бывал у себя в квартире, как по лабораторному коридору неслись стройные звуки профессорского фортепиано. Благодушие и доброжелательство Бородина поражали всех: каждый мог итти к нему со своими идеями, вопросами, соображениями, не боясь отказа, высокомерного приема, пренебрежения. Очень редкие вспышки раздражения вызывались у Бородина разве только небрежным или неряшливым отношением занимающихся в лаборатории к делу. „Ах, батенька, — слышалось тогда, — что вы делаете! Ведь этак вы перепортите все инструменты в шкафах! Разве можно здесь, в чистой лаборатории, напускать всякой дряни в воздух! Идите в черную“. Близкое, задушевное отношение Бородина к ученикам не ограничивалось только лабораторией. Почти все работавшие там были приняты в его семью, как самые близкие знакомые, часто завтракали, обедали и даже ужинали у него, когда оставались долго в лаборатории. Квартира Бородина была, можно сказать, постоянно настежь для всей молодежи. По выходе учеников его из академии он постоянно хлопотал об участи каждого, употреблял все усилия, чтоб доставить ему помощь. Часто про него говаривали, что нельзя было встретить его в обществе без того, чтоб он о ком-либо не просил, кого-либо не устраивал…»