В Медико-хирургической академии Бородин почти с самого же начала всего более стал заниматься химией. Находясь на 3-м курсе, он отправился к профессору химии, знаменитому Зинину, с просьбой I заниматься в академической лаборатории. Зинин встретил его насмешками, не веря, чтобы студент его курса стал серьезно заниматься таким предметом: таких примеров еще не было. Но вскоре Зинину пришлось убедиться в том, что недоверие было напрасное. Бородин быстро! пошел вперед, а Зинин сделался самым ревностным его покровителем и наставником. Большую часть времени своего Бородин отдавал лаборатории. Он увлекался своим профессором и его преподаванием. В своей превосходной биографии Зинина, написанной в 1880 году вместе со знаменитым профессором Бутлеровым и напечатанной в «Журнале Русского физико-химического общества», Бородин говорит: «Войдя в состав профессоров С.-Петербургской медицинской академии, H. H. Зинин перенес сюда те же живые и высокие начала строгой науки, прогресса и самодеятельности, которых проводником он был прежде в Казани. Слово его с кафедры не только было верною передачею современного состояния, но и трибуною нового направления в науке… Он не скупился на идеи, бросал их направо и налево и не раз развивал на лекциях многое такое, о чем несколько лет спустя приходилось слышать, как о новом открытии или новой мысли в науке… В ту пору еще начинающие ученые, гости, спешили поделиться результатами своих первых работ, посоветоваться с опытным авторитетным хозяином лаборатории Медико-хирургической академии, Зининым, о своих идеях, планах, намерениях. Лаборатория превратилась в миниатюрный химический клуб, в импровизированное заседание химического общества, где жизнь молодой русской химии кипела ключом, где велись горячие споры, где хозяин, увлекаясь сам и увлекая гостей, громко, высоким тенором, с жаром развивал новые идеи и, за неимением мела и доски, писал пальцем на пыльном столе уравнение тех реакций, которым впоследствии было отведено почетное место в химической литературе. Это была пора патриархальных дружеских отношений между учителем и учениками… Мне живо помнятся веселые, чисто товарищеские и большею частью всегда поучительные беседы Зинина со студентами… Живо помнятся мне также прогулки с ним на даче в каникулярное время. Это были настоящие учебные экскурсии. Опытный и страстный натуралист, Зинин умел под каждым листиком, камешком, на каждом дереве или травке найти интересный предмет для наблюдения и бесед».
Однако и музыка продолжала сильно занимать Бородина. «Я взял несколько уроков на скрипке у скрипача Ершова, — рассказывает М. Р. Щиглев, — а Бородин также немного уроков на виолончели у виолончелиста Шлейко. В это время мы познакомились с двумя Васильевыми, очень музыкальными личностями, имевшими для нас немалое значение. Один из них был Вл. Ив. Васильев, певец (впоследствии бас петербургской русской оперной труппы, известный под именем „Васильева 1-го“). Под мой аккомпанемент (говорит М. Р. Щиглев, скоро приобревший большую опытность и умение в деле аккомпанирования) Васильев много пел друзьям и знакомил их с вокальными сочинениями. Другой был скрипач Петр Ив. Васильев, который знакомил их с квартетной музыкой, он играл первую скрипку, M. P. Щиглев — вторую, Бородин — виолончель; альта нанимали. Мы не упускали никакого случая поиграть трио или квартет где бы то ни было и с кем бы то ни было. Ни непогода, ни дождь, ни слякоть — ничто нас не удерживало, и я, со скрипкой подмышкой, а Бородин с виолончелью в байковом мешке на спине делали иногда громадные концы пешком, например, с Выборгской в Коломну, так как денег у нас не было ни гроша».
Однажды музыкальное собрание продолжалось у них 24 часа, от 7 часов вечера одного дня до 7 часов вечера другого дня. Одно из наиболее посещаемых ими квартетных собраний происходило у Ив. Ив. Гаврушкевича, чиновника II отделения собственной его величества канцелярии. Гаврушкевич был страстный любитель камерной музыки, сам виолончелист, и у него в продолжение зимы собирались (от 1850 до 1860 года) в его квартире в деревянном домике Лисицына, на Артиллерийском плацу, близ Преображенского собора многие музыканты из оркестра и любители. «Участвовали здесь (пишет мне И. И. Гаврушкевич из Чернигова) Н. Я. Афанасьев, П. И. Васильев, Пикль, Яковлев-Якобсон, О. К. Гунке, О. К. Дробиш, Лабазин, М. Резвый. Играли двойные квартеты Шпора, Гаде, квинтеты Боккерини, Фейта, Онслова, Гебеля. Квартеты (Мендельсона и др.) игрались у меня редко, от обилия скрипачей и альтистов. Бородин только слушал, а если не было виолончелиста Дробиша, то участвовал в квинтетах, в партии второй виолончели. Он слабо владел виолончельного техникою, но был тверд в темпе и живо схватывал красоты гармонические и мелодические. С любопытством и юношеской впечатлительностью слушал А. П. Бородин квинтеты Боккерини, с удивлением — Онслова, с любовью — Гебеля. У Гебеля он находил влияние русской Москвы. Немцы не любили этого немца за то, что от него пахло Русью. На моих собраниях А. П. Бородин являлся благодушнейшим юмористом, человеком сдержанным, сосредоточенным; каламбурил я, а он добродушно ухмылялся…»