Александр, удалившийся на время перепалки, вернулся. Он понял, что настроение армии пока не полностью склонилось в его пользу Он отложил заседание и приказал Филоте вернуться в царские апартаменты. Затем по приказу Гефестиона и Кена, зятя Филоты, несчастного пленника подвергли страшным пыткам. По словам Плутарха, Александр слышал все, спрятавшись за занавесом. Командиры Александра не проявили жалости к бывшему коллеге. Когда они закончили пытки, Филота едва мог идти. Мучителям удалось вырвать у него подобие признания. Снова устроили собрание и предъявили ему признание. Филоту сочли виновным и быстро казнили.
Арестованы были и другие люди, им были вменены разные наказания. Воин по имени Аминта и трое младших его братьев были обвинены военным собранием. Вина их заключалась в том, что все они были друзьями Филоты, но – главное – они были не по душе Олимпиаде. Даже Аттал, человек, который преследовал убийцу Филиппа и заколол его кинжалом, оказался под подозрением. Александр, однако, понимал опасность слишком большой чистки. Аминта с братьями и Аттал были оправданы, как и царский телохранитель Деметрий. Радовались все эти люди недолго: многие умерли вскоре после суда, включая Деметрия и Аминту. Деметрия в качестве телохранителя сменил Птолемей.
С Парменионом расправились по-другому. Во время операции устрашения Александр нанял одного из сподвижников Пармениона – Полидама. Он должен был отправиться в Экбатаны под видом араба с эскортом из местных проводников. Верблюдам предстояло покрыть расстояние в 800 миль. Полидаму дали задание передать младшим командирам Пармениона секретный приказ лишить жизни командующего. Среди этих командиров был брат Кена, Клеандр. Он должен был выполнить задание и занять место Пармениона. Полидама предупредили, чтобы он выполнил все, как приказано, в качестве залога в лагере осталась его семья.
Полидам прибыл в место назначения ночью. Первым делом он передал Клеандру секретный приказ. На следующий день он вручил Пармениону два письма – официальное послание царя и письмо с личной печатью Филоты. Парменион, ни о чем не подозревая, вскрыл царский конверт и едва приступил к чтению письма сына, как его штабные офицеры – по знаку Клеандра – выхватили мечи и закололи полководца. Новость о неожиданном и жестоком убийстве вызвала гнев войска в Экбатанах, возникла напряженная обстановка. Клеандру удалось утихомирить людей, требовавших торжественных похорон Пармениона. Клеандр пошел на компромисс: он согласился на погребение, однако отрезал голову Пармениона и послал ее Александру в доказательство, что его приказ исполнен. Тем временем в царском лагере Александр решил завершить начатое дело. Линкестид, находившийся под домашним арестом с тех пор, как Александр захватил власть, приведен был к суду и обвинен в измене. Линкестид слабо защищался, собрание даже не поняло, что он говорил. В результате он был осужден и немедленно казнен. Так Александр решил еще одну проблему.
Расправа с Филотой и Парменионом отличается необычайной жестокостью. Александр предстает перед нами мстительным параноиком. Парменион с самого начала должен был бы умереть, однако Александру он был полезен некоторое время. С его помощью он завоевал поддержку македонской армии и начал персидскую кампанию. Удивительно, как в течение одного года Парменион и вся его семья были уничтожены. Прежде чем умертвили Пармениона и Филоту, от ран, полученных в результате кораблекрушения, скончался Гектор, сын Пармениона, а другой сын, Никанор, умер от неизлечимой болезни. Ужас охватывает, когда читаешь имена тех, кто выступал против Александра и вскоре после этого погибал при загадочных обстоятельствах. Список с именами Гектора, Никанора, Аминты и Деметрия в следующие восемь лет значительно удлинится. Александр истребил семью Пармениона и его окружение, поселив тем самым страх в сердцах других военачальников. Виновны они были или нет, но от уничтожения Пармениона и Филоты веет ужасом, напоминающим о больших политических чистках XX века: шпионы, пытки, подложные улики, пропажа важных свидетелей, предательство, ночные аресты, показательные суды, запрет на апелляцию и немедленные казни.
Александр не только решил проблему, но, применив террор, дал ясно понять, какая судьба ожидает того, кто осмелится ему возражать. В случае с Александром время раны не излечивало, а потому извинения и прощение были лишь временными мерами, Плутарх довольно категорично заявляет, что «все это внушило многим друзьям Александра страх перед царем, в особенности же – Антипатру», который, услышав о судьбе Пармениона, сказал: «Если Парменион оказался виновен, кому мы должны доверять? Если он виноват, то что теперь делать?» Не один Антипатр испытывал недоумение: если Парменион и его сыновья уязвимы, то кто же теперь может чувствовать себя в безопасности?