1958–1960 — преподаёт (по совместительству) в Московском физико-техническом институте. Читает курс «Философские проблемы естествознания» для студентов пятого курса.
1960, 15 марта — утверждён в должности старшего научного сотрудника.
Июнь — в издательстве «Наука» выходит монография «Философские проблемы многозначной логики».
22 июля — решением Президиума Академии наук Союза ССР утверждён в учёном звании старшего научного сотрудника по специальности «диалектический материализм».
1962 — в издательстве АН СССР выходит монография «Логика высказываний и теория вывода».
13 ноября — на заседании объединённого учёного совета Института философии АН СССР защищает диссертацию на соискание учёной степени доктора философских наук по теме «Логика высказываний и теория вывода». Оппоненты — С. А. Яновская и В. Ф. Асмус.
1963— в Варшаве выходит монография «Filozoficzne problemy logiki wielowartosciowej». В Дордрехте (Голландия) выходит на английском языке монография «Philosophical problems of many-valued logic». Разводится с T. Н. Филатьевой.
1965, 1 октября — знакомится с Ольгой Мироновной Сорокиной.
1966 — в издательстве «Наука» выходит монография «Основы логической теории научных знаний».
27 апреля — решением Высшей аттестационной комиссии утверждён в учёном звании профессора по кафедре философии.
21 июня — приказом Министерства обороны № 172 присвоено воинское звание «капитан».
1967— назначен заведующим кафедрой логики философского факультета МГУ им. М. В. Ломоносова.
24 сентября — вызывается в Отдел науки и учебных заведений ЦК КПСС в связи с «Запиской пятого управления КГБ» и пишет «Объяснительную о контактах с проф. Д. Коми и проф. Д. Кляйном».
1968 — снят с должности заведующего кафедрой логики философского факультета МГУ им. М. В. Ломоносова.
В ФРГ на немецком языке выходит монография «Über mehnvertige Logik».
1969, 12 июня — введён в состав учёного совета по проблемам диалектического материализма Института философии АН СССР.
24 июня — вступает в брак с О. М. Сорокиной.
1970— выходит монография «Комплексная логика».
В ФРГ на немецком языке выходит монография «Komplexe Logik».
1971 — выходит монография «Логика науки».
На Кубе на испанском языке выходит монография «Ensayo de lógica polivalente».
Летом вместе с женой Ольгой находится в командировке в ГДР, в Бранденбурге.
24 ноября — рождается дочь Полина.
1972 — выходит монография «Логическая физика».
1973 — в Голландии на английском языке выходит монография «Foundations of the Logical Theory of Scientific Knowledge». Осенью в Москве знакомится и общается с финским логиком и философом Г. фон Вригтом.
1974, 9 апреля — избран иностранным членом Финской академии наук в знак «признания выдающихся научных заслуг».
Июнь — август — в Переделкине снимает дачу у бывшего секретаря Свердловского районного комитета партии Москвы. Начинает работу над «Зияющими высотами».
Декабрь — заканчивает роман «Зияющие высоты».
1975 — переправляет по частям рукопись романа «Зияющие высоты» за границу.
В ГДР на немецком языке выходит монография «Logik und Sprache der Physik».
В связи с 250-летием АН СССР награждён медалью «За трудовую доблесть».
1976 — в Варшаве, на польском языке выходит монография «Logika nauki».
27 июня — в связи с отказом в разрешении на выезд в Финляндию для участия в конференции по логике делает заявление для западной прессы. Подаёт заявление на выход из партии.
Июль — во время отпуска в посёлке Семихатка под Киевом пишет роман «Светлое будущее».
7 августа — в Лозанне в издательстве «L’Age d’Homme» выходит роман «Зияющие высоты».
2 декабря — решением партсобрания ИФ АН СССР исключён из партии, учёный совет ИФ АН СССР принимает решение обратиться в ВАК с предложением лишить Зиновьева учёных званий «старший научный сотрудник» и «профессор».
3 декабря — уволен из ИФ АН СССР. Вскоре, после активного заступничества западной прессы, вновь восстановлен на работе.
1977, январь — восстанавливает по памяти «Балладу о неизвестном лётчике», написанную в 1942 году.
20 января — освобождён от занимаемой должности старшего научного сотрудника ИФ АН СССР в связи с неизбранием его в должности на новый срок.