Но этим не исчерпывается деятельность Аполлония, главным образом та часть, которая падает на первую половину его жизни. О том, что Аполлоний был директором Александрийской библиотеки, мы знали уже раньше из лексикона Свиды. Но только недавно благодаря одному из Оксиринхских папирусов удалось внести некоторый порядок в ту хронологическую путаницу, которая была связана с показаниями Свиды. Из папируса выяснилось, что в должности директора Аполлоний был не преемником Эратосфена, как сообщает Свида, но его предшественником и вместе с тем непосредственным преемником Зенодота, первого по времени заведующего Александрийской библиотекой. Сверх того, из папируса стало известно, что он был воспитателем наследника престола, будущего царя Птолемея III Эвергета. Но раз это так, то ясно, что он был гораздо старше, чем то предполагалось раньше на основании показаний Свиды, и лишь немногим моложе Каллимаха, учеником которого делает его древность. Косвенным же подтверждением последнего факта служит то, что влияние Каллимаха можно наблюдать на языке, на метрике и на ряде отдельных частностей поэмы Аполлония, его «Аргонавтики». Ко всем этим данным, касающимся Аполлония, нужно прибавить еще одну важную подробность, а именно, историю его ссоры с Каллимахом, ссоры, которая, по свидетельству древних, вынудила Аполлония покинуть Александрию и обосноваться на острове Родосе, где он провел остальную часть своей жизни и получил потому прозвище «Родосский».
Спрашивается, что было причиной ссоры и одна ли эта ссора привела Аполлония к пожизненному изгнанию? Если верить древности, то исключительной причиной ссоры ученика с учителем было их разногласие во взглядах на возможность создания большой героической поэмы в духе Гомера или кикликов. Надо заметить, что в поэтических кругах Александрии того времени этот вопрос был одним из жгучих вопросов. Что до Каллимаха и его кружка, то тут царило убеждение, что «промчался век эпических поэм» и что в связи с этим поэзия должна повернуть на новую дорогу. Но на какую? По мнению Каллимаха, следовало, оставив наезженный путь, браться по преимуществу за обработку малоизвестных сказаний, легенд и саг и излагать их в стихотворениях малого объема, стараясь давать законченный рассказ при тщательной отделке подробностей и при безукоризненной отделанности стиха, что, взятое вместе, налагало бы на стихотворение печать подлинной художественности. Эту программу Каллимах с особой четкостью провел в своей поэме «Причины», представляющей сборник элегий повествовательного характера, а затем в своей маленькой эпической поэме «Гекала». И недаром, хваля Арата за его дидактическую поэму «Феномены», он хвалит его за то, что тот не подражал «высочайшему» поэту, то есть Гомеру, или, иначе, за то, что Арат не написал героической поэмы в гомеровском духе.
Но как раз нарушением Каллимаховой программы являлась поэма Аполлония, неудачная в общем попытка создать эпос в гомеровском духе, но с прибавкой целого ряда чуждых этому духу и, наоборот, близких и желанных вкусам современного Аполлонию общества элементов, своего рода «полуреволюция», согласно удачному выражению Круазе. Со своей поэмой Аполлоний выступил приблизительно в шестидесятых годах III века до н. э., но можно думать, что выходу в свет всей поэмы в ее целом предшествовало предварительное ознакомление с нею публики: автор выступал с отдельными частями ее на публичных поэтических состязаниях. Как бы то ни было, поэма была встречена Каллимахом и его кружком с большим недоброжелательством, и на этой почве между учителем и отщепенцем-учеником возгорелась вражда, которая стала обостряться чем дальше, тем сильнее. Отзвуки этой вражды мы можем проследить до известной степени по тем выпадам против Аполлония, которые сохранились в стихотворениях как самого Каллимаха, так и его литературного союзника, Феокрита. Но вряд ли одна вражда из-за несходства в литературных взглядах могла иметь для Аполлония те роковые последствия, которые выпали затем на его долю. Трудно предположить, чтобы неодобрительное и враждебное отношение Каллимаха и неудача, постигшая поэму у публики, если только подобная неудача действительно имела место (последующий успех поэмы как будто говорит против!), вынудили Аполлония сложить с себя должность главного библиотекаря и покинуть Александрию, и это, когда его воспитанник, Птолемей Эвергет, стал с 259 года до н. э. наследником престола. Правильнее думать, как это и делает Виламовиц («Hellenistische Dichtung», I, 207), что на судьбу Аполлония повлияла какая-то дворцовая интрига, из-за которой Аполлоний впал в немилость у царя Птолемея Филадельфа и к которой мог приложить свою руку и близкий к престолу Каллимах, таким путем отделавшийся от нежелательного ему литературного противника. Не указывает ли на причастность Каллимаха ко всему происшедшему и тот факт, что преемником Аполлония по управлению библиотекой становится соотечественник Каллимаха и его друг Эратосфен из Кирены?