Однако для Михаила Васильевича это были последние, дни активной деятельности. Он тяжелобольным вместе с сыном-добровольцем Николаем приехал в Екатеринодар, только что захваченный конницей генерала Эрдели. Верховный руководитель Добровольческой армии и председатель Особого совещания поселился в отведённых ему комнатах особняка местного пивовара Ирзы на Екатерининской улице.
Теперь ближайшими помощниками Алексеева в каждодневной напряжённой работе становятся Драгомиров и сын Николай, доброволец-«первопроходец». Последний окончил за два года до начала Первой мировой войны Николаевское кавалерийское училище и в звании корнета попал служить в Польшу. Он «отвоевал» в рядах лейб- гвардии Уланского Его Величества полка до самого конца 1917 года. Вместе с полком участвовал в 33 боях, был награждён семью боевыми орденами. Покровительством отца, высокопоставленного генерала, стремился не пользоваться...
Очевидцы последних дней жизни Михаила Васильевича в Екатеринодаре свидетельствуют, что, несмотря на неоднократные предупреждения врачей, он продолжал трудиться.
Есть интересное свидетельство одного из «первопроходцев», командира 1-го офицерского пехотного генерала Маркова полка генерал-майора Тимановского, получившего среди добровольцев прозвище «Железный Степаныч». Он добровольцем-гимназистом прибыл на Русско-японскую войну, стал георгиевским кавалером. Командовал Георгиевским батальоном в Могилёвской Ставке. Записался в ряды Добровольческой армии в декабре 1917 года, прибыв в Новочеркасск с группой георгиевских кавалеров.
Тимановский виделся с Алексеевым в последние месяцы его жизни. Рассказ о встрече записал один из добровольцев:
«Генерал Тимановский инстинктивно предчувствовал близкую смерть и затеял весь разговор с целью передать слова генерала Алексеева кому-то другому, чтобы они не исчезли бесследно...
На одной из днёвок я по делам службы явился к генералу Тимановскому, начальнику дивизии. По окончании доклада генерал совершенно неожиданно для меня заговорил о генерале Алексееве, начальнике штаба Ставки Государя Императора.
— Вы ведь знаете, что я командовал Георгиевским батальоном при Ставке. Генерал Алексеев очень любил и ценил меня, не забывал и на Кубани. При редких встречах со мной он в откровенной беседе изливал свою наболевшую душу, - рассказывал генерал Тимановский.
Затем генерал придвинул свой стул ближе ко мне и продолжал:
— Однажды вечером генерал Алексеев и я сидели на скамейке дома, в одной из станиц на Кубани. Мы погрузились в свои думы. Генерал Алексеев поднял голову, тяжело вздохнул и промолвил: «Николай Степанович! Если бы я мог предвидеть, что революция выявится в таких формах, я бы поступил иначе».
И генерал Тимановский прибавил от себя:
— Старик не предвидел возможности гражданской войны, а теперь предчувствовал её катастрофический исход.
В несвязном разговоре генерал Тимановский проронил слова:
— Старика мучили угрызения совести, он жалел…»
Между тем состояние здоровья Алексеева стало резко ухудшаться. После осмотра врачами генерала поместили в местный военный госпиталь. Уже будучи лежачим больным, Алексеев продолжал сохранять за собой функция Верховного руководителя Добровольческой армии и председателя Особого совещания.
Утром 25 сентября 1918 года командующий Добровольческой армией Деникин получил от своего заместителя генерала Драгомирова записку следующего содержания:
«У Михаила Васильевича началась агония. Конец может наступить ежеминутно».
К вечеру того же дня Михаил Васильевич Алексеев скончался.
В тот же день генерал-лейтенант Деникин приказом по армии принял на себя должность главнокомандующего Добровольческой армией, юридически закрепив объединение власти и управления. Рядом не было теперь человека, равного по авторитету и способностям, ушедшему из жизни бывшему Верховному главнокомандующему…
Похороны «зачинателя Белого дела» прошли в городе Екатеринодаре 27 сентября с соблюдением всех воинских почестей, которые полагались генералу от инфантерии, бывшему Верховному главнокомандующему России и георгиевскому кавалеру. Сына сверхсрочнослужащего николаевского солдата похоронили в войсковой усыпальнице кубанского казачества - в Екатеринодарском войсковом соборе.
В связи со смертью Михаила Васильевича Алексеева вышел «прощальный» приказ по Добровольческой армии, Верховным руководителем которой он являлся до последнего дня своей жизни. Приказ гласил: