Сам автор следующим образом характеризует своего героя: «Доселе Иоанн встречал или явное своеволие, как в боярах, омрачивших своими раздорами время его малолетства, или гордое непокорство, как в Курбском, или же рабскую низкопоклонность, как во всех окружавших его в настоящее время. Но Серебряный не принадлежал ни к одному из этих разрядов. Он разделял убеждение своего века в Божественной неприкосновенности прав Иоанна; он умственно подчинялся этим убеждениям и, более привыкший действовать, чем мыслить, никогда не выходил преднамеренно из повиновения царю, которого считал представителем Божией воли на земле. Но, несмотря на это, каждый раз, когда он сталкивался с явною несправедливостью, душа его вскипала негодованием, и врождённая прямота брала верх над правилами, принятыми на веру. Он тогда, сам себе на удивление и почти бессознательно, действовал наперекор этим правилам, и на деле выходило совсем не то, что они ему предписывали. Эта благородная непоследовательность противоречила всем понятиям Иоанна о людях и приводила в замешательство его знание человеческого сердца».
Кажется, что князь Серебряный до некоторой степени является автопортретом А. К. Толстого. Действительно, при дворе он как бы стоял обиняком, поскольку не искал ни чинов, ни должностей, напротив, всячески оберегал свою независимость и право говорить подчас нелицеприятную правду и поступать не по указанию свыше, а по собственному убеждению.
Один из ключевых эпизодов романа — гнев царя на сына Ивана, попытка убийства царевича Малютой Скуратовым и его спасение Серебряным. А. К. Толстой придерживается текста популярной исторической народной песни, где спасителем царевича выступает бесстрашный Никита Романович (по-видимому, брат царицы Анастасии Никита Романович Захарьин-Юрьев). Правда, Толстой позволяет себе одно существенное отступление: в народной песне царь разъярился не на старшего сына Ивана, а на младшего Фёдора, якобы уличённого в сочувствии изменникам-боярам; Иван же выступает его обвинителем. Но внимание привлекает прежде всего то обстоятельство, что и герой А. К. Толстого и Захарьин-Юрьев носят одно имя. Захарьин-Юрьев остался в истории как умный и дальновидный советник Ивана Грозного, энергичный воевода (таким он обрисован и в знаменитой драматической трилогии А. К. Толстого). Когда Иван Грозный почувствовал приближение смерти, он, видя слабость и малоспособность наследника Фёдора, учредил своего рода регентский совет из пяти человек, во главе которого поставил Захарьина-Юрьева, то есть фактически назначил его верховным правителем государства. Отсюда нетрудно сделать вывод, что, задумывая своего героя, Толстой имел в виду и одного из предков царствующей династии Романовых, отождествляя Серебряного с Захарьиным-Юрьевым.
Рисуя личность Ивана Грозного, Алексей Толстой исходил из характеристики, данной этому царю Карамзиным. У Карамзина Иван Грозный — «исполин бесчеловечия», «губительный ангел тьмы для россиян»; другими словами — мрачный тиран и патологический убийца. Но ко времени появления в журнале «Князя Серебряного» такая точка зрения представлялась уже изжитой. Современные историки (Сергей Михайлович Соловьёв, Константин Дмитриевич Каверин) видели в Иване Грозном умного и энергичного строителя Российского государства. Репрессии, по их мнению, касались исключительно оппозиционного боярства, всеми силами противящегося великим замыслам царя. Фактически и те и другие воззрения существуют и в наше время (и, скорее всего, будут бороться ещё долго, поскольку и там и здесь весомая доля правды).
Действительно, Иван Грозный — фигура огромного исторического масштаба, именно поэтому столь контрастны и столь велики позитивные и негативные результаты его правления. Создав централизованное государство, покончив с местным сепаратизмом, он залил страну кровью и тем ослабил её. Смутное время явилось мрачным следствием его деяний. Но в народной памяти Иван Грозный остался прежде всего победителем Казани, окончательно сокрушившим ненавистное татаро-монгольское иго. Царь неимоверно высоко поднял авторитет центральной власти, и именно поэтому народ многое простил ему. А. К. Толстой показывает, что современники смотрели на окружающие бедствия и необузданную тиранию Ивана Грозного как на Божие возмездие за собственные грехи; так думали все — от первого боярина до последнего холопа; и это было исторической правдой.