Вот как Борис Годунов обрисовывает трагическую двойственность царского характера:
Но именно характер царя Фёдора явился главной причиной того, что эта замечательная пьеса при жизни А. К. Толстого не увидела огней рампы. Сначала всё как будто складывалось удачно. В апреле 1868 года он передал экземпляр пьесы в Главное управление по делам печати для рассмотрения её драматической цензурой. Соответствующее заседание состоялось 4 мая 1868 года и неожиданно протекало чрезвычайно бурно. Всё же решено было разрешить ставить пьесу при условии, что автор исключит из числа персонажей духовных лиц и изменит несколько мест, где можно усмотреть нежелательные намёки на современность. Однако министр внутренних дел Александр Егорович Тимашев, за кем было окончательное слово, наложил на это решение следующую резолюцию: «Нахожу трагедию гр. Толстого „Фёдор Иоаннович“ в настоящем её виде совершенно невозможною для сцены. Личность царя изображена так, что некоторые места пиесы неминуемо породят в публике самый неприличный хохот. А потому прошу предложить автору сделать в его трагедии необходимые изменения и представить её вновь для рассмотрения в Главное управление цензуры».
А. К. Толстой, страстно мечтавший увидеть это своё произведение на театральных подмостках, к тому же окрылённый недавним успехом «Смерти Иоанна Грозного», скрепя сердце внёс требуемые изменения. Он исключил из действующих лиц митрополита Дионисия и архиепископа Варлаама, заменив их посланцами; также были вычеркнуты шесть мест, которые, как посчитал цензор, «могли бы вызвать смех у необразованной части публики». 23 июля 1868 года состоялось новое заседание Главного управления по делам печати и большинством голосов постановка была разрешена. Однако Тимашев, продержав протокол заседания у себя на столе целых два месяца, 24 сентября наложил резолюцию: «Согласен с мнением меньшинства». Судьба «Царя Фёдора Иоанновича» была окончательно решена.
Алексей Толстой всё это тяжело переживал. В сердцах он писал Болеславу Маркевичу 13 декабря 1868 года из Красного Рога: «В произведении литературы я презираю всякую тенденцию, презираю её как пустую гильзу, тысяча чертей! как раззяву у подножья фок-мачты, три тысячи проклятий!.. Скажу даже: я слишком художник, чтобы нападать на монархию. Но что общего у монархии с личностями, носящими корону? Шекспир разве был республиканцем, если и создал „Макбета“ и „Ричарда III“? Шекспир при Елизавете вывел на сцену её отца Генриха VIII и Англия не рухнула. Надо быть очень глупым, господин Тимашев, чтобы захотеть приписать императору Александру II дела и повадки Ивана IV и Фёдора I. И, даже допуская возможность такого отождествления, надо быть очень глупым, чтобы в „Фёдоре“ усмотреть памфлет против монархии. Если бы это было так, я первый приветствовал бы его запрещение. Но если один монарх — дурен, а другой — слаб, разве из этого следует, что монархи не нужны? Если бы было так, из „Ревизора“ следовало бы, что не нужны городничие, из „Горя от ума“ — что не нужны чиновники, из „Тартюфа“ — что не нужны священники, из „Севильского цирюльника“ — что не нужны опекуны, а из „Отелло“ — что не нужен брак».