Большая нагрузка, связанная с издательской деятельностью и преподавательской работой, тем не менее не мешала научным занятиям Кулаковского.
Уже в январе 1925 года начинают появляться одна за другой его основополагающие работы по грамматике якутского языка, вопросам транскрипции и проблемам якутского литературного языка. Ученым тогда же написаны статьи «О произношении якутских гласных и двугласных букв», «Правила якутского стихосложения», работы о грамматических формах якутского языка.
Работа «О произношении якутских гласных и двугласных букв» показалась председателю методического бюро М. И. Ковинину настолько важной, что тот начертал резолюцию: «Сдать, спеша, в печать, разослать по школам напечатанные экземпляры и пустить в продажу».
В феврале Кулаковский завершил статью «Якутский язык», задуманную им еще в 1912 году.
«В этих напечатанных в 1925 году трудах, — пишет Л. Р. Кулаковская, — А. Е. Кулаковский, как тонкий знаток и исследователь родного языка, страстно доказывая красоту, богатство, изобразительную силу, огромные творческие ресурсы («один глагольный корень дает до 1500 производных слов») якутского языка, ставит и по-своему решает ряд проблемных вопросов общего языкознания. «…Возможность развивать своих детей при посредстве материнского языка — это великое, неоценимое счастье народов» его окрыляет…
В последние годы жизни Кулаковский упорно работал над созданием якутской грамматики. Именно на основе научных идей, взглядов и разработанных им закономерностей развития якутского языка в последующие годы были решены многие вопросы якутской письменности, языкового строительства и терминологии. Прошло почти столетие, но языковедческие труды Алексея Елисеевича Кулаковского не только не утратили своего значения, но все больше привлекают внимание лингвистов, его научные идеи продолжают претворяться в жизнь».
В отчете о деятельности литературно-переводческой комиссии с 31 января 1924 года по 1 марта 1925 года отражена и научно-творческая деятельность Кулаковского. За время своей работы в комиссии Кулаковский:
1) перевел статью В. В. Никифорова «О якутской автономии»;
2) просмотрел и исправил пьесу Ст. Ефремова «Оспа»;
3) написал для детской хрестоматии два рассказа и три песни;
4) разработал правила произношения якутских специфических звуков;
5) написал правила якутского стихосложения;
6) написал статьи о якутском языке;
7) открыл новые правила о склонении изменяемых частей речи якутского языка;
8) переработал сырой материал 1080 якутских пословиц, систематизировал их в алфавитном порядке и перевел на русский язык, переписывал по новгородовской транскрипции и написал к ним предисловие;
9) по заданию литературно-переводческой комиссии создал проект литературного государственного языка якутов.
В этом списке большие и малые работы, важные и малосущественные перемешаны между собой, но перечень их поражает своим объемом…
Признанием заслуг А. Е. Кулаковского должно было стать празднование 25-летия его литературной и исследовательской работы, которую решили исчислять от времени создания «Заклинания Байаная».
Жизнь Алексея Елисеевича Кулаковского всегда была яркой и насыщенной.
Многокилометровые дороги преодолел он на своем земном пути, написал замечательные книги, прекрасные поэмы и стихи…
В его жизни хватало всего: побед и поражений, успехов и разочарований, обретений и потерь, радостей и горестей. Ему приходилось блуждать по заполярной тундре и сплавляться по бурным рекам. Он убегал от кредиторов и прятался от бандитов, его любили женщины и у него было много детей…
Только вот стабильных и спокойных периодов в его жизни почти не было.
В начале 1925 года, оставив пятерых детей сиротами, умирает сорокалетняя Евдокия Ивановна Лыскова-Кулаковская. Она совершила, может быть, самый большой подвиг, который может совершить жена… Не попрекая мужа за неумение устроиться на одном месте и стать надежной опорой семье, она почти два десятка лет несла свой нелегкий крест, была рядом с Алексеем Елисеевичем, даже когда он пропадал вдалеке от нее, в глухих чащобах и заполярной тундре.