Дмитрий Корнеев изменил свое мнение о мотиве убийства, признав версию гособвинения единственно верной.
В свою очередь, Владимир Шапиро на закрытом заседании суда заявил, что Алексея Пичугина и Леонида Невзлина не знал и никогда не видел, что непосредственным заказчиком убийства Валентины Корнеевой был Сергей Горин, а имена других заказчиков ему неизвестны. И что именно эти, его последние, показания следует считать соответствующими истине.
Адвокат Алексея Пичугина Ксения Костромина, выступая в судебных прениях, указала на недоказанность факта заинтересованности руководства ЮКОСа в убийстве Валентины Корнеевой. По словам Костроминой, после совершения этого преступления помещение магазина «Чай» никак не могло перейти к МЕНАТЕПу. Во-первых, решение о продаже сын убитой (которого, как и отца, зовут Дмитрий) не мог принять единолично, без согласия других акционеров. Во-вторых, имущество «Феникса» находилось под арестом из-за судебной тяжбы Корнеевой с Тарактелюком.
Помещение магазина «Чай» было продано Дмитрием Корнеевым-младшим только 27 июня 2003 года – то есть спустя пять лет после убийства.
Конфликт между Евгением Львовичем Рыбиным и ЮКОСом уходит своими корнями в 1997 год. Тогда компания Михаила Ходорковского приобрела государственное нефтедобывающее предприятие «Томскнефть». Ранее действовавший договор между «Томскнефтью» и «Ист Петролеум Ханделс» о совместной разработке Западно-Полуденного и Крапивинского нефтяных месторождений был расторгнут ЮКОСом в одностороннем порядке. Руководство компании рассматривало этот контракт как «кабальный». Контрольно-ревизионное управление ЮКОСа выявило, что его условия были невыгодны: «Ист Петролеум Ханделс» продавала товары и услуги, в которых ЮКОС на тот момент не нуждался, по завышенным ценам. Об этом свидетельствовал на заседании Мосгорсуда по делу Алексея Пичугина 14 июня 2007 года бывший руководитель аналитического управления ЮКОСа Алексей Кондауров.
В 1998 году компания «Ист Петролеум Ханделс» обратилась в Арбитражный суд города Вены (Австрия) с исками против ЮКОСа о, якобы, нанесенном ей в результате расторжения договора ущербе. Именно эти иски российская Генпрокуратура впоследствии использовала во втором деле Алексея Пичугина и в деле Леонида Невзлина, назвав их мотивом для совершения двух покушений на жизнь Евгения Рыбина.
Первое нападение на Рыбина произошло 24 ноября 1998 года по адресу: улица Удальцова, дом 30 в Москве, – где в предпринимателя, по его словам, стрелял бывший волгоградский десантник Евгений Решетников. Второе случилось 5 марта 1999 года в Московской области. Машину бизнесмена с охраной и водителем, направлявшуюся к его дому (сам Рыбин в это время находился на праздновании дня рождения племянника), взорвали. В результате шофер погиб, а охранник Алексей Иванов получил тяжелые ранения.
Адвокат Алексея Пичугина Ксения Костромина (а впоследствии и адвокат Леонида Невзлина Дмитрий Харитонов) в ходе судебных прений указала на недоказанность факта заинтересованности руководства ЮКОСа в убийстве Евгения Рыбина. Венский арбитражный суд принял решение удовлетворить первый иск Рыбина только на 10 процентов, а в удовлетворении второго отказал и обязал истца возместить ответчику судебные издержки. Таким образом, по мнению защиты, мотива устранять Рыбина у ЮКОСа не было.
При этом решение арбитражного суда лишило Рыбина возможности получать сверхприбыли, как это было ранее из-за недобросовестных сделок «Томскнефти» (в бытность компании государственной) и «Ист Петролеум Ханделс».
В ноябре 2000 года Евгений Решетников был признан судом исполнителем первого покушения на Евгения Рыбина и приговорен к заключению. Заказчиков преступления тогда установить не удалось, причастность к нему руководства ЮКОСа не выявили.
Однако во время второго судебного процесса Алексея Пичугина в июле 2006 года Евгений Решетников неожиданно «вспомнил», что заказ на убийство Рыбина ему, якобы, поступил от Пичугина и Невзлина. Аналогичные показания тогда дал и подсудимый Геннадий Цигельник.
Между тем, некоторые СМИ высказывали предположение, что Рыбин пытался получить деньги от руководства ЮКОСа для того, чтобы рассчитаться с кредиторами, покушавшимися на его жизнь.
Спецдокладчик Парламентской ассамблеи Совета Европы Сабина Лойтхойзер-Шнарренбергер, изучавшая это дело, также выражала мнение о том, что эти обвинения против юкосовцев сфальсифицированы.