Владимир Шапиро обвинялся в убийстве Валентины Корнеевой. Против него свидетельствовал муж Корнеевой Дмитрий Корнеев. Согласно показаниям этого свидетеля, в январе 1998 года его жена была застрелена на лестничной клетке их дома Владимиром Шапиро.
Подсудимый полностью признал свою вину и заявил, что раскаивается в содеянном.
На судебном заседании 24 мая 2007 года, в рамках повторного процесса по второму делу Алексея Пичугина, все показания, которые когда-либо давал Владимир Шапиро (в том числе на закрытом заседании Мосгорсуда летом 2006 года), были оглашены по ходатайству защиты Алексея Пичугина.
Как следует из всей совокупности оглашенных материалов, Шапиро неоднократно и существенно изменял свои показания. В разное время, с 2004 по 2007 годы, Шапиро по-разному отвечал на вопросы о роли в совершенных преступлениях всех фигурантов дела, включая его самого, Цигельника, Решетникова, Горитовского, Горина, а также Алексея Пичугина и Леонида Невзлина. На допросе, проведенном в рамках закрытого судебного заседания Мосгорсуда летом 2006 года, Шапиро заявлял, что Алексея Пичугина и Леонида Невзлина не знал и никогда не видел, что непосредственным заказчиком убийства Валентины Корнеевой был Сергей Горин, а имена других заказчиков ему не известны. И что именно эти, его последние, показания следует считать соответствующими истине.
В кассационной жалобе, адресованной в коллегию Верховного Суда, Владимир Шапиро утверждал о том же. А также о том, что следователи обещали ему «манну небесную» за лжесвидетельство против Пичугина и Невзлина.
Однако во время повторного процесса 24 мая 2007 года Владимир Шапиро снова вернулся к версии Генпрокуратуры о том, что преступления ему заказывали Алексей Пичугин и Леонид Невзлин.
Зато на судебном заседании по делу Леонида Невзлина 18 апреля 2008 года Шапиро на вопрос адвоката Дмитрия Харитонова: «Может быть, вам пообещали поблажки в сроке за оговор Пичугина и Невзлина?» – ответил недвусмысленно: «Я не хочу, чтобы меня убили».
Первое уголовное дело Алексея Пичугина рассматривал суд присяжных заседателей. Первая коллегия, по мнению адвокатов и самого Пичугина, склонялась к оправдательному вердикту. В итоге она была распущена под надуманным предлогом председательствующей судьей Натальей Олихвер.
Вторая коллегия присяжных, по убеждению подсудимого и его защиты, находилась в зависимости от прокуратуры. Косвенно это подтвердил и гособвинитель Камиль Кашаев, который на пресс-конференции проговорился, что в суд заседателей доставлял специальный автобус.
Еще на стадии предварительного расследования по второму уголовному делу 5 июля 2005 года заместитель Генерального прокурора Владимир Колесников выступил на телеканалах ОРТ и НТВ с заявлениями о виновности Алексея Пичугина в инкриминированных ему преступлениях.
Также еще на стадии предварительного расследования 11 сентября 2005 года в передаче Андрея Караулова «Момент истины» на канале ТВЦ с заявлениями о виновности Алексея Пичугина в инкриминированных ему преступлениях выступил руководитель следственной группы Ю. А. Буртовой, в связи с чем обвиняемый был вынужден отказаться от рассмотрения дела судом присяжных.
На втором судебном процессе Алексея Пичугина 7 июня 2006 года прокурор Кира Гудим на адресованное ей замечание адвоката Георгия Каганера: «Кира Станиславовна, давайте будем более точно цитировать материалы дела. Все-таки судьба человека решается», – ответила: «Уже решена».
21 февраля 2007 года Верховный Суд РФ отменил приговор Алексею Пичугину от 17 августа 2006 года фактически по жалобе его адвокатов. При этом Верховный Суд РФ указал в своем определении, что Пичугину нужно назначить более строгое (чем 24 года лишения свободы) наказание. Тем самым Верховный Суд РФ нарушил в отношении Пичугина принцип презумпции невиновности.
После ареста Алексея Пичугина и Платона Лебедева, но еще до ареста Михаила Ходорковского, в сентябре 2003 года, Владимир Путин заявил: «Что касается расследования уголовного дела, связанного с компанией “ЮКОС”, – это частный случай», – сказал Путин, отметив, что «компания большая, но не единственная в России». «Никакого пересмотра итогов приватизации не будет, но если были нарушения закона и прокуратура реагирует на это, я не могу воспрепятствовать», – подчеркнул он, отметив, что это находится за рамками его полномочий. По словам Путина, одно из направлений расследования – это возможная причастность отдельных личностей к убийствам в ходе слияния и роста компании. «Как же можно мешать прокуратуре работать на этом направлении», – сказал глава государства.